HPCI共用計算資源について...(Skylake-SP, 2.4GHz,20コア)x2 3.072TF 384GiB Intel Omni-Path 東北サブシステムAOBA-B LX406Rz-2 278.5TF 68 EPYC 7702 (2.0GHz,64コア)

1

HPCI共用計算資源について

文部科学省委託事業「HPCIの運営」代表機関

一般財団法人高度情報科学技術研究機構神戸センター

令和３年度HPCIシステム利用研究課題募集説明会

（令和2年 10月8日版）

説明内容

HPCI共用計算資源

資源提供機関のハードウェア情報

ソフトウェア情報

HPCI提供資源でのアプリケーションの整備状況

2

ネットワーク基盤︓学術情報ネットワーク（SINET5）を利⽤

(TBD)A64FX

Xeon/EPYC（x86-64）

CPU architecture

ABCI

Cygnus

ｻﾌﾞｼｽﾃﾑAOBA-A

ｻﾌﾞｼｽﾃﾑAOBA-B

Grand Chariot

XC40 TSUBAME3.0

ITOｻﾌﾞｼｽﾃﾑA

Reedbush-H,L

Oakforest-PACS

HPCI：High Performance Computing Infrastructure

HPCI共用計算資源

KNLKNL

KNLKNL

OCTOPUS KNLKNL

GPUP100

GPUP100

Polaire KNLKNLGPUV100

筑波大学

北海道大学

東北大学

産業技術総合研究所

名古屋大学

大阪大学

京都大学

九州大学

JCAHPC

東京大学

海洋研究開発機構

東京工業大学

ITOｻﾌﾞｼｽﾃﾑB

GPUP100

3

Oakbridge-CX

GPUV100

共用ストレージ（西）

理化学研究所

共用ストレージ（東）

GPUP100

FX1000

CX2570 M5

新スパコン（汎⽤CPUノード、ほか）

新スパコン

Vector

富岳

次期地球ｼﾐｭﾚｰﾀ計算ノードA(仮称)計算ノードB(仮称)

