von Proteinen WS 05/06 Fachbereich Biologie, Johannes ... - Strukur und... · Diese Methode nimmt an, dass die Evolution stets den kürzesten Weg geht, sodass der Stammbaum berechnet

F1 Praktikum: Struktur, Funktion und Evolution von Proteinen

WS 05/06

Fachbereich Biologie,

Johannes Gutenberg Universität Mainz

Protokoll zum Teil:

„Molekulare Phylogenie“

XXXXXXXX & XXXXXXXX

Diplom Biologie

Molekulare Phylogenie : Erstellung eines molekularen Stammbaums mit Hämoglobinsequenzen

Einleitung Molekulare Phylogenie dient dazu, ein besseres Verständnis von der Evolution von Organismen oder Proteinfamilien zu bekommen. Hier wird versucht, die Verwandtschaftsverhältnisse von Lebewesen aufgrund molekularer Merkmale (DNA, RNA, Proteine) zu rekonstruieren. Im Gegensatz zu rein morphologisch bestimmten Stammbäumen können bei der Erstellung von molekularen Stammbäumen große Datenmengen verarbeitet werden, welche auch relativ leicht zugänglich sind (Datenbanken z.B. ncbi). Ein weiterer Vorteil der molekularen Phylogenie ist, dass sie meist frei von Gewichtungen ist. Dies bedeutet aber nicht, dass es nicht zu falschen Ergebnissen kommen kann! Deshalb werden nach der molekulargenetischen Analyse die ermittelten Daten statistisch überprüft. In diesem Kursteil, geht es zunächst darum, eine unbekannte cDNA-Sequenz zu identifizieren und herauszufinden, für welches Protein die Sequenz codiert. In einem weiteren Schritt soll diese Sequenz mit weiteren vorgegebenen, ähnlichen Sequenzen verglichen werden, und ein Alignment erstellt werden, womit dann molekulare Stammbäume konstruiert werden sollen. Die molekulare Stammbaumerstellung (Phylogenie) erfolgt sowohl nach Matrix-orientierten als auch nach Charakter-orientierten Methoden. Im zweiten Teil wird das bereits vorhandene Alignment durch weitere selbst ausgewählte Hämoglobin-Sequenzen erweitert. Mit diesem neuen Alignment werden ebenfalls molekulare Stammbäume erstellt und statistisch überprüft.

Material und Methoden Proteinsuche Die vorgegebene, unbekannte Sequenz (sequenz.txt) wurde mit Hilfe des translate tools auf expasy.org in die 6 Leseraster übersetzt und der richtige ORF ausgewählt. Hierbei wählt man den ORF mit der längsten AS-Sequenz der von keinem Stoppcodon unterbrochen wird. Mit der nun bekannten AS-Sequenz sucht man nun das zugehörige Protein mittels BLASTp (Suche nach Proteinen). Diese Prozedur kann man auch durch Verwendung von BLASTx umgehen. BLASTx übersetzt eine unbekannte Nuleinsäuresequenz in die 6 ORF und führt mit diesen automatisch eine Suche in den Proteindatenbanken durch. Das Ergebnis der beiden Vorgehensweisen sollte also weitgehend identisch sein. Um zu phylogenetischen Aussagen zu kommen müssen geeignete Vergleichssequezen ausgewählt werden. Diese waren bereits in der Datei „Protein.txt“ vorgegeben.

Alingment Mit ClustalX wurden die Sequenzen nun im „multiple Alignment mode“ alinged. Als Alignment-Parameter wurden eine „gap-opening-penalty“ von 10,0 und eine „gap-extention-penalty“ von 0,2 ausgewählt. Dies entspricht der Standardeinstellung. Als „Protein weight matrix“ wurde die der „Gonnet Serie“ benutzt. Bei den sonstigen Parametern wurde ebenfalls die Standardeinstellungen beibehalten. Editierung des Alingements Das MSA (multiple sequence alignment) konnte nun mit dem Programm GeneDoc nach weiter editiert und eingefärbt werden. Das MSA wird im nächsten Schritt in das PHYLIP Format konvertiert um die anschließende Analyse mit diesem Programmpaket zu ermöglichen. Molekularphylogenetische Analyse (PHYLIP package) Zunächst wurde das MSA mit Hilfe des Programms PROTDIST in eine Distanzmatrix umgewandelt. Hierbei wurde die PAM-Matrix als Evolutionsmodell gewählt. Mit dieser Datei wurde im nächsten Schritt mit dem Programm neighbour ein Stammbaum erstellt. Zuerst wurde aus didaktischen Gründen ein Stambaum mit der „UPGMA-Methode“ und dann zum Vergleich einer mit der „neighbour-joining-Methode“ erstellt. Bei der „UPGMA-Methode“ (unweighted Pair-Group Method with Arithmetic Means) wird eine konstante Evolutionsrate angenommen und die Außenguppe automatisch bestimmt: in der Regel wird die Sequenz als Außengruppe bestimmt, die im Durchschnitt den größten Abstand zu allen anderen Sequenzen hat. Dies ist jedoch nicht immer richtig. Bei der „neighbor-joining-Methode“ wird ein ähnlicher Algorithmus wie bei UPGMA verwendet, jedoch werden auch unterschiedliche Evolutionsraten mit einbezogen, sodass auch die Astlängen berechnet werden. Hier wird die Außengruppe nicht selbstständig ausgewählt Die auf diese Weise erstellten Stammbäume sowie alle weiteren Stammbäume wurden mit dem Program tree-view betrachtet. In einem zweiten Schritt wird mit dem Programm PROTPARS ein Stammbaum nach der „maximum-Parsimony-Methode“, einer charakterorientierter Methode erstellt. Hierbei wird sofort mit dem Alignment gearbeitet, eine Abstandsmatrix muss nicht erstellt werden. Diese Methode nimmt an, dass die Evolution stets den kürzesten Weg geht, sodass der Stammbaum berechnet wird, der die wenigsten evolutiven Schritte benötigt. Statistische Überprüfung der Ergebnisse Als erstes werden mit dem Programm seqboot 100 Pseudosamples des Alingments erstellt. Für die Erstellung von Vergleichsstammbäumen muss man diese nun, bei Verwendung der „neighbour-joining-Methode“, erst in Distanzmatricen übersetzten. Dazu verwendet man ebenfalls das Programm PROTDIST. Die Matricen wurden dann mit dem Programm neighbour in eine Datei mit 100 Stammbäumen übersetzt. Bei der „maximum-parsimony-Methode“ kann man direkt aus den Pseudosamples mit dem Programm PROTPARS die Stammbäume erstellen Zum Schluss wird mit dem Programm consense aus den 100 Stammbäumen ein Konsensusstammbaum erstellt der wieder mit treeview dargestellt werden kann.

