Klinik für PsychiatieKlinik für Psychiatie

Einführung in die JenaBatch - ToolboxEinführung in die JenaBatch - Toolbox

Matthias BolzMatthias Bolz

Friedrich Schiller Universität JenaFriedrich Schiller Universität Jena

InhaltInhalt

1.1. Scripts zur seriellen Scripts zur seriellen DatenverarbeitungDatenverarbeitung

2.2. Tools für GruppenauswertungenTools für Gruppenauswertungen3.3. Module zur DatenextraktionModule zur Datenextraktion4.4. Weitere ToolsWeitere Tools

WICHTIGWICHTIG

Die JenaBatch-Scripts stellen Die JenaBatch-Scripts stellen keinekeine vollständig ausgereiften Programm-vollständig ausgereiften Programm-module zur Verfügung sondern module zur Verfügung sondern höchstens Programmcode im alpha-höchstens Programmcode im alpha-Stadium.Stadium.Die automatisiert ausgeführten Die automatisiert ausgeführten Verarbeitunsschritte sollten in jedem Verarbeitunsschritte sollten in jedem Fall auf Korrektheit kontrolliert werden.Fall auf Korrektheit kontrolliert werden.

Serielle DatenverarbeitungSerielle Datenverarbeitung

PreprocessingPreprocessing StatistikStatistik ErgebinssdarstellungErgebinssdarstellung

Slice TimingSlice Timing

RealignmentRealignment

NormalisierungNormalisierung

SmoothingSmoothing

Stat. ModelleStat. Modelle

(single Subjekt)(single Subjekt)

Kontraste def.Kontraste def.

MIP‘sMIP‘s

RenderingsRenderings

TabellenTabellen

jbt_preprocess.mjbt_preprocess.m jbt_statistics.mjbt_statistics.m

Jbt_contrasts.mJbt_contrasts.m

jbt_printR.mjbt_printR.m

Notwendige DatenstrukturNotwendige Datenstruktur

experimentexperiment/prob1/prob1/prob2/prob2

/run01/run01/run02/run02

....../RESULTS/RESULTS/LOG/LOG

sternb_Lsternb_L/mabo77/mabo77/löro80/löro80

/run01/run01/run02/run02

/RESULTS/RESULTS/mabo77/mabo77/löro80/löro80

jbt_preprocessjbt_preprocess

Aufruf aus:Aufruf aus: JenaBatch ToolboxJenaBatch ToolboxParameter:Parameter: parameterscript notwendigparameterscript notwendig

Funktion:Funktion: führt ein Preprozessing für führt ein Preprozessing für mehrere Probanden durch, mehrere Probanden durch, Prob.verz. können angewählt Prob.verz. können angewählt werden.werden.

Ausgabe:Ausgabe: Logfiles im ./LOG-VerzeichnisLogfiles im ./LOG-Verzeichnis

jbt_preprocess - Beispieljbt_preprocess - Beispiel%% Picture Subdirectories%% Picture Subdirectoriessp_subdirs = ['run01';'run02'];sp_subdirs = ['run01';'run02'];

%% Source Pictures%% Source Picturessp_pics = ['f*'];sp_pics = ['f*']; % ohne Endung !!! % ohne Endung !!!

%% SLICE TIMING ----------------------%% SLICE TIMING ----------------------%% do slice-timing ???%% do slice-timing ???%% 0 = no, thanks0 = no, thanks%% 1 = yes1 = yessp_ST = [1];sp_ST = [1];

%% slice acquisition order%% slice acquisition order%% 1 = asc1 = asc%% 2 = desc2 = desc%% 3 = interl3 = interl%% 4 = user4 = usersp_ST_seq = [2];sp_ST_seq = [2];

......

%% TA - acquisition time (time between start of acq of first%% TA - acquisition time (time between start of acq of first% slice and the end of acq of the % slice and the end of acq of the last slice)last slice)sp_ST_TA = [1921] ;sp_ST_TA = [1921] ;

%% Generate a archive of source pictures%% Generate a archive of source picturessp_ST_tar = [0];sp_ST_tar = [0];

jbt_statisticsjbt_statistics

Aufruf aus:Aufruf aus: JenaBatch ToolboxJenaBatch ToolboxParameter:Parameter: parameterscript notwendigparameterscript notwendig

Funktion:Funktion: führt ein Single-Subject Analyse führt ein Single-Subject Analyse für mehrere Probanden durch, für mehrere Probanden durch, Prob.verz. können angewählt Prob.verz. können angewählt werden.werden.

