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Handout – Chemie für Mediziner und med. Biologen WiSe 2017/18 Prof. Dr. Michael Giese Stand: Januar 2018 1 Aufbau und Struktur organischer Verbindungen Inhalt 12.1 Kohlenhydrate 12.2 Aminosäuren, Peptide und Proteine 12.3 Nucleinsäuren Schlüsselbegriffe Saccharide cyclische Halbacetale Epimere Furanose Pyranose Glykoside proteinogene Aminosäure isoelektrischer Punkt Amidbindung Peptide Enzyme Nucleotide Nucleinbasen Watson-Crick-Paarung Proteinbiosynthese Literatur zur Vor- und Nachbereitung: Chemie für Mediziner Schmuck, Engels, Schirmeister, Fink ISBN: 978-3-8273-286-4 Kapitel 12: Seite 589 – 700

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Stand: Januar 2018 1

Aufbau und Struktur organischer Verbindungen

Inhalt

12.1 Kohlenhydrate

12.2 Aminosäuren, Peptide und Proteine

12.3 Nucleinsäuren

Schlüsselbegriffe

Saccharide

cyclische Halbacetale

Epimere

Furanose

Pyranose

Glykoside

proteinogene Aminosäure

isoelektrischer Punkt

Amidbindung

Peptide

Enzyme

Nucleotide

Nucleinbasen

Watson-Crick-Paarung

Proteinbiosynthese

Literatur zur Vor- und Nachbereitung:

Chemie für Mediziner Schmuck, Engels, Schirmeister, Fink ISBN: 978-3-8273-286-4 Kapitel 12: Seite 589 – 700

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Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Kohlenhydrate

Funktionen von Kohlenhydraten:

Energiequelle: Hauptenergielieferanten im Stoffwechsel

Strukturelle Komponente: Festigkeit und Form von grünen Pflanzen

Erkennungsbausteine: auf Zelloberflächen als Erkennungsstellen für andere Zellen

(→ Zell-Zell-Kommunikation; Infektion von Zellen durch Bakterien und Viren)

Ausgangsstoff für Biosynthesen: z.B. Vitamin C, Nucleoside (= Bestandteile der DNA und RNA)

Cellulose

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Notizen:

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Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Einteilung der Kohlenhydrate

Kohlenhydrate = Polyhydroxyaldehyde oder –ketone und abgeleitete Verbindungen

Namen enden häufig auf die Endsilbe „-ose“

Man unterscheidet:

einfache Kohlenhydrate (= Monosaccharide) = Polyhydroxyaldehyde (Aldosen) oder Polyhydroxy-

ketone (Ketosen). Natürliche Monosaccharide: drei bis zu neun C-Atome

Komplexe Kohlenhydrate aus zwei oder mehr verknüpften Monosacchariden:

Disaccharide (2 Monosacchariden), Oligosaccharide (3-20 Monosaccharide) und Polysaccharide

(mehr als 20 Monosaccharide) Hydrolyse komplexer Kohlenhydrate führt zu Monosacchariden

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Monosaccharid(z.B. D-Glucose)

n = 2Disaccharid

n = 3Trisaccharid

n ≤ 20Oligosaccharid

n > 20Polysaccharid

Molmasse[g/mol]

~300 – 400 ~3000 >> 1 000 000

Kondensation

Saccharose

Amylose

Notizen:

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Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Monosaccharide - Triosen

zwei Triosen: Glycerinaldehyd und Dihydroxyaceton Konstitutionsisomere

Glycerinaldehyd besitzt ein stereogenes Zentrum und ist daher chiral.

In der Natur kommen bei fast allen Kohlenhydraten

nur die D-Formen vor.

