Rubrik på titelsida 1 - Inera · Web viewTestprotokollVersion 1.0 SBR förvaltning Senast ändrad 2012-11-13 Inera AB Box 177 03 Östgötagatan 12 118 93 Stockholm Tel 08 452 71

TestprotokollVersion 1.0

SBR förvaltning Senast ändrad2012-11-13

TestprotokollTestprotokollet fylls på labbet som vill ansluta sig till SBR, eller vid systemuppdatering.

1. Exportera en fil från systemet 2. Visuell besiktning av XML-filen, enligt protokoll nedan.3. Skicka den manuellt till SBR4. Logga in i SBR som administratör 5. Gå till tramstop – LIS Importer6. Kontrollera att importen har gått bra7. Gå in och titta på innehållet i tre av proverna som skickats in och kontrollera att data är korrekt. Gör gärna

detta både på nya och uppdaterade prover om möjligt.8. Genomför steg 3,4 och 5 efter att den första automatiserade överföringen skett.

Om något av stegen 3 – 7 misslyckas så kontakta RBC tekniker för hjälp med felsökning.

Inera AB Box 177 03Östgötagatan 12118 93 Stockholm

Tel 08 452 71 [email protected]

Organisationsnummer556559-4230

Sid 1/15



1. Dataleverans till SBR, Filhuvud

Testet är utfört på: Testserver(X) Driftserver ()

Under fältet resultat beskrivs värdeöversättning från LIS till värden i attributslisa i SBR.Testprotokollet baserar sig på Specifikation dataleverans till SBR avseende biobanksprov, Se attributbeskrivning i ZIP fil/ teknisk dokumentation på Inera.se/ SBR

Ref XML-referens Attribut Resultat Datum Signatur

1 Target Namespace http://www.natrbr.se/XML-schema/ns/natrbr-base/ver20090210/

2 Target Namespace (som del av namnet) format ver

Version av filspecifikationen: t ex ”ver20090210” För att vid kunna hantera flera format parallellt vid eventuella formatändringar.

3 ReceivingSystemName Mottagande system: ”NATRBR” För att ge allmän info.

4 FileCreationTimestamp Datum och tid för skapande av fil enligt ISO 8601 format.

5 FileSpecificationName Namn på filspecifikationen. Exempelvis "NAT-RBR biobanksprov". För att ge en allmän info om ändamålet med filen.

6 SupplierSystemName Namn på det källsystemet (LIS-system eller motsvarande) som har exporterat informationen t ex Sympathy.




Sid 2/15

http://www.natrbr.se/XML-schema/ns/natrbr-base/ver20090210/

http://www.natrbr.se/XML-schema/ns/natrbr-base/ver20090210/



Ref XML-referens Attribut Resultat Datum Signatur

7 SupplierOrganisationName Kliniknamn eller motsvarande som ansvarar för dataleveransen t ex Klinisk patologi och cytologi vid Karolinska

8 SupplierPrincipalName Organisationsnamn eller motsvarande som ansvarar för leveransen t ex Stockholms läns landsting.

9 SupplierOrganisationNbr Organisationsnummer eller motsvarande t ex 2321000016.

10 SupplierHSAIdentity Organisationens HSA-id.

11 StartTimestampDateTime Urvalsperiod från och med - filen avser tillkommen eller uppdaterad data från och med datum enligt ISO 8601 format. För att kunna upptäcka överlapp och eventuella glapp.

12 EndTimestampDateTime Urvalsperiod till och med - Filen avser tillkommen eller uppdaterad data till och med datum och tid. ISO 8601 format.

13 Serial Filens sekvensnummer (uppdateras med 1 för varje nytillkommen tidsperiod för vilken fil tas ut (starta med 1): Detta är för att säkerställa att filerna läses in i rätt ordning och att det inte saknas filer.

14 NbrOfSamples Antal poster som den aktuella filen innehåller, exkl header: Som enkel kontroll på att filen är komplett (inga halva filer).

Exempel på XML fil: Här kopierar du er fil så kan RBC tekniker se de aktuella värdena




Sid 3/15



2. Dataleverans till SBR, Meddelandekärna

Testet är utfört på: Testserver (X) Driftserver ( )

Under fältet resultat beskrivs värdeöversättning från LIS till värden i attributslisa i SBR.Testprotokollet baserar sig på prio 1,2 och 3 i ”V MIM verksamhetsorienterad attributlista överföring data avseende biobanksprov till NATRBR”, datum: 2009-02-12. Attribut 4, 14, 17, 19.1 skickas från de system som har attributen t.ex. klinik mikrobiologi.

Ref Motsvarar Klass. Attribut i VDIM

Information Kodverk/värdemängd Mult Beslutsregel Resultat Datum Signatur

1 Provgivare.provgivar-id XML: PersonId

Unik identetsbeteckning för provgivaren

Personnummer enligt RSV 704 Samordningsnummer enligt RSV 707 Reservnummer enligt Carelinks rekommendationer Även andra id ska accepteras Alla id-uppgifter ska inkludera vilken typ av id som avses.