GPUV100

2020年度途中から稼働した計算機・名大「不老」、FX1000は「富岳」互換・東北大AOBA、AOBA-Aはベクトルマシン 2021年度から利用可能な新スパコン

・海洋機構の次期地球シミュレータ・阪大の高性能計算・データ分析基盤シス

テム(仮称)・東大のBDEC (仮称) ベクトルマシンはx86-64ベースで

アクセラレータとしてベクトルエンジンを搭載（東北大、海洋機構）

資源提供機関のハードウェア情報（Xeon/EPYC）

資源提供機関

計算資源名／機種名

システム全体ノード単体ノード間

ネットワーク演算性能ノード数プロセッサ演算性能メモリ

九⼤ ITO サブシステムACX2550/CX2560 M4 6.91 PF 2,000

Xeon Gold 6154 (Skylake-SP, 3.0GHz,18コア)x2

3.456TF 192GiBInfiniBandEDR100Gbps

東⼤ Oakbridge-CX 6.61 PF 1,368Xeon Platinum 8280(Cascade Lake,2.7GHz,28コア)x2

4.8384TF 192GiBIntel Omni-Path 100Gbps

北⼤Grand Chariot

サブシステムACX400/CX2550 M4

3.08 PF 1,004Xeon Gold 6148 (Skylake-SP, 2.4GHz,20コア)x2

3.072TF 384GiBIntel Omni-Path

東北⼤サブシステムAOBA-BLX 406Rz-2 278.5TF 68 EPYC 7702

(2.0GHz,64コア) x2 4.096TF 256GiBInfiniBandHDR 200Gbps

海洋機構次期地球シミュレータ

計算ノードB(仮称)HPE Apollo2000

1.27 PF 720 EPYC 7742(2.2GHz,64コア) x2 4.6 TF 256GiB

InfiniBand HDR200

Xeon

/ EP

YCXe

on/

EPYC

4

資源提供機関のハードウェア情報（Xeon+GPU）

資源提供機関


システム全体ノード単体ノード間ネットワーク演算性能ノード数プロセッサ演算性能メモリ

東⼯⼤ TSUBAME3.0 12.15 PF 540Xeon E5-2680v4, 2.4GHz(14コア)x2+Tesla P100 x4, NVLink

22.5 TF 256GiBIntel Omni-Path 100Gbps x4

名⼤「不⽼」TypeⅡサブシステム

CX2570 M57.49 PF 221

Xeon Gold 6230, 2.10-3.90 GHz(20コア)x2 +Tesla V100 x4

33.88 TF 384GiBInfiniBand EDR 100 Gbps x2

九⼤ ITO サブシステムB CX2570 M4 3.05 PF 128

Xeon Gold 6140 (Skylake-SP,2.3GHz,18コア)x2+Tesla P100x4, NVLink

23.85TF(2.65TF + 5.3TF*4)

384GiBInfiniBand EDR 4x100 Gbps

筑波⼤ Cygnus(Deneb node) 2.4 PF 80

Xeon Gold 6126 (Skylake-SP,2.6GHz,12コア)x2+Tesla V100x4,PCIe

30TF 192GiBInfiniBand HDR100 4x

東⼤

Reedbush-L 1.43 PF 64Xeon E5-2695v4,(Broadwell-EP, 2.1GHz, 18コア)x2+Tesla P100 x4, NVLink

22.41TF

(1.21TF +5.3TF*4)

256GiBInfiniBand EDR 4x * 2port200Gbps

Reedbush-H 1.42 PF 120Xeon E5-2695v4(Broadwell-EP, 2.1GHz,18コア)x2+Tesla P100 x2, NVLink

11.81TF

(1.21TF +5.3TF*2)

256GiBInfiniBand FDR 4x2リンク56Gbps x2

産総研 ABCI 37.2 PF 1088Xeon Gold 6148

(20コア) x2＋Tesla V100 ｘ４

34.19TF 384GiBInfiniBand EDR

Xeon

+GP

U(NV

IDIA

Tes

la)

Xeon

+GP

U(NV

IDIA

Tes

la)

※１

※１有償利用資源5

資源提供機関のハードウェア情報（Xeon Phi）

資源提供機関




JCAHPC Oakforest-PACS 25 PF 8,208 Xeon Phi 7250

1.4GHz(68コア) 3.046TFMCDRAM

16GiB＋

DDR4 96GiB

Intel Omni-Path100Gbps

京⼤システムAXC40 5.5 PF 1,800 Xeon Phi 7250

1.4GHz(68コア) 3.046TFMCDRAM

16GiB＋

DDR4 96GiB

Aries(Dragonflyトポロジ)インジェクションバンド幅15.75GB/s

北⼤PolaireサブシステムB

CX600/CX1640M1

0.87 PF 288 Xeon Phi 7250 1.4GHz(68コア) 3.046TF

MCDRAM16GiB

＋DDR4 96GiB

Intel Omni-Path Xeon

Phi

(KN

L)Xe

on P

hi (

KNL)

6

資源提供機関のハードウェア情報（Xeon+複合）

資源提供機関




阪⼤

OCTOPUS 1.46 PF 319

InfiniBand EDR 100Gbps

汎⽤CPUノード 471 TF 236 Xeon Gold 6126 (Skylake-SP, 2.6GHz, 12コア) x2 1.997TF 192GiB

GPUノード 858 TF 37Xeon Gold 6126 (Skylake-SP, 2.6GHz, 12コア) x2+Tesla P100(NVLink) x4

23.2TF(1.997TF +

5.3TF*4)192GiB

Xeon Phiノード 117 TF 44 Xeon Phi 7210 (KNL, 1.3GHz, 64コア) x1 2.66TF 192GiB

⼤容量主記憶搭載ノード 16 TF 2

Xeon Platinum 8153(Skylake-SP, 2.0GHz, 16コア) x8

8.192TF 6TiB

Xeon

+ 複

合(G

PU+

KNL)