Aldosen und Ketosen stehen über ein Endiol miteinander im Gleichgewicht:

gilt für alle Zuckerwww.gieselab.de / © Prof. Dr. M. Giese

Notizen:

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Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Tetrosen

Aldotetrosen besitzen zwei Stereozentren, es existieren daher 22 = 4 Stereoisomere

unterschiedliche Diastereomere tragen einen Trivialnamen: Threose und Erythrose

Ketosen haben immer ein Stereozentrum weniger als die entsprechende Aldose

nur zwei stereoisomere Ketotetrosen, die Enantiomere der Erythrulose

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Notizen:

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Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Pentosen

Pentosen besitzen 23 = 8 stereoisomere Aldopentosen und 22 = 4 Ketopentosen

Natürlich vorkommende Kohlenhydrate sind fast immer D-konfiguriert.

im Folgenden werden nur noch die D-Enantiomere gezeigtEs gibt somit sechs D-Pentosen:

vier zueinander diastereomere D-Aldopentosen und zwei dazu konstitutionsisomere D-Ketopentosen

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Notizen:

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Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Hexosen

wichtigste Gruppe der Monosaccharide mit der Summenformel C6H12O6

acht D-Aldohexosen und vier D-Ketohexosen

4 Hexosen besonders relevant

D-Glucose häufigste Monosaccharid (Monomerbaustein der Stärke, Cellulose und des Glycogens)Galactose und Mannose sind Epimere der Glucose, Fructose ist ein Konstitutionsisomer.

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Notizen:

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Stand: Januar 2018 8

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Bildung cyclischer Halbacetale

Pentosen und Hexosen liegen in Lösung in ihrer cyclischen Halbacetal-Form vor

Halbacetal wird durch intramolekulare Reaktion der Carbonylgruppe mit einer Alkoholgruppe gebildet

Beispiel: D-Glucose

Es entsteht ein neues Stereozentrum an C1 (anomeres C-Atom) → 2 Diastereomere: a- und b-Form (sogenannte Anomere)

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Notizen:

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Stand: Januar 2018 9

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Cyclische Halbacetale aus Hexosen

Halbacetalbildung kann zu Fünfringen (Furanosen) oder Sechsringen (Pyranosen) führen

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Notizen:

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Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Konformation der Zucker

Pyranosen liegen in Sesselkonformation vor (vgl. Cyclohexan)

b-D-Glucopyranose: alle Substituenten äquatorial → stabilste Hexose!

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Molekülstruktur

Notizen:

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Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Redoxreaktionen der Monosaccharide

Aldehydgruppe in Aldosen lässt sich zu einer Aldonsäure oxidieren

Unterscheidung von Ketosen und Aldosen (Fehling-Probe, Tollens-Reagenz)

stärkere Oxidationsmitteln oxidieren einzelne OH-Gruppen

Reduktion der Carbonylgruppe führt zu Zuckeralkoholen (= Alditole)

wichtige Zuckerersatzstoffe (Sorbit, Xylit, Mannit)

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Notizen:

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Stand: Januar 2018 12

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Nachweisreaktionen für Monosaccharide

Fehling- und Tollens-Probe zur Unterscheidung von Ketosen und Aldosen

Tollens-Probewww.gieselab.de / © Prof. Dr. M. Giese

Fehling-Reagenz

positiver Nachweis

Notizen:

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Stand: Januar 2018 13

Exkurs Vitamin C (Ascorbinsäure) – ein Oxidationsprodukt der Glucose

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Ascorbinsäure kann von Primaten nicht selbst synthetisiert (Aufnahme mit Nahrung erforderlich)

Biosynthese ausgehend von D-Glucose bzw. deren Oxidationsprodukt D-Glucuronsäure.

Endiol-Struktur bewirktantioxidative Eigenschaften

L-(+)-Ascorbinsäure

Vitamin C Mangel führt z.B. zu Skorbut

kleinfleckige Kapillarblutungen

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Notizen:

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Stand: Januar 2018 14

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Glycosidbildung

Pyranosen und Furanosen sind cyclische Halbacetale

Reaktion mit Alkoholen führt zu Vollacetalen → O-Glycosid

Glycoside zeigen nicht mehr die typischen Eigenschaften der Aldosen (z.B. nicht-reduzierend) und

Analog wird mit einem Amin ein Aminal gebildet (N-Glycosid). Stammt die Alkohol- oder Aminkomponenten aus einem Protein, entstehen Glycoproteine.

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Notizen:

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Stand: Januar 2018 15

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Disaccharide

Reaktion des Halbacetal eines Zuckers mit einer Alkoholgruppe eines zweiten Monosaccharid

führt zur Glycosidbildung Bildung eines Disaccharid.

Merke Kondensation

Verknüpfung zweier Moleküleunter Abspaltung eines kleinerenMoleküls (z.B. Wasser).