0…*




Sid 4/15



Ref Motsvarar Klass. Attribut i VDIM

Information Kodverk/värdemängd Mult Beslutsregel Resultat Datum Signatur

2 Närstående.typ av relation XML: PersonIdSpecifikation

Uppgift om vilken typ av närstående till provgivaren som avses.

KV Typ av närstående: ¤ Mor ¤ … (kommer på sikt att bli ett nationellt kodverk)

Förvalt värde: mor I överföringen från labbsystemen till NAT-RBR används detta attribut endast för att koppla ett prov från ett foster eller från spädbarn utan personnummer till modern och moderns id (personnummer). Därför är det enda värdet i kodverket ”mor”.

2.1 Närstående.närstående-id XML: PersonId

Unik identitetsbeteckning för en närstående till provgivaren

Personnummer enligt RSV 704 Samordningsnummer enligt RSV 707 Reservnummer enligt Carelinks rekommendationer Även andra id ska accepteras Alla id-uppgifter ska inkludera vilken typ av id som avses.

0..* Multipliciteten sätts till 0..* för att möjliggöra pseudonymisering.




Sid 5/15



4 Uppgift omprovgivarens kön

Provgivare.kön

XML: Sex

Behovet kommer av att det på gamla

prover kan vara problem att utifrån personnummer e dyl tyda vilket kön, t.ex. eftersom de fyra sista siffrorna inte finns med. Endast i de fall det handlar om en provgivare är attributet relevant att överföra från labbsystem till SBR, dvs. andra fysiska personer berörs inte.

0..1 Kodat värdeKV Kön (enligt V-TIM)

0 = okänt1 = man2 = kvinna

9 = inte angiven(P3)




Sid 6/15



6 Provgivare.förnamn XML: Givenname

Provgivarens förnamn

0..* Namninformationen hämtas in från labbsystemen, men NAT-RBR ska inte göra någon dubbelkoll mot folkbokföringsregistret. Kontrollen ska ha gjorts i labbsystemet I-LIS ska framgent kunna slå mot folkbokföringsregistret, eftersom I-LIS är tänkt att användas vid första inmatningen av informationen.

7 Provgivare.efternamn XML: Surname

Provgivarens efternamn

0..*




Sid 7/15



13.2a

Samtyckesbeslut.orsak till att samtyckesbeslut saknas XML: missingreasontype

Anledning till att samtyckesbeslut saknas

KV Anledning till att samtyckesbeslut för användning av prov saknas: • Provgivaren är beslutsoförmögen (givbes). • Provgivaren är avliden (givavl). • Provet är taget före biobankslagens (2002:297) ikraftträdande (prebio) • Det finns ingen information om varför samtyckesbeslut saknas (samsak).

0..1 Detta attribut används om attributen ”Samtyckesbeslut” (nr 15) och ”Uppgift om särskilt forskningsprojekt …” (16.1) inte innehåller information. Finns ingen ytterligare information om varför samtyckesbeslut saknas, blir värdet på attribut 13.2a ”Det finns ingen information …”

14 Samtyckesbeslut.giltighetstid XML: Concentdecisiondate

Tidpunkt från vilken samtyckesbeslutet är giltigt

0..1 Sammanfaller troligtvis i allmänhet med det datum då beslutet registrerades i systemet; detta avgörs av mappningen mot resp. system. Samtyckesbeslut gäller tills vidare, därför finns inget slutdatum (P2).




Sid 8/15



15 Samtyckesbeslut.samtyckesbe slut XML: Concentvaluetype

Samtyckesbeslut, dvs. ja eller nej till aktuellt ändamål

KV Samtyckesbeslut biobank • Ja, samtycke till aktuellt ändamål • Nej, inte samtycke till aktuellt ändamål • Preliminärt nej angivet, nej-talong inväntas. Obs att detta attribut alltid sätts i förhållande till attribut 16.

1 0..1 En provgivare kommer inte att uppfatta det som att varje ändamål kräver sitt eget beslut, men så är informationen uppdelad under ytan. Det innebär att ett ”nej till allt” delas upp i tre ”Nej” i informationsmodellen. Provgivaren uppfattar dock informationen som på nejtalongen.




Sid 9/15



16 Samtyckesbeslut.ändamål XML: Concentpurposetype

Kod och klartext för det ändamål enligt biobankslagen (2002:297) samtyckesbeslutet gäller för

biobankslagen (2002:297) och etikprövningslagen (2003:460): • vård och behandling (vardbe) • kvalitetssäkring, utbildning och utvecklingsarbete inom vården (kvautv) • forskning och klinisk prövning (foklpr) • specifikt/a forskningsprojekt (spefor) Ändamålen är hämtade från den nationella nejtalongen (baserad på biobankslagen). Specifika projekt anges via attribut 43 och 44.

0..1 Observera att samtyckesändamålen grupperats enligt nej-talongen och inte anges ett och ett.

17 Provtagning.provtagnin gstidpunkt XML: Samplingdate

Datum för aktuell provtagning.