Ergebnisse BLASTx-suche Hits von BLASTx = 100 Hit mit dem höchsten score und niedrigem e-value: LOCUS P01986 142 aa linear VRT 07-FEB-2006 DEFINITION Hemoglobin alpha-A subunit (Hemoglobin alpha-A chain) (Alpha-A-globin). ACCESSION P01986 VERSION P 01986 GI:122347 DBSOURCE swissprot: locus HBA_ANAPL, accession P01986; lass: standard. created: Jul 21, 1986. sequence updated: Jul 21, 1986. annotation updated: Feb 7, 2006. xrefs: X02008.1, CAA26039.1, HADK xrefs (non-sequence databases): HSSP:P01989, SMR:P01986, InterPro:IPR002338, InterPro:IPR000971, InterPro:IPR012292, InterPro:IPR002339, Pfam:PF00042, PRINTS:PR00612, PRINTS:PR00815, PROSITE:PS01033 KEYWORDS Heme; Iron; Metal-binding; Oxygen transport; Transport. SOURCE Anas platyrhynchos ORGANISM Anas platyrhynchos Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Archosauria; Aves; Neognathae; Anseriformes; Anatidae; Anas. REFERENCE 1 (residues 1 to 142) AUTHORS Paddock,G.V. and Gaubatz,J. TITLE Nucleotide sequence for a novel duck alpha-globin gene JOURNAL Eur. J. Biochem. 117 (2), 269-273 (1981) PUBMED 6895064 REMARK NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA]. COMMENT n Apr 26, 2005 this sequence version replaced gi:70264.

[FUNCTION] Involved in oxygen transport from the lung to thevvarious peripheral tissues.

[SUBUNIT] Heterotetramer of two alpha chains and two beta chains. [TISSUE SPECIFICITY] Red blood cells. [SIMILARITY] Belongs to the globin family. FEATURES Location/Qualifiers source 1..142/organism="Anas platyrhynchos"/db_xref="taxon:8839" gene 1..142/gene="HBAA" Protein 1..142/gene="HBAA"/product="Hemoglobin alpha-A subunit" Region 4..137/gene="HBAA"/region_name="Globins are heme proteins, which bind and transport oxygen/note="globin/db_xref="CDD:27699" Site 59/gene="HBAA"/site_type="metal-binding"/experiment="experimental evidence, no additional details recorded"/note="Iron (heme distal ligand)." Site 88/gene="HBAA"/site_type="metal-binding"/experiment="experimental evidence, no additional details recorded"/note="Iron (heme proximal ligand)." ORIGIN 1 mvlsaadktn vkgvfskigg haeeygaetl ermfiayp qt ktyfphfdls hgsaqikahg 61 kkvaaalvea vnhvddiaga lsklsdlhaq klrvdpvn fk flghcflvvv aihhpaaltp 121 evhasldkfm cavgavltak yr

Translate-tool auf expasy.org Aminosäuresequenzen der sechs möglichen ORFs:

5'3' Frame 1 Met V L S A A D K T N V K G V F S K I G G H A E E Y G A E T L E R Met F I A Y P Q T K T Y F P H F D L S H G S A Q I K A H G K K V A A A L V E A V N H V D D I A G A L S K L S D L H A Q K L R V D P V N F K F L G H C F L V V V A I H H P A A L T P E V H A S L D K F Met C A V G A V L T A K Y R Stop T A P W L E L D P P C C Q P S N C E Q P N D L K Stop N L L H L C S

5'3' Frame 2 W C C P R L T R P T S R V S S P K S V A Met L K S Met A P R P W R G C S S P T P R P R P T S P T L T C P T A L L K S R P Met A R R W R L P Stop L R L S T T S Met T S R V L S P S S V T S T P K S S V W T L S T S N S W A T A S W W W L P S T T L L P Stop P Q R S T L P W T S S C A P W V L C Stop L P S T V R R H R G Stop S W T H P V A S L P T A S S Q Met I Stop N K I C C I C A 5'3' Frame 3 G A V R G Stop Q D Q R Q G C L L Q N R W P C Stop R V W R R D P G E D V H R L P P D Q D L L P P L Stop P V P R L C S N Q G P W Q E G G G C P S Stop G C Q P R R Stop H R G C S L Q A Q Stop P P R P K A P C G P C Q L Q I P G P L L P G G G C H P P P C C P D P R G P R F P G Q V H V R R G C C A D C Q V P L D G T V A R A G P T L L P A F Q L R A A K Stop S E I K S V A F V L 3'5' Frame 1 G A Q Met Q Q I L F Q I I W L L A V G R L A T G W V Q L Stop P R C R L T V L G S Q H S T H G A H E L V Q G S V D L W G Q G S R V V D G N H H Q E A V A Q E F E V D R V H T E L L G V E V T E L G E S T R D V I D V V D S L N Stop G S R H L L A Met G L D L S R A V G Q V K V G E V G L G L G V G D E H P L Q G L G A I L F S Met A T D F G E D T L D V G L V S R G Q H H 3'5' Frame 2 E H K C N R F Y F R S F G C S Q L E G W Q Q G G S S S S H G A V Stop R Y L A V S T A P T A H Met N L S R E A W T S G V R A A G W W Met A T T T R K Q W P R N L K L T G S T R S F W A W R S L S L E R A P A Met S S T W L T A S T R A A A T F L P W A L I Stop A E P W D R S K W G K Stop V L V W G Stop A Met N I L S R V S A P Y S S A W P P I L E K T P L T L V L S A A D S T 3'5' Frame 3 S T N A T D F I S D H L A A R S W K A G N R V G P A L A T V P S N G T W Q S A Q H P R R T Stop T C P G K R G P L G S G Q Q G G G W Q P P P G S S G P G I Stop S Stop Q G P H G A F G R G G H Stop A W R E H P R C H R R G Stop Q P Q L G Q P P P S C H G P Stop F E Q S R G T G Q S G G S R S W S G G R R Stop T S S P G S R R H T L Q H G H R F W R R H P Stop R W S C Q P R T A P

� Auswahl von Leserahmen 1 führt zum virtuellen Protein:

Virtual: VIRT22469 ID VIRT_22469 PRELIMINARY; PRT; 142 AA. AC VIRT22469; DE Translation of nucleotide sequence generated on ExPASyon 13-Mar-2006 by zoopool01.biologie.uni-mainz.de. CC -!- This virtual protein sequence will automatically be deleted from the server after a few days. CC 8.54 PI. DR SWISS-2DPAGE; VIRT22469; VIRTUAL. SQ SEQUENCE 142 AA; 15365 MW; EA21F1750AE26503 CRC64. MVLSAADKTN VKGVFSKIGG HAEEYGAETL ERMFIAYPQT KT YFPHFDLS HGSAQIKAHG KKVAAALVEA VNHVDDIAGA LSKLSDLHAQ KLRVDPVNFK FL GHCFLVVV AIHHPAALTP EVHASLDKFM CAVGAVLTAK YR

VIRT22469 in FASTA format

BLASTp-Suche Die Suche ergab 507 hits. Jedoch wurden Sequenzen aus der vorgegebenen Datei „proteine.txt“ verwendet. Die Sequenzen der Datei waren bereits im FASTA-Format.