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wirkt reduzierend

Notizen:

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Stand: Januar 2018 16

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Nichtreduzierende Disaccharide

Glycosidbildung zwischen den beiden anomeren OH-Gruppen der Zucker

Bildung von Vollacetalen nichtreduzierendes Disaccharid

„Haushaltszucker“

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wirkt nicht reduzierend

Notizen:

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Stand: Januar 2018 17

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Reduzierende und Nichtreduzierende Disaccharide - Vergleich

Glycosidbildung zwischen einer anomeren und einer alkoholischen OH-Gruppen der Zucker

Bildung eines Halbacetals reduzierender Zucker

Glycosidbildung zwischen den beiden anomeren OH-Gruppen der Zucker

Bildung von Vollacetalen nichtreduzierendes Disaccharid

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wirkt nicht reduzierendwirkt reduzierend

negative Fehling-Probepositive Fehling-Probe

Notizen:

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Stand: Januar 2018 18

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Polysaccharide: Amylose

Polysaccharide entstehen durch Glycosidbindungen zwischen Monosacchariden

drei wichtigsten Polysaccharide sind Stärke, Glycogen und Cellulose

1

4'

OO

HO HO

OH

O

OO

HO HO

OH

a

OO

HO HO

OH

a

Amylose (= löslicher Bestandteil der Stärke): a-D-Glucosemoleküle, die 1,4-a-glycosidisch verknüpft sind

linearer Strang, der eine Helix bilden

→ Iod-Stärke Reaktion (Einbau von I2 in die Helix gibt blaue Farbe)

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Notizen:

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Stand: Januar 2018 19

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Polysaccharide: Amylopektinund Glycogen

alle 25-30 Glucoseeinheiten ist Stärke verzweigt durch eine a-1,6-glycosidische Bindung

verzweigtes Polysaccharid wird als Amylopektin bezeichnet

OO

HO HO

OH

O

OO

HO HO

OH

a

OO

HO HOa

OO

HO HO

OH

O

1

a

6

a-1,6-glycosidischeBindung

a-1,4-glycosidischeBindung

andere Schreibweise

Amylopektin

Menschen und Tiere verwenden nicht Stärke als Reservekohlenhydrat sondern Glycogen (= Speicherform von Glucose z.B. in der Leber und in Muskelzellen) → analoge Struktur, aber noch stärker verzweigt

ca. 75 % der Stärke

Glycogenwww.gieselab.de / © Prof. Dr. M. Giese

Notizen:

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Stand: Januar 2018 20

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Polysaccharide: Cellulose

Cellulose ist struktureller Baustein aller höheren Pflanzen

Cellulose ist ein lineares Polysaccharid aus b-1,4-glycosidisch verknüpften b-D-Glucoseeinheiten

b

1

4'

OOHO

OH

OH

CH2OH

OH

O

OO

b

1

4'

OO

OOH

OH

CH2OH

OH

O

OO

H

H

H

intramolekulare H-Brückenstabilisieren Struktur andere Schreibweise

Baumwolle ist nahezu reine Cellulose

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Notizen:

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Stand: Januar 2018 21

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Glycosylierte Strukturen

Kohlenhydrate sind an Zell-Zell-Erkennungsprozessen beteiligt

Spezifität beruht auf glycosylierten Peptiden und Lipiden

Blutgruppenspezifität ergibt sich aus der Tetrasaccharidstruktur auf der Erythrocytenmembran

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N-Acetyl-b-D-glucopyranose

a-L-Fucopyranose

b-D-Galacto-pyranose

N-Acetyl-a-D-galactopyranose

N-Acetyl-b-D-glucopyranose

a-L-Fucopyranose

b-D-Galacto-pyranose

a-D-Galactopyranose

Blutgruppe A-Spezifität Blutgruppe B-Spezifität

Notizen:

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Stand: Januar 2018 22

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Aminosäuren, Peptide und Proteine

Peptide und Proteine sind Oligomere bzw. Polymere von Aminosäuren

Verknüpfung der einzelnen Aminosäuren über Amidbindungen (= Peptidbindung)

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Säure

Base

Notizen:

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Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Aminosäuren

Proteine sind lineare Polymere aus a-Aminosäuren.

a-Aminosäuren sind chiral (Ausnahme Glycin, R = H)

es gibt 20 proteinogene Aminosäuren

In Proteinen kommen nur die L-Aminosäuren vor.