Ausgabe:Ausgabe: Logfiles im ./LOG-VerzeichnisLogfiles im ./LOG-Verzeichnis

jbt_statistics - Beispieljbt_statistics - Beispielsp_subj_repl = 1;sp_subj_repl = 1;

%% Session Subdirectories%% Session Subdirectoriessp_subdirs = ['run01';'run02'];sp_subdirs = ['run01';'run02'];

%% Pictures filemask%% Pictures filemasksp_pics = ['sn*.img'];sp_pics = ['sn*.img'];

onset{1}=onset{1}= [[ 0.230.23 14.3414.34 28.4628.46;...;...1.371.37 15.7115.71 30.28;...30.28;...5.945.94 20.2820.28 34.85];34.85];

durations{1}= [durations{1}= [ 1.141.14 1.371.37 1.83;...1.83;...4.574.57 4.574.57 4.57;...4.57;...1.371.37 1.371.37 1.37];1.37];

onset{2}= onset{2}= [[ 0.80.8 14.4614.46 28.23;...28.23;...2.172.17 15.615.6 30.74;...30.74;...6.746.74 20.1720.17 35.31];35.31];

durations{2}=durations{2}= [[ 1.371.37 1.141.14 2.51;...2.51;...4.574.57 4.574.57 4.57;...4.57;...1.371.37 1.371.37 1.37];1.37];

sp_length{1} = [];sp_length{1} = [];sp_length{2} = [];sp_length{2} = [];

onsetnames = str2mat('for‚'mai','ret');onsetnames = str2mat('for‚'mai','ret');

jbt_contrastsjbt_contrasts

Aufruf aus:Aufruf aus: JenaBatch ToolboxJenaBatch ToolboxParameter:Parameter: parameterscript notwendigparameterscript notwendig

Funktion:Funktion: Definiert bei allen Probanden die Definiert bei allen Probanden die gegebenen Kontrastegegebenen Kontraste

Ausgabe:Ausgabe: keinekeineBemerkungen:Bemerkungen: sessions müssen gleich aufgebaut sessions müssen gleich aufgebaut

sein !!!sein !!!

jbt_statistics - Beispieljbt_statistics - Beispiel

%% Contrast Names%% Contrast Names% matrix containing the string names of the contrasts% matrix containing the string names of the contrastssp_C_names = str2mat('enc','mai','ret');sp_C_names = str2mat('enc','mai','ret');

%% Contrast Values%% Contrast Values% matrix with the values for each defined contrast% matrix with the values for each defined contrast% (one session)% (one session)sp_C_val = [sp_C_val = [ 1 0 0 ;...1 0 0 ;...

0 1 0 ;...0 1 0 ;...0 0 1 ];0 0 1 ];

%% Number of Sessions%% Number of Sessionssp_C_sess = [2];sp_C_sess = [2];

jbt_printRjbt_printR

Aufruf aus:Aufruf aus: JenaBatch ToolboxJenaBatch ToolboxParameter:Parameter: Menüauswahl möglichMenüauswahl möglichFunktion:Funktion: Druckt die Ergebnisse von Single-Druckt die Ergebnisse von Single-

Subject Analysen in ein PS- oder Subject Analysen in ein PS- oder TIF-File, mehrere Probanden, TIF-File, mehrere Probanden, mehrere Kontraste, Renderings, mehrere Kontraste, Renderings, TabellenTabellen

Ausgabe:Ausgabe: PS,TIF,CVSPS,TIF,CVSBemerkungen:Bemerkungen: abweichende colormap muss als abweichende colormap muss als

Matritze im Speicher vorliegen, Matritze im Speicher vorliegen, Tabellen sind semikolon-getrenntTabellen sind semikolon-getrennt

PraxisPraxis

GruppenauswertungenGruppenauswertungen

Fixed EffectsFixed Effects• jbt_fixedeffectsjbt_fixedeffects

Random EffectsRandom Effects• spm_spm_ui von Christian Gaserspm_spm_ui von Christian Gaser

jbt_fixedeffectsjbt_fixedeffects

Aufruf aus:Aufruf aus: JenaBatch ToolboxJenaBatch ToolboxParameter:Parameter: parameterscript von Single-parameterscript von Single-

Subject Analyse kann verwendet Subject Analyse kann verwendet werden!werden!

Funktion:Funktion: Berechnet ein fixed-effects-Modell Berechnet ein fixed-effects-Modell für die angegebenen Probandenfür die angegebenen Probanden

Bemerkungen:Bemerkungen: wenn die onsets jeweils gleich wenn die onsets jeweils gleich sind muss sind muss sp_subj_repl = 1 sp_subj_repl = 1 sein. sein. Ansonsten müssen die onset-Matritzen Ansonsten müssen die onset-Matritzen hinreichend gross sein.hinreichend gross sein.