Alignment mit ClustalX (1.83) dargestellt in Genedoc

* 20 * 40 * 60 * Ente : V LSAADKTNVKGVFSKI GGHAEEYGAETLERMFIA YPQTKTYFPHF- DLSHGSAQIK AHGKKVAAALVEAV : 70 Gans : V LSAADKTNVKGVFSKI GGHADEYGAETLERMFVAYPQTKTYFPHF- DLQHGSAQIK AHGKKVAAALVEAV : 70 Huhn : V LSAADKNNVKGI FTKI AGHAEEYGAETLERMFTTYPPTKTYFPHF- DLSHGSAQIK GHGKKVVAALIE AA : 70 Taube : V LSANDKSNVKAVFAKI GGQAGDLGGEALERLFIT YPQTKTYFPHF- DLSHGSAQIK GHGKKVAEALVEAA : 70 Krokodil : V LSSDDKCNVKAVWSKVAGHLEEYGAEALERMFCAYPQTKI YFPHF- DLSHGSAQIR AHGKKVFAALHEAV : 70 Alligator : V LSMEDKSNVKAI WGKASGHLEEYGAEALERMFCAYPQTKI YFPHF- DMSHNSAQIR AHGKKVFSALHEAV : 70 Schildkröt : V LSSGDKANVKSVWSKVQGHLEDYGAETLDRMFTVFPQTKTYFSHF- DVHHGSTQIR SHGKKVMLALGDAV : 70 Wal : V LSPADKTNVKAAWAKVGNHAADFGAEALERMFMSFPSTKTYFSHF- DLGHNSTQVKGHGKKVADALTKAV : 70 Mensch : V LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF- DLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAV : 70 Zebrafisch : S LSDTDKAVVKAI WAKI SPKADEIGAEALARMLTVYPQTKTYFSHWADLSPGSGPVKKHGKTI MGAVGEAI : 71 Lachs : S LTARDKSVVNAFWGKI KGKADVVGAEALGRMLTAYPQTKTYFSHWADLSPGSAPVKKHGGVI MGAI GNAV : 71 Salamander : K LTAEDKHNVKAI WDHVKGHEEAIGAEALYRMFCCMPTTRI YFPAK-DLSERSSYLHSHGKKVVGALTNAV : 70 L3 DK nVk 5 k GaE L R6f P T4 YF h D6 S 6 HGkk6 A6 A 80 * 100 * 120 * 140 Ente : N HVDDIAGALSKLSDLHAQKLRVDPVNFKFLGHCFLVVVAI HHPAALTPEVHASLDKFMCAVGAVLTAKYR : 141 Gans : N HIDDI AGALSKLSDLHAQKLRVDPVNFKFLGHCFLVVVAI HHPSALTPEVHASLDKFLCAVGTVLTAKYR : 141 Huhn : N HIDDI AGTLSKLSDLHAHKLRVDPVNFKLLGQCFLVVVAI HHPAALTPEVHASLDKFLCAVGTVLTAKYR : 141 Taube : N HIDDI AGALSKLSDLHAQKLRVDPVNFKLLGHCFLVVVAVHFPSLLTPEVHASLDKFVLAVGTVLTAKYR : 141 Krokodil : N HIDDLPGALCRLSELHAHSLRVDPVNFKFLAQCVLVVVAI HHPGSLTPEVHASLDKFLCAVSSVLTSKYR : 141 Alligator : N HIDDLPGALCRLSELHAHSLRVDPVNFKFLAHCVLVVFAI HHPSALSPEIH ASLDKFLCAVSAVLTSKYR : 141 Schildkröt : N HIDDI ATALSALSDKHAHI LRVDPVNFKLLSHCLLVVVARHHPTLFTPDVHVSLDKFMGTVSTVLTSKYR : 141 Wal : G HLDTLPDALSDLSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPGDFTPSVHASLDKFLASVSTVLTSKYR : 141 Mensch : A HVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR : 141 Zebrafisch : SK IDDLVGGLAALSELHAFKLRVDPANFKI LSHNVIV VIA MLFPADFTPEVHVSVDKFFNNLALALSEKYR : 142 Lachs : GL MDDLVGGMSGLSDLHAFKLRVDPGNFKI LSHNI LVTLAI HFPADFTPEVHIA VDKFLAALSAALADKYR : 142 Salamander : A HIDDI DTAFSKLSDKHAEELMVDPANFPKLAHNI LVVLGI HLKPHFTYSVHRSVDKFLSTVAYVLASKYR : 141 h6Dd6 LS lHA LrVDP NFk L h 6V a h p 3p 6H s6DKF 6 vL KYR

Selbst zugefügte Hämoglobin-α-Sequenzen

Name Lateinischer Name Accession number Esel Equus hemionus AAB93466 Frosch Xenopus leavis AAH54259 Kakadu Cuculus canorus BAC57968 Kugelfisch Taikifugu rubripes AA061492 Leguan Iguana iguana P18974 Luchs Lynx lynx AAB23120 Meerkatze Levcopithecus aethiops P01926 Mönchsgeier Aegypius monachus P07417 Rochen Torpedo marmorata P20245 Schaf Ovis aries CAA49751 Seepferd Hippocampus come AAR11385

Stammbäume:

Stammbaum 1: Erstellt nach der UPGMA-Methode mit HbA-Alignment

0.1

Salamander

Zebrafisch

Lachs

Wal

Mensch

Schildkröt

Krokodil

Alligator

Taube

Huhn

Ente

Gans

Stammbaum 2: Erstellt nach der NJ-Methode mit HbA-Alignment

0.1

Zebrafisch

Lachs

Salamander

Wal

Mensch

Schildkröt

Krokodil

Alligator

Taube

Huhn

Ente

Gans

Stammbaum 3: Erstellt nach der maximum-parsimony Methode mit HbA-Alignment

Lachs

Zebrafisch

Salamander

Mensch

Wal

Schildkröt

Alligator

Krokodil

Huhn

Taube

Gans

Ente

Zebrafisch

Lachs

100

Salamander

Wal

Mensch

100

Schildkröt

Alligator

Krokodil

100

Taube

Huhn

Ente

Gans

98

46

98

87

57

72

Statistische Überprüfung der Stammbäume: Erstellung der 100 pseudo samples in seqboot. Danach Erstellung von Consensus-Stammbäumen: Stammbaum 4: Consensus-Stammbaum erstellt nach der NJ Methode

Stammbaum 5: Consensus-Stammbaum erstellt nach der maximum-parsimony Methode

Lachs

Zebrafisch

100

Salamander

Wal

Mensch

98

Schildkröt

Krokodil

Alligator

100

Huhn

Taube

Ente

Gans

56

55

84

73

67

71

Hinzufügen eigener Hämoglobin-Sequenzen � HbAneu-Alignment Stammbaum 6: Erstellt nach der UPGMA-Methode mit HbAneu-Alignment

Zitterroch

Salamander

Kugelfisch

Seepferd

Zebrafisch

Lachs

gruenerLeg

Frosch

Luchs

Wal

Mensch

Meerkatze

Wildesel

Schaf

Schildkröt

Krokodil

Alligator

Taube

Moenchsgei

Ente

Gans

Huhn

Kakadu

Zitterroch

Frosch

Lachs

Kugelfisch

Zebrafisch

Seepferd

Salamander

gruenerLeg

Luchs

Wildesel

Schaf

Wal

Mensch

Meerkatze

Schildkröt

Krokodil

Alligator

Taube

Ente

Gans

Moenchsgei

Huhn

Kakadu

Stammbaum 7: Erstellt nach der NJ- Methode mit HbAneu-Alignment (Zitterrochen als Außengruppe)

0.1

Lachs

Kugelfisch

Zebrafisch

Seepferd

Frosch

Zitterroch

Salamander

gruenerLeg

Luchs

Wildesel

Schaf

Wal

Mensch

Meerkatze

Schildkröt

Krokodil

Alligator

Taube

Ente

Gans

Moenchsgei

Huhn

Kakadu

Stammbaum 8: Erstellt nach der NJ- Methode mit HbAneu-Alignment (Knochenfische als Außengruppe)

Stammbaum 9: Erstellt nach der maximum-parsimony Methode mit HbAneu (Knochenfische als Außengruppe)

Lachs

Zebrafisch

Kugelfisch

Seepferd

Frosch

Salamander

Zitterroch

gruenerLeg

Luchs

Meerkatze

Mensch

Wal

Schaf

Wildesel

Schildkröt

Alligator

Krokodil

Huhn

Kakadu

Taube

Moenchsgei

Gans

Ente

Stammbaum 10: Consensus-Stammbaum erstellt nach der NJ-Methode

Lachs

Kugelfisch

Zebrafisch

Seepferd

50

63

99

Frosch

Zitterroch

45

Salamander

gruenerLeg

35

Luchs

Schaf

Wildesel

42

Wal

Mensch

Meerkatze

98

44

79

99

Schildkröt

Alligator

Krokodil

100

Taube

Ente

Gans

97

Moenchsgei

Huhn

Kakadu

47

39

52

91

49

76

68

45

Stammbaum 11: Consensus-Stammbaum erstellt nach der maximum-parsimony Methode

Lachs

Zebrafisch

Seepferd

Kugelfisch

78

76

96

Frosch

Salamander

Zitterroch

gruenerLeg

34

Luchs

Schaf

Wildesel

64

Wal

Meerkatze

Mensch

69

40

46

80

Schildkröt

Alligator

Krokodil

100

52

Moenchsgei

Taube

34

Gans

Ente

72

Huhn

Kakadu

39

26

62

57

20

15

40

Auswertung / Diskussion Die unbekannte Sequenz konnte als Hämoglobin-Untereinheit-α-Sequenz identifiziert werden. Die Verwendung einer Hämoglobin-Sequenz in diesem Kursteil hatte mehrere Gründe: Im Stukturteil des Praktikums wurde Hämoglobin bereits untersucht und bearbeitet. Außerdem ist Hämoglobin allgemein gut untersucht und es sind viele Sequenzen in Datenbanken vorhanden. Mit dieser Hämoglobin-Sequenz sowie mit weiteren vorgegebenen Hämoglobin-Sequenzen wurde dann ein multiples-Seqeunz-Alignment erstellt (siehe Abb. von Genedoc) und dann zunächst ein UPGMA-Stammbaum konstruiert. Bei diesem Stammbaum wurde automatisch der Salamander als Außengruppe bestimmt. Dies ist jedoch falsch, dass der Salamander z.B. näher mit der Schildkröte verwandt ist als die Fische. Salamander gehören nämlich ebenso wie die Schildkröte zu den Tertapoden während dies für die Fische nicht der Fall ist. Deshalb hätten die Fische korrekterweise als Außengruppe dargestellt werden müssen. Bei der Erstellung des NJ-Stammbaums (sowie bei Erstellung der Parsimony- sowie der Consensus-Stammbäume) konnte diese Erkenntnis mit einbezogen und manuell die Fische als Außengruppe gewählt werden. Der daraus resultierende Stammbaum ist in Abb.3 zu sehen. Dieser Stammbaum stimmt sehr gut mit dem Stammbaum aus der Literatur überein (z.B. aus Campell, Reece; BIOLOGIE, Spektrum Verlag). Deutlich zu sehen ist hier auch das Paraphylum der Reptilien: durch molekularbiologische Untersuchungen stellte sich heraus, dass Krokodile in Wirklichkeit näher mit Vögeln als mit Echsen und Schlangen verwandt sind. Somit ist die Klasse der Reptilia paraphyletisch und nicht, wie ursprünglich angenommen monophyletisch. Es hat sich also gezeigt, dass die „neighbour-joining“ (NJ)-Methode etwas besser arbeitet als die „UPGMA-Methode“. Bei NJ werden unterschiedliche Evolutionsraten berücksichtigt und es können die Astlängen berechnet werden. Dadurch ist die NJ-Methode eine sehr ehrliche Methode, welche heute noch Verwendung findet während die „UPGMA-Methode“ nur zu didaktischen Zwecken verwendet wird. Der „maximum-parsimony-Stammbaum“ (Abb.4) unterscheidet sich vom NJ-Stammbaum nur durch die Position der Taube bzw. des Huhns innerhalb des Stammbaums. Anhand der vorhandenen Daten kann nicht eindeutig bestimmt werden, welcher Stammbaum in Hinsicht auf die Evolution der Vögel der Richtige ist. Jedoch ist bekannt, dass die „maximum-parsimony-Methoe“ sehr empfindlich gegen Homoplasien sowie gegen Long Branch Attraction ist. Außderdem werden die Astlängen unterschätzt. Dies verleitet zu der Annahme, dass der NJ-Stammbaum der Richtige in Hinblick auf das eben erwähnte Problem ist. Jedoch kann wie gesagt ohne weitere Informationen keine eindeutige Aussage getroffen werden. Zur statistischen Überprüfung wurden so genannte Consensus-Stammbäume erstellt (Abb.5+6). Die Darstellung solcher Consensus-Stammbäume macht nur dann Sinn, wenn die Astlängen nicht dargestellt werden, da „bootstrap-Stammbäume“ keine Informationen mehr über Astlängen enthalten. Die Zahlen innerhalb des Stammbaums geben an in wie vielen der Stammbäume das folgende Schwestern-Paar zusammen steht. Bei beiden Consensus-Stammbäumen wird das Paraphylum der Reptilien sowie das Monophylum der Säuger gut unterstützt.