Außerdem kommen in der Natur noch weitere Aminosäuren: z.B. nichtproteinogene a-Aminosäuren oder b- und g-Aminosäuren

diese sind alle S-konfiguriert (Ausnahme Cystein)

Neurotransmitterim Gehirn www.gieselab.de / © Prof. Dr. M. Giese

Notizen:

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Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Einteilung der Aminosäuren

Seitenkette R bestimmt die chemische Eigenschaften, daher unterscheidet man:

Aminosäuren mit unpolaren Seitenketten

aliphatischen (Glycin, Alanin, Leucin, Valin, Isoleucin, Methionin, Prolin) oder

aromatischen Resten (Phenylalanin, Tryptophan, Tyrosin, Histidin).

Aminosäuren mit polaren, ungeladenen Seitenketten

mit OH- (Serin, Threonin), SH- (Cystein) oder Carboxamid-Gruppe (Asparagin, Glutamin)

Aminosäuren mit polaren, unter physiologischen Bedingungen geladenen Seitenketten

mit sauren (Asparaginsäure, Glutaminsäure) oder mit basischen Resten (Lysin, Arginin)

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Notizen:

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Stand: Januar 2018 25

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Übersicht der AminosäurenUnpolar

Polar/neutral

Basisch

Sauer

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Notizen:

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Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Säure-Base-Eigenschaften der Aminosäuren

Jede Aminosäure enthält eine Säuregruppe und eine basische Aminogruppe Ampholyte

Unter physiologischen Bedingungen liegen Aminosäuren daher als Zwitterionen vor.

Allerdings besitzen einige Aminosäuren zusätzlich noch saure oder basische Gruppen in der Seitenkette, die ebenfalls protoniert (Lys, Arg) oder deprotoniert (Asp, Glu) vorliegen.

Säure

Baseintramolekulare

Säure-Base-Reaktion

ungeladenZwitterion

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Notizen:

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Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Isoelektrischer Punkt

jede Aminosäure hat genau einen pH-Wert, bei dem die Aminosäure als Zwitterion vorliegt

(= isoelektrischer Punkt IEP (pHI , pI))

isoelektrischer Punkt entspricht dem Mittelwert der beiden pKs-Werte

IEP ist für jede Aminosäure unterschiedlichcharakteristische Stoffkonstante

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0

2

4

6

8

10

12

14

n NaOH

pH

-Wer

t

pKs1

pKs2

1 2 3

isoelektrischer Punkt

Notizen:

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Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Trennung von Aminosäuren - Gelelektrophorese

Trennung von Aminosäuren mittels Elektrophorese

www.gieselab.de / © Prof. Dr. M. Giese Auswertung eines Elektrophorese-Gels unter UV-Licht. Notizen:

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Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Peptide

19.10.2015

Peptid = lineares Polymer aus a-Aminosäuren, die über Amidbindungen verknüpft sind

Primästruktur = Aminosäuresequenz(aufgeschrieben vom N- zum C-Terminus)

Achtung: Ein Peptidstrang besitzt eine definierte Richtung.

www.gieselab.de / © Prof. Dr. M. Giese Notizen:

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Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Primärstruktur von Peptiden

Abfolge der Aminosäuren (Aminosäuresequenz)

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S S

S

S

S

S

SerGly Gln AlaCysCysGluValIle Cys Leu Gln LeuTyrSerVal Asn Cys AsnTyrGlu COOH3N

H3N Phe Asn SerHis Cys GlyLeuGlnVal Leu Glu LeuAlaValHis Tyr Leu Val Cys Gly

Glu

ArgAla PhePheTyrThrProLys Gly

1 6

7

11

7

20

191

21

30

OOC

Aminosäuresequenz von RinderinsulinA-Kette

B-Kette

A-Kette

B-Kette Notizen:

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Stand: Januar 2018 31

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Konstitutionsisomere Tripeptide

drei Aminosäuren 3! = 3 ∙ 2 ∙ 1 = 6 konstitutionsisomere Tripeptide in denen alle drei

Aminosäuren einmal vorkommen

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H2N- -COOH

Phe

Tyr

LysH2N- -COOH

H2N- -COOH

PheTyr Lys

Phe

Tyr

Lys

Phe

Tyr

LysPhe

Tyr

Lys

Phe

TyrLys

PheTyr LysH2N- -COOH

H2N- -COOH

H2N- -COOH

H2N- -COOH

H2N- -COOH

H2N- -COOH

Notizen:

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Stand: Januar 2018 32

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Tripeptide

können die Aminosäuren zudem mehrfach auftauchen 33 = 27 Tripeptide

Achtung: Diese sind natürlich nicht mehr alle Konstitutionsisomer zueinander.

