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Microbiotes environnementaux:sourcetracking etexploration
BernardTaminiauCristinaRodriguezSimoneKringsMeriemOukbir
PrGeorgesDaube
SantéanimaleProductionanimale
Feed
FoodFocussur
interactions
Santéhumaine
Environ-ment
Gestiondéchets
ONEHEALTH
MANYMICROBIOTA
0.000%$
10.000%$
20.000%$
30.000%$
40.000%$
50.000%$
60.000%$
70.000%$
80.000%$
90.000%$
100.000%$
$P1_week01$
$P1_week02$
$P1_week04$
$P1_week05$
$P1_week07$
$P1_week08$
$P1_week10$
$P2_week01$
$P2_week03$
$P2_week05$
$P2_week07$
$P2_week09$
$P13
_week01$
$P13
_week02$
$P13
_week03$
$P13
_week04$
$P13
_week06$
$P13
_week08$
$P13
_week10$
$P15
_week01$
$P15
_week02$
$P15
_week03$
$P15
_week04$
$P15
_week06$
$P15
_week07$
$P15
_week08$
$P15
_week09$
$P18
_week05$
$P18
_week07$
$P18
_week09$
$P19
_week01$
$P19
_week02$
$P19
_week03$
$P19
_week07$
$P19
_week09$
$P19
_week10$
$P24
_week03$
$P24
_week05$
$P24
_week06$
$P24
_week08$
Vic$vallaceae)Vibrionaceae)Verrucomicrobiaceae)Veillonellaceae)unclassified)Synergistaceae)Streptococcaceae)Staphylococcaceae)Sphingomonadaceae)Ruminococcaceae)Rikenellaceae)Rhizobiaceae)Pseudomonadaceae)Pseudoalteromonadaceae)Propionibacteriaceae)Prevotellaceae)Porphyromonadaceae)Peptostreptococcaceae*Pasteurellaceae)Oxalobacteraceae)Moraxellaceae)Micrococcaceae)Microbacteriaceae)Lactobacillaceae)Lachnospiraceae)Fusobacteriaceae)Flavobacteriaceae)Family_XIII_Incertae_Sedis)Family_XII_Incertae_Sedis)Family_XI_Incertae_Sedis)Eubacteriaceae)Erysipelotrichaceae)Enterococcaceae)Enterobacteriaceae)Desulfovibrionaceae)Corynebacteriaceae)Coriobacteriaceae)Comamonadaceae)Clostridiaceae)Carnobacteriaceae)Campylobacteraceae)Bifidobacteriaceae)Bacteroidaceae)Alcaligenaceae)Ac$nomycetaceae)
NMDS1
NMDS3
NMDS2
Group&young&Group&old,CT&Group&old,SP&
16SrDNAAmplification
NGS
Bioinformatics
Abundance profile
Population structure
Correlation with environmental factors
Commentlescontaminationscroiséesdansuneunitédefabrication?
Quellessontlesliensentrelesbactériesetlestypesdesurface?
Campagne dans deux ateliers
Boudin blanc
Tête de veau en sauce
Operateur
Surfaces
Matrices
IntérêtdeLamicrobiologieindépendantedelaculture
Mapping du microbiote en zone agro-alimentaire
Source-tracking
Chasse aux zones de contamination
Lavégétationesttrèstoléranteàlacontaminationparlesmétauxlourds
Commentévaluerlasituationécotoxicologique
Ladynamiquedumicrobiotedusolpeut-elleêtreutilisée
commeindicateur?
Figure 19. Concentration moyenne des différents indicateurs chimiques par groupe, exprimée en mg par kilo de masse sèche.