Jedoch sind bei beiden die Bootstrap-Werte bei Huhn und Taube gering. Diese schlechte Unterstützung könnte daran liegen, dass nur relativ wenige Daten verwendet wurden. In zweiten Schritt wurde das Alignment durch die Sequenzen vom Kakadu, Mönchsgeier, Schaf, Wildesel, Meerkatze, Luchs, grünen Leguan, Frosch, Seepferd, Kugelfisch und Zitterrochen erweitert. Auch mit diesem Alignment wurde zunächst ein „UPGMA-Stammbaum“ erstellt, bei dem der Zitterrochen als Außengruppe automatisch bestimmt wurde. Dies ist an sich richtig, da der Zitterrochen als Knorpelfisch am weitesten von den übrigen Wirbeltieren entfernt ist. Ihm fehlen nämlich Lungen oder Abwandlungen dieser die bei allen anderen verwendeten Tieren vorhanden sind. Jedoch stehen in diesem Stammbaum der Salamander und der Frosch sehr weit auseinander, obwohl beide Amphibien sind. Ansonsten fällt auf, dass der grüne Leguan weit entfernt von seinen Verwandten, den Reptilien steht. Die Monophyla der Knochenfische und der Säuger sowie das Paraphylum der Reptilien sind in diesem Stammbaum zu erkennen. Bei den folgenden Stammbäumen wurden nun die Knochenfische als Außengruppe gewählt, da ansonsten wieder die Vertreter der Amphibien sehr weit auseinander stehen (siehe Stammbaum 7). Beim „NJ-Stammbaum“ stehen die Amphibien jedoch immer noch nicht in einer Gruppe jedoch schon näher als beim „UPGMA-Stammbaum“. Das Monophylum der Säugetiere und der Knochenfische wird bei der Bootstrap-Analyse von 99 der 100 Stammbäume unterstützt, das Monophylum aus Reptilien und Vögeln von 76. Auch diesmal steht der grüne Leguan nicht bei den Reptilien. Der „maximum-parsimony-Stammbaum“ unterscheidet sich vom „NJ-Stammbaum“ nur minimal. Die Unterschiede treten hauptsächlich bei der Anordnung der Spezies innerhalb der Taxa auf. Weiterhin wird im Gegensatz zum „NJ-Stammbaum“ das Monophylum der Säugetiere nur mit „bootstrap-Werten“ von 80, das Monophylum der Knochenfische nur mit „bootstrap-Werten“ von 96 unterstützt. Das Monophylum aus Reptilien und Vögeln wird hier auch nur mit einem „bootstrap-Wert“ von 57 unterstützt. Auch bei diesem Stammbaum treten fehlerhafte Gruppierungen auf: Zitterrochen und Leguan werden als Schwestergruppe dargestellt. Hingegen stehen hier aber Frosch und Salamander im Gegensatz zum vorhergehenden Stammbaum sehr nah beieinander. Fazit: Aus allen Stammbäumen wird klar ersichtlich, dass die Säugetiere ein Monophylum darstellen, die Reptilien jedoch ein Paraphylum. Außerdem wird deutlich, dass man die mit Hilfe molekularer Daten erstellten Stammbäume sehr differenziert betrachten muss, da auch hier wie oben ersichtlich Fehler auftreten können, die von den Programmen nicht erkannt werden.

Molekulare Phylogenie Teil 2 : Erstellung eines molekularen Stammbaums der Hämocyaninsuperfamilie

Einleitung

Am diesem Kurstag geht es um die Evolution der Arthropoden- Hämocyaninsuperfamilie. Zu ihr gehören neben den Arthropoden-Hämocyaninen, welche respiratorische Proteine sind, die Arthropoden-Phenoloxidasen. Arthorpoden-Phenoloxidasen sind sauerstoffumsetztende Enzyme, die unter anderem an der Sklerotisierung der Cutikula und der humoralen Immunantwort beteiligt sind. Die aktiven Zentren beider Proteine ähneln sich sehr. Weiterhin gehören zu der Hämocyanin-Superfamilie die Pseudohämocyanine der Crustaceen (die keine Kupferzentren mehr besitzen) und als letztes die Hexapoden-Hexamerine- und Hexemrinrezeptoren. Die Funktion der Hexamerine ist noch nicht vollständig verstanden, ihnen wird aber eine Funktion als Speicherproteine zugeschrieben. Zur Vermeidung von Missverständnissen sei hier angemerkt, dass die Hämocyanine der Mollusken nicht zu der untersuchten Proteinsuperfamilie gehören. An diesem Kurstag sollen die Verwandschaft von Arthropoden-Hämocynianen mit Hexapoden-Hexamerinen und Arthropoden-Prophenoloxidasen untersucht werden.

Material und Methoden

Es wurden alle mit dem srs-tool von ebi gefundenen Arthropoden-Hämocyanine sowie jeweils fünf beliebig gewählte Arthropoden-Prophenoloxidasen und Hexapoden-Hexamerine in das Alignement mit einbezogen. Hinzu kam noch ein sogenanntes embryonales Hämocyanin. Mit diesen Sequenzen wurden wieder molekulare Stammbäume erstellt. Die genaue Vorgehensweise ist im Protokoll zum Hämoglobinteil beschrieben.