Peptide wie H-Ala-Ala-Ala-OH und H-Ala-Ala-Met-OH sind überhaupt keine Isomere.

www.gieselab.de / © Prof. Dr. M. Giese Notizen:

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Stand: Januar 2018 33

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Besonderheiten der Amidbindung

Peptide weisen relativ starre Struktur auf Amidbindung besitzt ~40% Doppelbindungscharakter

Amidgruppe ist planar

keine freie Drehbarkeit um die C-N-Bindung

Amidbindung ist sehr stabil

Stickstoff ist nicht mehr basisch

Planarität der einzelnen Amidgruppen schränkt die möglichen Konformationen einer Peptidkette stark ein nur wenige stabile Sekundärstrukturen

www.gieselab.de / © Prof. Dr. M. Giese Notizen:

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Stand: Januar 2018 34

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Sekundärstruktur von Peptiden

Peptidkette = Aneinanderreihung von trans-konfigurierten Amidbindungen

109-Verdrehung entweder in die gleiche oder in entgegengesetzte Richtungen

a-Helix b-Faltblatt

Aminosäuresequenzbestimmt Faltung

Zwei Sekundärstrukturelementedie durch Wasserstoffbrücken zwischen weiter entfernten Amidgruppenentlang der gefalteten Kette stabilisiert werden.

www.gieselab.de / © Prof. Dr. M. Giese Notizen:

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Stand: Januar 2018 35

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

a-Helix

planaren Amidgruppen in gleicher Richtung verdreht

rechtsgängige Helix

Ganghöhe 3,6 Aminosäuren (= 0,54 nm)

H-Brücken zwischen den Aminosäuren i und i+4

Peptidrückgrat

Seitenketten weisen nach außen

Helix ist imInnern nicht hohl

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0.54 nm

Notizen:

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Stand: Januar 2018 36

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

b-Faltblatt

planaren Amidgruppen in entgegengesetzte

Richtung verdreht

flache, gefaltete, zickzickartige Bandstruktur

H-Brücken zwischen benachbarten Bändern

Bänder können parallel oder antiparallel angeordnet sein

Seitenketten R zeigen von der Ebene des Faltblattes abwechselnd nach oben und unten

www.gieselab.de / © Prof. Dr. M. Giese Notizen:

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Stand: Januar 2018 37

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Peptide mit eindeutiger Sekundärstruktur

Glucagon

Pankreas-Hormon: Antagonist des Insulins: steigert Glycogen-Abbau und

Gluconeogenese → Erhöhung des Blutzuckerspiegels

29 Aminosäuren, ausschließlich a-Helix

Seidenproteine

b-Keratin, ausschließlich b-Faltblatt

www.gieselab.de / © Prof. Dr. M. Giese Notizen:

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Stand: Januar 2018 38

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Tertiärstruktur eines Proteins

Tertiärstruktur = dreidimensionale Struktur des gesamten Proteins

Abfolge der Sekundärstrukturelemente (a-Helix, b-Faltblattstruktur) und ihre relative Anordnung zueinander

Die meisten Proteine enthalten sowohl a-Helices als auch b-Faltblätter sowie Schleifen (Loops) und ungeordneten Bereiche.

Die Aminosäuresequenz (Primästruktur) bestimmt die Faltung eines Proteins.