Xeon

+ 複

合(G

PU+

KNL)

7

資源提供機関のハードウェア情報（SX/<TBD>）

資源提供機関


シテム全体ノード単体ノード間


名⼤「不⽼」Type IサブシステムFX1000 7.782 PF 2,304 A64FX, 2.2GHz,

48演算コア 3.3792TF 32GiBTofuインターコネクトD

東北⼤サブシステムAOBA-ASX-Aurora TSUBASA 1.48 PF 72

ベクトルプロセッサ, B401-8（1VH+8VE）

20.675TF 256GiBInfiniBand(HDR 200Gbps×2)

海洋機構次期地球シミュレータ

計算ノードA(仮称)SX-Aurora TSUBASA

14.97 PF 684ベクトルプロセッサ, B401-8（1VH+8VE）

21.9 TF 256GiBInfiniBand HDR200

東⼤ BDEC（仮称）

阪⼤

⾼性能計算・データ分析基盤システム(仮称)

汎⽤CPUノード(仮称)

⾼性能計算・データ分析基盤システム(仮称)スーパーコンピューティングノード(仮称)

<TB

D><

TBD>

X86/

Vec

tor

8

性能情報は未確定

A64F

X

性能情報は未確定

・HPCIに提供されるシステム全体のハードウェア情報を示しています。・提供資源量は、これらの一部であり募集枠によっても異なります。それぞれの募集情報をご参照ください。

性能情報（予定）・ノード数：1500ノード以上・ノード性能：理論演算性能2TF以上のCPUを2個以上搭載

主記憶容量: 256GB以上

詳細は未確定

9

ソフトウェア情報（1/2）

https://www.hpci‐office.jp/pages/hardware_software?tab=software

各資源提供機関のソフトウェア情報をHPCIポータル「ソフトウェア検索」にて集約して公開しています。

ソフトウェア名による検索ソフトウェア分類によるソフトウェア情報の絞り込み

特定の計算機資源に限定したソフトウェア情報の絞り込み

過去に利用可能であったソフトウェアと計算機資源の情報を含めた検索

検索機能

各ソフトウェアの概要説明

各ソフトウェアの計算機資源ごとのインストール情報や利用条件等の案内

利用の多いソフトウェアを中心に、関連情報(More information)の案内

各ソフトウェアを利用した課題の利用報告書へのリンク

各ソフトウェアに関する情報の案内

HPCIポータル「ソフトウェア検索」

10

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ソフトウェア情報（2/2）

11


(1/3)シミュレーションソフトウェア（参考）

ソフトウェア名

理研

　　

「富

岳」

北大

　G

ran

d C

hari

ot

北大

　P

ola

ire

東北

大　

AO

BA

-A

(S

X)

東北

大　

AO

BA

-B

(L

X)

筑波

大　

Cygn

us

JC

AH

PC

　O

akfo

rest-

PA

CS

東大

　R

ee

dbu

sh

-H

東大

　R

ee

dbu

sh

-L

東大

　O

akbri

dge

-C

X

東工

大　

TS

UB

AM

E3

.0

名大

　F

X1

00

0

名大

　C

X2

57

0

京大

　C

RA

Y X

C4

0

阪大

　O

CT

OP

US

九大

　IT

O A

九大

　IT

O B

分子動力学 AMBER ○ ○ ○ ○ ○

CHARMM ○ ○

feram ○ ○

GENESIS ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○

GROMACS ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○

LAMMPS ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○

MODYLAS ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○

MyPresto ○ ○

N2P2 ○

NAMD ○ ○ ○ ○ ○ ○

Tinker ○

量子化学 ABINIT-MP ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○

BoltzTrap ○

GAMESS ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○

Gaussian ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○

GRRM ○

Molpro ○ ○

NTChem ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○

NWChem ○

Scigress ○

SMASH ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○

1212


シミュレーションソフトウェア（参考） (2/3)