Ergebnisse: Stammbaum 1:

Erstellt nach der maximum-parsimony Methode MsePrOHcuPrOAstPrOTmoPrOAgaPrOScoHcDScoHcCScoHcXScoHcBSspHcIScoHcAEcaHcCNinHcBEcaHcBLpoHcIINinHcAEcaHcAAauHc6NinHcEEcaHcENinHcFEcaHcFNinHcDEcaHcDEcaHcGNinHcGCsaHcICsaHcIVCsaHcIICsaHcVCsaHcIIICsaHcVIRflHxIIRmiHxIIIHarHxMdoHxLICviHxLSPIISamEhpPmaHcIPmaHcIIPleHcCmaHcICmaHcIIGroHcIHamHcAPleHcIIPvuHcPinHcBPinHcAPvuHcIIIPvuHcIIPvuHcIPelHcIVPinHcCPvaHc2PvaHc1CmaHcIIICaeHcIICsapHcCmaHcIVCmaHcVICaHcV

Stammbaum 2: Erstellt nach der neighbour-joining Methode

0.1

MsePrOAstPrOHcuPrO

AgaPrOTmoPrO

LpoHcIIEcaHcANinHcA

EcaHcCEcaHcBNinHcB

EcaHcDNinHcD

EcaHcFNinHcF

AauHc6EcaHcE

NinHcEEcaHcG

NinHcGCsaHcI

CsaHcIVCsaHcVICsaHcIIICsaHcVCsaHcII

ScoHcCScoHcD

ScoHcASspHcI

ScoHcBScoHcX

RmiHxIIIRflHxII

HarHxCviHxLSPII

MdoHxLIPmaHcII

PmaHcISamEhp

PleHcCmaHcIICmaHcI

GroHcIPleHcIIHamHcA

PinHcAPinHcB

PvuHcIIPvuHc

PvuHcIPelHcIVPvuHcIII

PvaHc1PvaHc2PinHcC

CaeHcIICmaHcIIICsapHc

CmaHcVICaHcVCmaHcIV

Stammbaum 3: Konsensusstammbaum aus Bootstrap Analyse erstellt

nach der maximum-parsimony Methode MsePrOAstPrOHcuPrOAgaPrOTmoPrO

7737

48

100

ScoHcCScoHcD

95

ScoHcBScoHcX

98

SspHcIScoHcA

62

78

100

EcaHcCEcaHcBNinHcB

94100

LpoHcIINinHcAEcaHcA

10095

NinHcFEcaHcF

96

EcaHcDNinHcD

100

52

AauHc6NinHcEEcaHcE

10027

EcaHcGNinHcGCsaHcICsaHcIVCsaHcVICsaHcIII

96

CsaHcVCsaHcII

82

44

90

74

97

99

40

88

71

100

95

RflHxIIRmiHxIII

99

HarHxMdoHxLICviHxLSPII

10081

100

SamEhpPmaHcI

100

PmaHcIIPleHcCmaHcIICmaHcI

100100

GroHcIPinHcCPvaHc1PvaHc2

10077

CmaHcIIICaeHcII

100

CsapHcCmaHcIVCmaHcVICaHcV

7198

100

100

100

HamHcAPleHcII

94

PvuHcPinHcBPinHcA

10086

PvuHcIIPvuHcIIIPvuHcIPelHcIV

8547

100

100

97

92

100

100

81

100

100

Stammbaum 4: Konsensusstammbaum aus Bootstrap Analyse erstellt

nach der neighbour-joining MethodeMsePrOAstPrOHcuPrOTmoPrOAgaPrO

9591

55

100

ScoHcCScoHcD

96

SspHcIScoHcA

42

ScoHcBScoHcX

100

65

100

LpoHcIINinHcAEcaHcA

10099

EcaHcCNinHcBEcaHcB

100100

EcaHcDNinHcD

100

NinHcFEcaHcF

100

AauHc6EcaHcENinHcE

10046

EcaHcGNinHcGCsaHcICsaHcIVCsaHcIICsaHcV

79

CsaHcVICsaHcIII

97

42

98

99

100

100

63

50

100

55

100

47

RflHxIIRmiHxIII

100

HarHxCviHxLSPIIMdoHxLI

10071

100

PmaHcIIPmaHcISamEhp

100

PleHcCmaHcICmaHcII

100100

GroHcIPleHcIIHamHcA

100

PinHcAPinHcB

100

PvuHcPvuHcIIPvuHcIIIPelHcIVPvuHcI

4876

49

100

100

80

PvaHc1PvaHc2

100

PinHcCCaeHcIICmaHcIII

100

CsapHcCmaHcVICaHcVCmaHcIV

77100

100

100

64

100

48

94

100

50

58

100

Legende

= Prophenoloxidasen (Aussengruppe)

= Chelicerata = Myriapoda = Crustacea = Hexapoda Zusammenfassung/Diskussion

Zur Aussengruppe Betrachtet man die Evolution eines Proteins, so kann man daraus Rückschlüsse auf die Evolution des Tieres ziehen, denn die Funktion eines Proteins und die Anpassungen auf molekularer Ebene spiegeln die Veränderungen der gesamten Spezies wieder. Man kann dementsprechend sagen, dass die Proteine eines Organismus dessen phylogenetische Geschichte teilen, und physiologische Anpassungen während der Evolution auf Veränderungen der Proteinsequenzen zurück gehen. Dayhoff et al.(1975) postulierten, dass Proteingruppen, die einen gemeinsamen Vorfahren haben, in Proteinfamilien- und Superfamilien zusammengefasst werden können. In unserem Fall sind wir davon ausgegangen dass der gemeinsame Vorfahr der Arthropoden-Hämocyanin-Superfamile eine Phenoloxidase war die im Laufe der Evolution ihre Fähigkeit Sauerstoff zu binden und umzusetzen verlor und ihn dann als Hämocyanin nur noch zu binden vermochte. Für die Abstammung der Hämocyanine von Phenoloxidasen spricht weiterhin dass Phenoloxidasen und Hämocyanine sehr ähnliche aktive Zentren besitzen und auch einige Hämocyanine unter bestimmten Umständen eine Phenoloxidaseaktivität entwickeln können (Decker und Tuczek, 2000; Decker et al., 2001). Da zum Vergleich eine externe Außengruppe fehlte, haben wir in allen vier Stammbäumen die Phenoloxidasen als Außengruppe gewählt. Jedes andere Konzept der Evolution der Arthropoden-Hämocyaninsuperfamilie würde eine mehrfache und unabhängige Entstehung von Hämocyaninen und Phenoloxidasen voraussetzen was ziemlich unwahrscheinlich ist. Viel eher ist ein monophyletischer Ursprung dieser Proteine anzunehmen (Burmester, 2001).