0..1 OBS! P1 för de system som har detta (t.ex.klinisk mikrobiologi)




Sid 10/15



19* Prov.lokalisation och material XML: Anatomicalposition

Uppgift om anatomisk lokalisation, organ, kroppdel, kroppsstruktur etc. för det prov som tagits, dvs. var på kroppen provet togs vid provtagningen och/eller uppgift om vilket biologiskt material provet innehåller (innehöll) vid provtagning. (”lokal och material”)

Här används befintliga kodverk, i första hand: • Snomed (II och 3?) • (NPU?) • ISBT 128 Vid behov används också lokala koder. Varje kod ska ha en mappningsmöjlighet (*..*) mot Snomed CT, som också ska synas i användargränssnittet.

0..* Strukturen ska motsvara VTIMs KTOV-format.

19.1 Prov.kommentar lokalisation och material XML: Anatomicalposition

Kommentar eller mer precis beskrivning av anatomisk lokalisation och provmaterial.

Används i dag inom t.ex. klinisk mikrobiologi för att precisera. Här skulle kodverk bli för omfattande.

0..* P1 för de system som har detta (t.ex.klinisk mikrobiologi), (P3)




Sid 11/15



22* Prov.provmaterial sparat prov XML: Materialtype

Uppgift om vilket biologiskt material det sparade provet består av (inkl. eventuell bearbetning efter provtagningen).

Här används befintliga kodverk, i första hand: • Snomed (II och 3?) • (NPU?) • ISBT 128 Vid behov används också lokala koder. Varje kod ska ha en mappningsmöjlighet (*..*) mot Snomed CT, som också ska synas i användargränssnittet.

0..* 0..* Strukturen ska motsvara VTIMs KTOV-format.

24 Prov-identifierare.provid XML: SampleId

Provets unika identitetsbeteckning i det lokala labbsystemet

1…* Multiplicitet anges till 1..* eftersom labbssystemen kan ha olika identitetsbeteckning på provet, kopplat till t.ex. remiss. Samma prov kan också ha flera olika identitetsbeteckningar i det lokala labbsystemet.




Sid 12/15



25 Prov-identifierare.typ av prov-id XML: SampleId

Typ av identitetsbeteckning som används för provet i det lokala labbsystemet eller i NAT-RBR

Anges som fritext, exempel: LID, BID, RID, PID, PAD, CYT-nr

1 Notera att labben kan mena olika saker med dessa förkortningar; det spelar ingen roll i detta sammanhang, eftersom uppgiften endast ska användas för spårbarhet till labbens egen identifiering och märkning av prov. Kombinationen lokalt id + ”typ av id” ska kunna anges flera gånger per prov.




Sid 13/15



26 Prov.registreringsdatu m/ankomstdatum XML: RegistrationDate

Datum då provet registrerades i labbsystemet (LIS) eller i ILIS eller det datum då provet togs emot på labbet.

1 Registreringsdatum och ankomstdatum kan teoretiskt sett vara två olika datum, men här är de hopslagna till ett gemensamt attribut. Anledningen till detta är att de inte är intressanta mer än ”på ett ungefär” för att man ska kunna spåra prover som saknar registrerat provtagningsdatum.

32 Provsamling.provsamli ngs-id XML: SampleCollectionID

Id för den primära provsamling som provet tillhör.

NAT-RBRs id för den aktuella primära provsamlingen.

1..1 Id sätts av NAT-RBR. I allmänhet har ett labb endast en primär provsamling. Om labbet har flera stycken görs en överenskommelse med NAT-RBRs förvaltning så att NAT-RBR vet vilken provsamling respektive prov hör till.




Sid 14/15



41* Prov.provhistorik XML: SampleHistory

Kompletterande information om provets historik, i synnerhet dess ”icke-existens” eller förflyttning till annat lagrum.

KV provhistorik biobanksprov - provet är destruerat/avidentifierat (på provgivarens begäran enligt biobankslagen 2002:297) (desavi) - provet har blivit en produkt (proamf) - provet är slut (proslu) - provet har gallrats ut (progal) - provet kan inte återfinnas (ejatrf)

0..1 Vid destruktion/avidentifiering av prov i samband med hantering av samtyckesbeslut måste detta anges. Att provet är gallrat eller slut etc. är också viktig information att få in i NAT-RBR, men det finns inget absolut krav att ange detta. P1 för destruerat/avidentifierat, P3 resten (men ska över om det finns)

42 Prov.tidpunkt provhistorik XML: SampleHistoryDate

Tidpunkt för angivande av provhistorik.

Anges som datum (datum räcker enligt tidigare arbete)

0..1 Måste anges när status registreras till provet är destruerat/avidentifierat (enl. samtyckesbeslut 2002:297) P1 för destruerat/avidentifierat, P3 resten (men ska över om det finns)

Exempel på XML fil: Här kopierar du er fil så kan RBC tekniker se de aktuella värdena




Sid 15/15

Documents

Rubrik på titelsida 1 - Inera · Web viewTestprotokollVersion 1.0 SBR förvaltning Senast ändrad 2012-11-13 Inera AB Box 177 03 Östgötagatan 12 118 93 Stockholm Tel 08 452 71