理研

　　

「富

岳」

北大

　G

ran

d C

hari

ot

北大

　P

ola

ire

東北

大　

AO

BA

-A

(S

X)

東北

大　

AO

BA

-B

(L

X)

筑波

大　

Cygn

us

JC

AH

PC

　O

akfo

rest-

PA

CS

東大

　R

ee

dbu

sh

-H

東大

　R

ee

dbu

sh

-L

東大

　O

akbri

dge

-C

X

東工

大　

TS

UB

AM

E3

.0

名大

　F

X1

00

0

名大

　C

X2

57

0

京大

　C

RA

Y X

C4

0

阪大

　O

CT

OP

US

九大

　IT

O A

九大

　IT

O B

物性物理 ABINIT ○

AkaiKKR ○ ○

ALPS ○ ○

CP2K ○ ○

HΦ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○

Materials Studio ○

OpenMX ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○

PHASE/0 ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○

Quantum ESPRESSO ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○

SALMON ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○

VASP ○ ○ ○ ○

xTAPP ○ ○

計算生物学 Discovery Studio ○

rDock ○

Relion ○

Schrodinger Small Drug Discovery Suite ○

流体解析 ANSYS Fluent ○

FFV-C ○

FLASH code ○

FrontFlow/blue ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○

FrontFlow/red ○ ○

OpenFOAM ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○

V-FaSTAR ○

1313


シミュレーションソフトウェア（参考）

※整備状況等の詳細は、各資源、ソフトウェアにより異なります。最新の状況など詳細についてはHPCIポータル「ソフトウェア検索」から参照ください。

(3/3)


理研

　　

「富

岳」

北大

　G

ran

d C

hari

ot

北大

　P

ola

ire

東北

大　

AO

BA

-A

(S

X)

東北

大　

AO

BA

-B

(L

X)

筑波

大　

Cygn

us

JC

AH

PC

　O

akfo

rest-

PA

CS

東大

　R

ee

dbu

sh

-H

東大

　R

ee

dbu

sh

-L

東大

　O

akbri

dge

-C

X

東工

大　

TS

UB

AM

E3

.0

名大

　F

X1

00

0

名大

　C

X2

57

0

京大

　C

RA

Y X

C4

0

阪大

　O

CT

OP

US

九大

　IT

O A

九大

　IT

O B

構造・衝突解析 Abaqus ○

ABAQUS CAE ○

ANSYS Mechanical ○

FrontISTR ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○

LS-DYNA ○ ○

Marc ○ ○ ○

Mentat ○ ○ ○

MSC Dytran ○

MSC Nastran ○ ○ ○

Patran ○ ○ ○

電磁界解析 Meep ○ ○ ○

MW-STUDIO ○

マルチフィジックANSYS Workbench ○

COMSOL Multiphysics ○

Freefem++ ○

HyperWorks ○

粒子系 FDPS ○

GEANT4 ○ ○ ○ ○

気象・気候 WRF ○ ○ ○

ソフトウェア検索：https://www.hpci‐office.jp/pages/hardware_software?tab=software

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令和３年度HPCIシステム利用研究課題募集説明会

以上

HPCI共用計算資源について

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HPCI共用計算資源について...(Skylake-SP, 2.4GHz,20コア)x2 3.072TF 384GiB Intel Omni-Path 東北 サブシステムAOBA-B LX406Rz-2 278.5TF 68 EPYC 7702 (2.0GHz,64コア)

HPCI共用計算資源について...(Skylake-SP, 2.4GHz,20コア)x2 3.072TF 384GiB Intel Omni-Path 東北サブシステムAOBA-B LX406Rz-2 278.5TF 68 EPYC 7702 (2.0GHz,64コア)