Analyse der Stammbäume In allen vier Stammbäumen stehen die Hämocyanine der zur selben Klasse gehörenden Spezies zusammen. Dies spricht dafür, dass die Evolution der Hämocyanine sich gemäß der Evolution der Klassen entwickelt hat. Abweichungen zwischen den verschiedenen Stammbäumen gibt es nur sehr wenig. Zum Beispiel stehen als einziges im „neighbour-joining-Stammbaum“ (ohne bootstrap) die Myriapoden als Schwestergruppe eines Phylums aus (Crustacea und Hexapoda). In den anderen drei Stammbäumen bilden die Myriapoden mit den Cheliceraten ein Monophylum, was allerdings im „neighbour-joining-Stammbaum“ mit bootstrap nur schlecht unterstützt wird (bootstrap-Wert von 47). Weiterhin kann man sagen dass innerhalb der Klassen eine komplexe Evolution der Untereinheiten stattgefunden hat, so dass in vielen Fällen die Untereinheiten ein und desselben Hämocyanins nicht mehr zusammenstehen sondern mit Untereinheiten von Hämocyaninen anderer Spezies (der gleichen Klasse). Die Crustaceen Hämocyanine bilden in allen vier Stammbäumen mit den Hexapoden-Hexamerinen und -Hämocyaninen ein Monophylum. Bei den Bootstrap-Analysen ist dies beidesmal sogar in 100 von 100 der generierten Stammbäume der Fall. Innerhalb des Phylums aus Crustacea und Hexapoda ist noch zu erkennen, dass die Hexamerine eine evolutiv isolierte Gruppe darstellen die bei bootstrap-Analyse mit beiden verwendeten Methoden als monophyletisch dargestellt und durch bootstrap-Werte von 100 unterstützt wird. Wie oben schon erwähnt bilden die Myriapoden-Hämocyanine in den ermittelten Stammbäumen entweder mit den Cheliceraten ein Monophylum oder sie sind Schwestergruppe eines Phylums aus Hexapoda und Crustacea. Nie jedoch bilden sie mit den Hexapoden ein Monophylum wie die sogenannte Tracheata-Hypothese es besagt. Diese Hypothese ist noch in alten Stammbäumen vorhanden und stützt sich auf gemeinsame morphologische Merkmale dieser beiden Gruppen, wie z.B. das Vorhandensein von Tracheen und ektodermalen malpighischen-Gefäßen. Die Tracheata-Hypothese wird also durch die obigen Stammbäume nicht unterstützt. Eine Hypothese die durch die obigen molekularen Stammbäume gestützt wird, ist die sogenannte „Pancrustacea-Hypothese“. Nach ihr bilden die Insekten gemeinsam mit den Crustaceen, ein monophyletisches Taxon, das als Pancrustacea oder auch Tertaconata bezeichnet wird. Diese Hypothese wird inzwischen nicht nur durch molekulare Daten wie diese hier gestützt, sondern auch durch gemeinsame morphologische Merkmale der Augen und des Nervensystems.

Legende zu den verwendeten Hämocyaninsequenzen

Accesion # Beschreibung Spezies Abkürzung Bild

P84293 Hemocyanin

subunit 2

(CaeSS2).

CARCINUS AESTUARII

(GREEN CRAB)

CARCINUS

MEDITERRANEUS

CaeHcII

P04253 Hemocyanin II. LIMULUS POLYPHEMUS

(ATLANTIC

HORSESHOE CRAB)

LpoHcII

P80476 Hemocyanin

AA6 chain.

ANDROCTONUS

AUSTRALIS

(SAHARA SCORPION)

AauHc6

P14750 Hemocyanin A

chain (HcA).

EURYPELMA

CALIFORNICA

(AMERICAN

TARANTULA)

EcaHcA

Q9NFH9 Hemocyanin B

chain (HcB).

EURYPELMA

CALIFORNICA

(AMERICAN

TARANTULA)

EcaHcB

Q9NFL6 Hemocyanin C

chain (HcC).

EURYPELMA

CALIFORNICA

(AMERICAN

TARANTULA)

EcaHcC

P02241 Q9NFH8

Hemocyanin D

chain (HcD).

EURYPELMA

CALIFORNICA

(AMERICAN

TARANTULA)

EcaHcD

P02242 Hemocyanin E

chain (HcE).

EURYPELMA

CALIFORNICA

(AMERICAN

TARANTULA)

EcaHcE

Q9NFL5 Hemocyanin F

chain (HcF).

EURYPELMA

CALIFORNICA

(AMERICAN

TARANTULA)

EcaHcF

Q9NFL4 Hemocyanin G

chain (HcG).

EURYPELMA

CALIFORNICA

(AMERICAN

TARANTULA)

EcaHcG


P04254 Hemocyanin A

chain.

PANULIRUS

INTERRUPTUS

(CALIFORNIA SPINY

LOBSTER)

PinHcA

P10787 Hemocyanin B

chain.

PANULIRUS

INTERRUPTUS

(CALIFORNIA SPINY

LOBSTER)

PinHcB

P80096 Hemocyanin C

chain.

PANULIRUS

INTERRUPTUS

(CALIFORNIA SPINY

LOBSTER)

PinHcC

Q95P08 Hemocyanin

subunit A

precursor.

SCUTIGERA

COLEOPTRATA

(HOUSE CENTIPEDE)

ScoHcA

Q8IFJ8 Hemocyanin

subunit B

precursor.

SCUTIGERA

COLEOPTRATA

(HOUSE CENTIPEDE)

ScoHcB

Q8T115 Hemocyanin

subunit C

precursor.

SCUTIGERA

COLEOPTRATA

(HOUSE CENTIPEDE)

ScoHcC

Q95P07 Hemocyanin

subunit D

precursor.

SCUTIGERA

COLEOPTRATA

(HOUSE CENTIPEDE)

ScoHcD

Q8T116 Hemocyanin

subunit X

precursor.

SCUTIGERA

COLEOPTRATA

(HOUSE CENTIPEDE)

ScoHcX

Q23707 Hemocyanin

subunit 6.