zinc Fer
Aluminiu
m
Calcium
plomb
Magne
sium
Manga
nese
cuivr
enic
kel
0
5000
10000
15000
20000
50000
100000
150000
200000
abun
danc
e m
g/kg
ms
F201_10cmF201_30cmF201_50cmF202_10cmF202_30cmF202_50cmF203_10cmF203_30cmF203_50cm
Etain
arsen
ic
Baryum
Antimoin
eco
balt
cadm
iumch
rome
Vanad
ium0
100200300400500500
1000
1500
2000
2500
abun
danc
e m
g/kg
ms
F201_10cmF201_30cmF201_50cmF202_10cmF202_30cmF202_50cmF203_10cmF203_30cmF203_50cm
Molybd
ene
Berylliu
m
Seleniu
m
Thalliu
m
mercure
0.0
0.5
1.0
1.5
2.0
5
10
15
20
25
abun
danc
e m
g/kg
ms
F201_10cmF201_30cmF201_50cmF202_10cmF202_30cmF202_50cmF203_10cmF203_30cmF203_50cm
Phasedefaisabilité– sitevieillemontagne
3 sampling zones (100M2)
3 Drill cores (diam. 10cm)
3 Sampling Depths
3 Replicates
UMICORE
Extraction zinc
Grace-Hollogne
Figure 15 : Visualisation non paramétrique en 3 dimensions (NMDS) des échantillons sur base d’une matrice
de distance de Bray-Curtis construite avec les abondances relatives des espèces bactériennes observées.
NMDS1
NMDS3
NMDS2
SiteF201SiteF202SiteF203
50cm
30cm
10cm
Depthsampling
Figure 16 : Abondance relative cumulée moyenne des phyla observés pour chaque groupe d’échantillons.
F201_10cm
F201_30cm
F201_50cm
F202_10cm
F202_30cm
F202_50cm
F203_10cm
F203_30cm
F203_50cm
0
50
100
Rela
tive
popu
latio
n ab
unda
nce
(%)
Phylum
ProteobacteriaChloroflexiActinobacteriaAcidobacteriaGemmatimonadetesBacteria_unclassifiedNitrospiraeBacteroidetesPlanctomycetesCyanobacteriaCandidate_division_TM7TM6VerrucomicrobiaCandidate_division_OD1FirmicutesCandidate_division_OP11ArmatimonadetesChlorobiElusimicrobia
…
Figure 18 : Abondance relative cumulée moyenne des genres >3% observés pour chaque groupe d’échantillons.
F201_10cm
F201_30cm
F201_50cm
F202_10cm
F202_30cm
F202_50cm
F203_10cm
F203_30cm
F203_50cm
0
50
100
Rela
tive
popu
latio
n ab
unda
nce
(%)
Genus > 3%
AcidiferrobacterGemmatimonadaceae_unclassifiedBacteria_unclassifiedP2-11E_unclassifiedAnaerolineaceae_unclassifiedNitrospiraBlastocatellaTRA3-20_unclassifiedProteobacteria_unclassifiedTK10_unclassifiedGR-WP33-30_unclassifiedBetaproteobacteria_unclassifiedActinobacteria_unclassifiedAcidimicrobiales_unclassifiedGaiellaMB-A2-108_unclassifiedThiobacillusSubgroup_6_unclassifiedNitrosomonadaceae_unclassifiedRhizobiales_unclassifiedOthers
Structure– compositionmicrobiote
LienMicrobiote – concentrationpolluants
Figure 20. Heatmap plot des corrélations RHO de SPEARMAN pour les couples indicateurs-genres bactériens. Seules les genres microbiens présentant au moins une corrélation statistique (≤ -0.6 ou ≥ 0.6)
sont reprises. La colorisation est fonction de la valeur de RHO.
Sulfuricella
Angustibacter
Thiobacillus
Gaiella
Blastococcus
Deltaproteobacteria_unclassified
Leptospirillum
Acidiferrobacter
Elev-16S-573_unclassified
Rhodobium
Anaerolineaceae_unclassified
MNG7_unclassified
OPB35_soil_group_unclassified
Acidobacteriaceae_Subgroup_1_unclassified
Acidobacteriaceae_Subgroup_6_unclassified
Acidobacteriaceae_Subgroup_5_unclassified
TRA3-20_unclassified
Nitrospira
AntimoineAluminium
arsenicBaryumcadmiumchromecobaltcuivreEtainFer
Molybdenenickelplomb
Seleniumzinc
Significative correlation between bacterial genera and measured elements
-0.5
0
0.5
Figure 21. Abondance relative moyenne des genres corrélés avec les indicateurs chimiques dans les différents groupes de la campagne.
Thiobacillus
Sulfuricella
Nitrospira
Gaiella
Blastococcus
Angustibacter
0.0
0.5
1.0
1.5
2.0
10
20
30
Rela
tive
popu
latio
n ab
unda
nce
(%)
Relative abundance of selected taxa
F201_10cmF201_30cmF201_50cmF202_10cmF202_30cmF202_50cmF203_10cmF203_30cmF203_50cm
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