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Ulrike Wittig Biologische Datenbanken

Ulrike Wittig Biologische Datenbanken. Einteilung der Datenbanken Klassifizierung der Datenbanken entsprechend des Inhaltes viele verschiedene sehr spezielle

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Ulrike Wittig

Biologische Datenbanken

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Einteilung der Datenbanken

Klassifizierung der Datenbanken entsprechend des Inhaltes

viele verschiedene sehr spezielle Datenbanken

Verknüpfungen zwischen den meisten Datenbanken

fast ausschließlich in englischer Sprache

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Verknüpfung der Datenbanken

Chemische DatenbankenGenomdatenbanken

Literatur-datenbanken

Stoffwechseldatenbanken

Enzymdatenbanken

Proteindatenbanken

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Genomdatenbanken

Nukleinsäuresequenzen Komplette Erbinformation eines

Organismus Funktionen der Gene

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Genomdatenbanken

GenBank http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

EMBL Database http://www.ebi.ac.uk/embl/index.html

DDBJ - DataBank of Japan http://www.ddbj.nig.ac.jp/

Zwischen diesen drei Datenbanken besteht eine internationale Zusammenarbeit. Jede der drei Datenbanken sammelt weltweit Daten und Änderungen und Neueinträge werden täglich ausgetauscht.

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Proteindatenbanken Informationen über Proteine Funktionen und Eigenschaften der

Proteine Proteinsequenzen Struktur der Proteine (Aktive

Zentren, 3D Struktur)

SWISS-PROT http://www.ebi.ac.uk/swissprot/index.html

PDB - Protein Data Bank http://www.rcsb.org/pdb/

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SwissProt

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Enzymdatenbanken Sequenzen und Eigenschaften von

Proteinen mit enzymatischer Activität

Informationen über Gene, die die Enzyme codieren

Anwesenheit der Enzyme in Stoffwechselwegen

ExPASy–ENZYME http://www.expasy.ch/enzyme/

BRENDA http://www.brenda.uni-koeln.de/

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Stoffwechseldatenbanken

graphische Darstellung von Stoffwechselwegen

Eigenschaften von Reaktionspartnern (chemische Verbindungen, Enzyme, Gene)

Beziehungen zwischen Genen, Proteinen/Enzymen und Reaktionen

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Stoffwechseldatenbanken

KEGG - Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html

EcoCyc /MetaCyc http://ecocyc.pangeasystems.com/ecocyc/

ExPASy-Biochemical Pathways http://expasy.proteome.org.au/cgi-bin/search-biochem-index

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KEGG

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Chemische Datenbanken

Eigenschaften von chemischen Verbindungen

Struktur, Molekulargewicht etc.

Beilstein http://www.chemweb.com/databases/beilstein/

ChemFinder http://www.chemfinder.com/

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Literaturdatenbanken

Informationen über wissenschaftliche Literatur

Verknüpfung zu den original Zeitschriften

Medline /PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed

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SRS (Sequence Retrieval System)

Abfrage von mehreren Datenbanken gleichzeitig möglich

SRS http://srs6.ebi.ac.uk

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SRS

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BioBrowser

am EML entwickeltes Datenbanksystem zur Analyse und Darstellung von Stoffwechselwegen

Möglichkeit, komplexe Abfragen an die Datenbank zu stellen

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BioBrowser