Structuur Opleidingen Biochemie en Biotechnologie (BB)

Master Biochemie en Biotechnologie (BB)

Major Biochemie en Structurele Biologie (BSB)Major Bioinformatica en Systeembiologie (BIS)Major Biomedische Biotechnologie (BIB)Major Microbiële Biotechnologie (MIB)Major Plantenbiotechnologie (PLB)

Interactions of microorganisms

• Lecturers: Marcelle Holsters (titularis), Sofie Goormachtig, Dirk de Graaf, Lothar Steidler

• Master 1, semester 1

• Plant-microbe interactions (Marcelle Holsters & Sofie Goormachtig)– Microbiele pathogenen, symbionten, epiphyten,

endophyten, rhizosfeer organismen: een wereld van strategieën voor niche ontwikkeling

– Communicatie met de waard en omgaan met plantenimmuniteit en verdediging

• Human-microbe interactions (Lothar Steidler)• Parasite-microbe interactions (Dirk de Graaf)

Developmental and differentiation processes in microorganisms

• Lecturers: Marcelle Holsters (titularis), Danny Vereecke• Master 2, semester 1

• Motiliteit en chemotaxis• Sporulatie• Injectosomen• Celdeling: symmetrie en asymmetrie• Differentiatie bij Caulobacter, Myxococci, Dictyostelium• Differentiatie voor stikstoffixatie

Onderzoekslijnen (thesis onderwerpen) aansluitend bij M1 vak 16 en M2 vak 13

Bacteroiden als horizontaal verworven organellen in legumineuze plantencellen (M1/16) …

De rol van bacteriële oppervlaktestructuren bij het instellen van de symbiose tussen rhizobia en legumineuze planten

De analyse van Azorhizobium caulinodans functies voorsymbiose op basis van de in silico interpretatie van de volledigegenoom sequentie

Azorhizobium genoom data (M2/13)

Onderzoekslijnen (thesis onderwerpen) aansluitend bij M1 vak 16 en M2 vak 13

Microbial genomes, evolution, detection and diagnostics

• Lecturers: Peter Vandamme (titularis), Dirk Gevers, Geert Huys

• Master 1, semester 2

• Microbial genomes and evolution (Dirk Gevers)

• Identification, epidemiology and population genetics (Peter Vandamme)

• Microbial ecology (Geert Huys)

Biotechnology of bacteria

• Lecturers: Anne Willems (titularis), Paul De Vos• Master 2, semester 1

• Plant growth promotion and biocontrol• Bioremediation and water treatment• Biosynthesis pathways / fermentaties• Industrial production of food• Microbial fuel cells• Biofuels• Microbial deterioration / corrosion• Bioterrorism• Biosensors and microorganisms

Optimaliseren van een real-time PCR formaat voor detectie van Bacillus in gelatine

• Gelatine = hydrocolloïde van dierlijke oorsprong• Gebruik in farmaceutische en voedingsindustrie• Gelerende en stabiliserende eigenschappen

• Bacillus

- wijdverspreid: lucht, water en grondstoffen - thermofiel/thermotolerant → groei tijdens productieproces - endospore vormend → extreme omstandigheden overlevend

Dr. Rieka Reekmans, Prof. Dr. Paul De Vos

Identificatie van bacteriën in elektroactieve biofilms

Ilse VandecandelaereProf. Dr. P. Vandamme

Identificatie en rol van denitrificerende en nitrificerende bacteriën en management van waterzuivering

P. De Vos (Fac. Wetenschappen) & W. Verstraete (Fac. Bio-ingenieurswetenschappen)

Genome studiesPatient 16 Contacts

2

1

3

DNA fingerprinting

Population genetics

Growth promotion

Molecular diagnosis and epidemiology of unusual pathogens in cystic fibrosis patients

Molecular biology of viruses

• Lecturer: Xavier Saelens (titularis)• Master 1, semester 2

Attachment Viral g

ene expression

Anti-viral immunity

PathogenesisHIV

Vectors

TransportRe

sist

ance

Viro

ids

Bacteriophages

Prio

ns

Viruses and Biotechnology

Internalization Oncogenesis

Research1. Mechanism of protection of a universal influenza A vaccine:role of macrophages and Natural Killer cells

2. Innate immunity and influenza Neuraminidase

Infected cell

NK cell

Neuraminidase

Tamiflu?

In vivo

In vitro

Saelens, DMBR-VIB-UGent

Biotechnology of yeasts and fungi

• Lecturer: Steven Geysens (titularis) • Master 2, semester 1

• Biotechnological applications of yeasts and fungi• Recombinant DNA-technology in yeasts and fungi• S. cerevisiae as model- and screening organism• Heterologous gene expression and protein production in

yeasts and fungi• Fermentation

1) Eukaryotic secretory system engineering for structural biology (membrane proteins).

2) Glyco-engineering of yeasts for human therapeutic protein production.

3) Proteome-wide expressability screens in yeast.

4) System biology of biomass degradation by fungal enzyme systems.

Research topicsL-PROBE

Parasitology (Optional course)

• Lecturer: Dirk de Graaf (titularis) • Master 2, semester 1

• Parasitologie = studie van het parasitisme (samenlevingsvorm)

• Parasieten sensu strictum: protozoa, helminthen, arthropoda• Selectie van parasieten van medisch en veterinair belang• Levenscyclus / morfologie / adaptaties / pathogenese /

epidemiologie / bestrijding

• Research onderwerpen ivm parasitologie:

Dr. Dirk De Graef, Lab. Zoofysiologie

- Differentiële protein expressie van haemolymfe proteinen bij Nosema apis infectie van de honingbij (Melissa De Schuyter)

- Protein-protein interacties tussen microneem-proteinen van Cryptosporidium parvum en oppervlakte componenten van ileo-caecale cellen (Bieke Strubbe)

Moleculaire basis van `gliding motility’ bij apicomplexa

Antibiotische respons van micro-organismen : proteomics (Prof. B. Devreese, L-Probe)

• Vraagstelling: “Sensoren” op het oppervlak van de cel brengen bij binding van beta-lactam antibiotica een respons op gang, die eindigt met de productie van beta-lactamasen

• Doelstelling : via proteoomanalyse deze “sensoren” identificeren en de respons in kaart brengen om zo de antibioticumresistentie beter te begrijpen

L-PROBE

Microbiologische research topics in het Lab. Eiwitbiochemie en Biomoleculaire Engineering (L-Probe)

Bacteriële biofilms : een –omics benadering (Prof. B. Devreese, L-Probe)

Biofilms : een specifieke bacteriële levensvorm die zowel biomedisch als industrieel erg veel problemen veroorzaakt (vb tandplaque, besmetting catheters en prothesen, verstopping van industriële leidingen)

Doelstelling : Aan de hand van functionele genoomanalyse en proteoomanalyse de overgang tussen planktonische cellen en biofilms moleculair karakteriseren en potentiële targets voor bestrijden biofilmvorming identificeren

L-PROBE