Disulfidbrücken

www.gieselab.de / © Prof. Dr. M. Giese Notizen:

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Stand: Januar 2018 39

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Quartärstruktur eines Proteins

Häufig lagern sich auch mehrere Proteine zu einem funktionellen Komplex zusammen Quartärstruktur

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Hämoglobin (Tetramer) Anthrax Toxin (Octamer)

Notizen:

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Stand: Januar 2018 40

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Enzyme

Substrat

Enzym

Produkt

Enzym-Substrat-Komplex

Enzyme sind meistens Proteine die als Biokatalysatoren fungieren

kleine Moleküle wie ATP, NADH oder Hämgruppen dienen als Cofaktoren (= Coenzyme)

im aktiven Zentrum findet die chemische Reaktion statt

Substrat und aktives Zentrum müssen komplementär zueinander sein Schlüssel-Schloss-Prinzip

www.gieselab.de / © Prof. Dr. M. Giese Notizen:

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Stand: Januar 2018 41

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Nucleinsäuren

Nucleinsäure tragen Informationen:

Desoxyribonucleinsäure (DNA) = Erbinformation eines Lebewesens

Gesamtheit der DNA = Genom bezeichnet

Einzelne Abschnitte der DNA codieren Informationen zur Biosynthese von Proteinen oder

RNA-Molekülen Abschnitte = Gene

Ribonucleinsäuren (RNA) = Übermittlung der Information der DNA, Unterstützung der

Proteinbiosynthese

DNA

tRNA Ribosomwww.gieselab.de / © Prof. Dr. M. Giese

CCA-OH

Anticodon

t-RNA„unbeladen“ t-RNA

„beladen“

m-RNA

Notizen:

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Stand: Januar 2018 42

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Zentrales Dogma der Molekularbiologie

F. Crick (1958)

Transkription

DNA mRNA Protein

Translation

www.gieselab.de / © Prof. Dr. M. Giese Notizen:

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Stand: Januar 2018 43

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Aufbau der Nucleinsäuren

DNA und RNA sind analog aufgebaut:

lineares Polymer von Zuckerbausteinen, verknüpft über Phosphordiesterbindungen

Nucleinbase (= aromatischer Heterocyclus) am anomeren C-Atom (b-N-glycosidisch gebunden)

Unterschied: DNA (Zucker = 2‘-Desoxy-D-ribose), RNA (Zucker = D-Ribose)

5‘

3‘

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Stand: Januar 2018 44

DNA

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Die Basen der Nucleinsäuren

DNA und RNA enthalten je vier heterocyclische Nucleinbasen

Nucleinbasen sind b-N-glycosidisch an Zucker

Zwei Nucleinbasen leiten sich vom Purin und zwei vom Pyrimidin ab

RNA

www.gieselab.de / © Prof. Dr. M. Giese Notizen:

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Stand: Januar 2018 45

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Aufbau eines Nucleotids

Zucker + Nucleinbase = Nucleosid

Phosphorylierung führt zum Nucleotid (= Ester der Phosphorsäure)

Polykondensation führt zur Nucleinsäure (= Polynucleotid)

www.gieselab.de / © Prof. Dr. M. Giese Notizen:

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Stand: Januar 2018 46

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Struktur der Nucleinsäuren

DNA = langes Polynucleotid (> 100.000 Nucleotide), Doppelhelix, chemisch sehr stabil

RNA = relativ kurz (einige Tausend Nucleotide), Einzelstrang, instabil, hydrolysiert leicht

Bakteriophage T2 mit DNA

DNA Doppelstrang

RNA kommt fast nur als Einzelstrang vor

viele verschiedene Strukturen bekannt

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tRNA

CCA-OH

Anticodon

Notizen:

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Stand: Januar 2018 47

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

DNA-Doppelstrang

unter physiologischen Bedingungen bilden zwei Stränge der Desoxyribonucleinsäure eine

rechtsgängige Doppelhelix (B-Form) aus

Nucleinbasen zeigen nach innen

Zucker-Phosphat-Rückgrat zeigt nach außen

Watson und Crick (1953)Nobelpreis für Physiologie und Medizin, 1962

Rosalind Franklinwww.gieselab.de / © Prof. Dr. M. Giese Notizen:

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Stand: Januar 2018 48

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Basenpaarung

nur bestimmte Basenpaare möglich: Adenin + Thymin (A-T) und Guanin + Cytosin (G-C)

Wasserstoffbrücken halten Basenpaare zusammen

zusätzliche Stabilisierung der Doppelhelix durch Stapelwechselwirkung der aromatischen Basen

2 Wasserstoff-Brücken

3 Wasserstoff-Brücken

Stapelwechselwirkung

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groß

e Furch

eklein

e Furch

e

Pyrimidin-base

Purin-base

Notizen:

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Stand: Januar 2018 49

RNA-Polymerase

DNA

mRNA

Proteinbiosynthese – 1. Transkription

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

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RNA-Polymerase

codogener Strang

DNA

m-RNA

3‘ 5‘

3‘5‘

3‘

5‘

A

UC

G

TA

CG

Notizen:

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Stand: Januar 2018 50

Proteinbiosynthese – 2. Translation

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

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Ile

Anti-Codon

t-RNA„beladen“

Aminosäure

m-RNA

3‘

5‘

Codon

Arg

HisAspVal

SerThr

Ser

Ribosom

wachsendesProtein

t-RNA„unbeladen“

Ribosomt-RNA

„unbeladen“

t-RNA„beladen“

m-RNA

Anti-CodonCodon

Notizen:

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Stand: Januar 2018 51

Kapitel 12: wichtige Klassen von Biomolekülen

Der genetische Code

DNA enthält die Aufbauanleitung für die Synthese der Proteine.

Drei DNA-Basen (= Codon) stehen jeweils für eine Aminosäure

insgesamt 43 = 64 verschiedene Codons

pro Aminosäure jeweils mehrere Codons

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DNA

m-RNA

Transkription

via t-RNA

Protein

Transkription

Notizen:

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Stand: Januar 2018 52

Zusammenfassung

Kohlenhydrate (Saccharide) sind Polyhydroxycarbonylverbindungen und deren Derivate

man unterscheidet: Aldosen und Ketosen

Monosaccharide werden nach der Anzahl ihrer C-Atome klassifiziert: Triosen, Tetrosen,

Pentosen, Hexosen

D-Glucose ist das wichtigste Monosaccharid

D-Mannose und D-Galactose sind weitere wichtige Monosaccharide und Epimere der D-Glucose

Monosaccharide weisen chemische Eigenschaften von Alkoholen und Carbonylverbindungen auf

reduzierende Eigenschaften von Aldosen dienen als Zuckernachweis

Pentosen und Hexosen liegen in wässriger Lösung als cyclische Halbacetale vor

Fünfring (Furanosen) oder Sechsring (Pyranosen)

neues Stereogenes Zentrum führt zu zwei Diastereomere: a und b-Anomere

Reaktion eines Nucleophils mit der anomeren OH-Gruppe führt zu einem Glycosid

Bausteine der Proteine und Peptide sind a-Aminosäuren

man unterscheidet 21 proteinogene L-Aminosäuren:

Aminosäure mit unpolaren Resten (Ala, Val, Leu, Ile, Met, Pro)

Aminosäure mit aromatischen Resten (Phe, Tyr, Trp)

Aminosäure mit polaren, ungeladenen Resten (Ser, Cys, Thr, Asn, Gln, Sec)

Aminosäuren mit basischen Resten (Lys, Arg, His)

Aminosäuren mit sauren Resten (Asp, Glu)

Aminosäuren sind Ampholyte und besitzen einen charakteristischen isoelektrischen Punkt (pI =

½ ∙ (pKS1 + pKS2))

Aminosäuren sind durch Amidbindungen zu Peptiden oder Proteinen verknüpft

man unterscheidet:

Primärstruktur (Abfolge der Aminosäuren)

Sekundärstruktur (a-Helix oder b-Faltblatt)

Teriärstruktur (3-dimensionale Gesamtstruktur eines Proteins)

Quartärstruktur (Zusammenlagerung mehrerer Proteine)

Enzyme (meist Proteine) sind biochemische Katalysatoren

Nucleinsäuren sind Polynucleotide und tragen die Erbinformation

Nucleotide bestehen aus einem an der 3‘- oder 5‘-OH-Gruppe phosphorylierten Nucleosid

(Zucker + Nucleinbase)

Zucker der Nucleoside sind: D-Ribose (RNA) oder 2‘-Desoxy-D-ribose (DNA)

Nucleinbasen sind: Adenin und Guanin (Purinbasen) und Cytosin, Thymin und Uracil

(Pyrimidinbasen)

in der DNA bilden die Nucleinbasen Paare aus, die durch Wasserstoffbrückenbindungen verknüft

sind (Watson-Crick-Paarung):

Adenin und Thymin bilden 2 H-brücken aus

Guanin und Cytosin bilden 3 H-Brücken