CANCER MAGISTER

(DUNGENESS CRAB)

CmaHcVI

Q5G2A4 Hemocyanin

subunit 5.

CANCER MAGISTER

(DUNGENESS CRAB)

CaHcV

Q5G2A5 Hemocyanin

subunit 4.

CANCER MAGISTER

(DUNGENESS CRAB)

CmaHcIV

Q5G2A6 Hemocyanin

subunit 3.

CANCER MAGISTER

(DUNGENESS CRAB)

CmaHcIII

Q5G2A7 Hemocyanin

subunit 2.

CANCER MAGISTER

(DUNGENESS CRAB)

CmaHcII

Q5G2A8 Hemocyanin

subunit 1.

CANCER MAGISTER

(DUNGENESS CRAB)

CmaHcI

Q571R4 Hemocyanin

subunit 1

precursor.

GAMMARUS ROESELI GroHcI

Q6Y0Z1 Hemocyanin 2. PACIFASTACUS

LENIUSCULUS

SIGNAL

CRAYFISH

PleHcII


Q70Q68 Hemocyanin

subunit 2

precursor.

PERLA MARGINATA

(STONEFLY)

PmaHcII

Q70Q69 Hemocyanin

subunit 1

precursor.

PERLA MARGINATA

(STONEFLY)

PmaHcI

P80888 Hemocyanin. PALINURUS VULGARIS

(EUROPEAN SPINY

LOBSTER)

PvuHc

Q86N89 Hemocyanin

subunit G.

NEPHILA INAURATA

MADAGASCARIENSIS

NinHcG

Q86N90 Hemocyanin

subunit F.

NEPHILA INAURATA

MADAGASCARIENSIS

NinHcF

Q86N91 Hemocyanin

subunit E.

NEPHILA INAURATA

MADAGASCARIENSIS

NinHcE

Q86N92 Hemocyanin

subunit D.

NEPHILA INAURATA

MADAGASCARIENSIS

NinHcD

Q86N93 Hemocyanin

subunit B.

NEPHILA INAURATA

MADAGASCARIENSIS

NinHcB

Q86N94 Hemocyanin

subunit A.

NEPHILA INAURATA

MADAGASCARIENSIS

NinHcA

Q8IFT5 Hemocyanin

subunit 4

precursor.

PALINURUS ELEPHAS PelHcIV

Q8MUH8 Hemocyanin. PACIFASTACUS

LENIUSCULUS

(SIGNAL CRAYFISH)

PleHc

Q9NFR6 Hemocyanin

alpha-subunit

precursor

(Fragment).

HOMARUS

AMERICANUS

(AMERICAN LOBSTER)

HamHcA

Q9NFY6 Hemocyanin

precursor

(Fragment).

PENAEUS VANNAMEI

(PENOEID SHRIMP

EUROPEAN WHITE

SHRIMP)

PvaHc1

Q26180 Hemocyanin

precursor.

PENAEUS VANNAMEI

(PENOEID SHRIMP,

EUROPEAN WHITE

SHRIMP)

PvaHc2


Q95P17 Hemocyanin

subunit 3

precursor

(Fragment).

PALINURUS VULGARIS

(EUROPEAN SPINY

LOBSTER)

PvuHcIII

Q95P18 Hemocyanin

subunit 2

precursor

(Fragment).

PALINURUS VULGARIS

(EUROPEAN

SPINY LOBSTER)

PvuHcII

Q95P19 Hemocyanin

subunit 1

precursor

(Fragment).

PALINURUS VULGARIS

(EUROPEAN

SPINY LOBSTER)

PvuHcI

Q95ZH4 Hemocyanin

subunit 6.

CUPIENNIUS SALEI

(WANDERING SPIDER)

CsaHVI

Q95ZH6 Hemocyanin

subunit 5.

CUPIENNIUS SALEI

(WANDERING SPIDER)

CsaHcV

Q95ZH7 Hemocyanin

subunit 4.

CUPIENNIUS SALEI

(WANDERING SPIDER)

CsaHcIV

Q95ZH8 Hemocyanin

subunit 3.

CUPIENNIUS SALEI

(WANDERING SPIDER)

CsaHcIII

Q95ZH9 Hemocyanin

subunit 2.

CUPIENNIUS SALEI

(WANDERING SPIDER)

CsaHcII

Q95ZI0 Hemocyanin

subunit 1.

CUPIENNIUS SALEI

(WANDERING SPIDER)

CsaHcI

Q9BHJ9 Hemocyanin

subunit 1

precursor.

SPIROSTREPTUS SP

(BT-2000)

SspHcI


Q9NGL5 Hemocyanin

subunit.

CALLINECTES

SAPIDUS

(BLUE CRAB)

CsapHc

P91922 Hexamerin

LSP-2.

CALLIPHORA VICINA

(BLUE BLOWFLY)

CALLIPHORA

ERYTHROCEPHALA

CviHxLSPII

Q56DL4 Hexamerin

storage protein

3.

ROMALEA

MICROPTERA

(LUBBER

GRASSHOPPER)

RmiHxIII

Q64I77 Hexamerin II. RETICULITERMES

FLAVIPES

(EASTERN

SUBTERRANEAN

TERMITE)

RflHxII

Q68YP2 Hexamerine. HELICOVERPA

ARMIGERA

(COTTON BOLLWORM)

HELIOTHIS ARMIGERA

HarHx

Q86G31 Hexamerin L1. MUSCA DOMESTICA

(HOUSE FLY)

MdoHxLI

O76951 Prophenoloxida

se.

ANOPHELES GAMBIAE

(AFRICAN

MALARIA

MOSQUITO)

AgaPrO



se.

HYPHANTRIA

CUNEA

(FALL

WEBWORM)

HcuPrO

O61456 Embryonic

hemolymph

protein

precursor.

SCHISTOCERCA

AMERICANA

(AMERICAN

GRASSHOPPER)

SamEhp


se.

ANOPHELES

STEPHENSI

(INDO-PAKISTAN

MALARIA

MOSQUITO)

AstPrO


se.

TENEBRIO

MOLITOR

(YELLOW

MEALWORM)

TmoPrO

Q25519 Prophenoloxida

se.

MANDUCA

SEXTA

TOBACCO

HAWKMOTH

TOBACCO

HORNWORM

MsePrO

Documents

von Proteinen WS 05/06 Fachbereich Biologie, Johannes ... - Strukur und... · Diese Methode nimmt an, dass die Evolution stets den kürzesten Weg geht, sodass der Stammbaum berechnet