Module zur DatenextraktionModule zur Datenextraktion

• jbt_savetab jbt_savetab • jbt_reglistjbt_reglist

• jbt_Get_timecurvejbt_Get_timecurve• jbt_Get_betasjbt_Get_betas

dat - filesdat - filesTest.datTest.dat

% X ; Y ; Z; Region% X ; Y ; Z; Region

42; -69; -45; Right Cerebellum 42; -69; -45; Right Cerebellum -45; -57; -27; Left Cerebellum -45; -57; -27; Left Cerebellum -15; -15; 6; Left Cerebrum Thalamus -15; -15; 6; Left Cerebrum Thalamus -6; -69; 57; Left Cerebrum Brodmann area 7-6; -69; 57; Left Cerebrum Brodmann area 7-51; 18; 27; Left Cerebrum Brodmann area 9-51; 18; 27; Left Cerebrum Brodmann area 9-48; -54; 39; Left Cerebrum Brodmann area 40-48; -54; 39; Left Cerebrum Brodmann area 40-54; 15; 18; Left Cerebrum Brodmann area 44-54; 15; 18; Left Cerebrum Brodmann area 44-51; 18; 18; Left Cerebrum Brodmann area 45-51; 18; 18; Left Cerebrum Brodmann area 45-51; 21; 27; Left Cerebrum Brodmann area 46-51; 21; 27; Left Cerebrum Brodmann area 46-42; 39; -6; Left Cerebrum Brodmann area 47-42; 39; -6; Left Cerebrum Brodmann area 47 24; -27; 6; Right Cerebrum Thalamus 24; -27; 6; Right Cerebrum Thalamus 6; -69; 57; Right Cerebrum Brodmann area 76; -69; 57; Right Cerebrum Brodmann area 7 45; 18; 39; Right Cerebrum Brodmann area 945; 18; 39; Right Cerebrum Brodmann area 9 51; 15; 12; Right Cerebrum Brodmann area 4451; 15; 12; Right Cerebrum Brodmann area 44 54; 21; 12; Right Cerebrum Brodmann area 4554; 21; 12; Right Cerebrum Brodmann area 45 42; 39; 24; Right Cerebrum Brodmann area 4642; 39; 24; Right Cerebrum Brodmann area 46 54; 18; -3; Right Cerebrum Brodmann area 4754; 18; -3; Right Cerebrum Brodmann area 47

jbt_savetabjbt_savetab

Aufruf aus:Aufruf aus: dargestelltem Ergebnisdargestelltem ErgebnisParameter:Parameter: keinekeine

Funktion:Funktion: speichert die Aktivierungstabelle speichert die Aktivierungstabelle und bestimmt die Lokalisation der und bestimmt die Lokalisation der Koordinaten mit dem Talairach - Koordinaten mit dem Talairach - DaemonDaemon

Ausgabe:Ausgabe: CVS-FileCVS-File

jbt_reglistjbt_reglist

Aufruf aus:Aufruf aus: dargestelltem Ergebnisdargestelltem ErgebnisParameter:Parameter: jbt_reglist(output,SPM)jbt_reglist(output,SPM)

1: als matrix mit koordinaten T-Wert und 1: als matrix mit koordinaten T-Wert und BezeichnungBezeichnung2: als file (csv) mit koordinaten T-Wert und 2: als file (csv) mit koordinaten T-Wert und BezeichnungBezeichnung7: als dat-file zur Verwendung in der 7: als dat-file zur Verwendung in der ZeitreihenextraktionZeitreihenextraktion

Funktion:Funktion: sucht in definierten Talairach-sucht in definierten Talairach-Regionen nach Aktivierungs-Regionen nach Aktivierungs-maximamaxima

Ausgabe:Ausgabe: CVS-FileCVS-File

jbt_Get_timecurvejbt_Get_timecurve

Aufruf aus:Aufruf aus: dargestelltem Ergebnisdargestelltem ErgebnisParameter:Parameter: dat-file mit Koordinatendat-file mit Koordinaten

Funktion:Funktion: extrahiert aus den angegeben extrahiert aus den angegeben koordinaten die Zeitreihen sofern koordinaten die Zeitreihen sofern diese in der Y.mad verfügbar sinddiese in der Y.mad verfügbar sind

Ausgabe:Ausgabe: wk1-Tabellewk1-Tabelle

jbt_Get_betasjbt_Get_betas

Aufruf aus:Aufruf aus: dargestelltem Ergebnisdargestelltem ErgebnisParameter:Parameter: dat-file mit Regionsinformationendat-file mit Regionsinformationen

Funktion:Funktion: speichert einen Average der Beta-speichert einen Average der Beta-Schätzer einer Sphere um die Schätzer einer Sphere um die angegebenen Regionenangegebenen Regionen

Ausgabe:Ausgabe: wk1-Tabellewk1-Tabelle

Weitere ToolsWeitere Tools

• jbt_collectjbt_collect• jbt_labeljbt_label• jbt_latencymapsjbt_latencymaps• jbt_logconvertjbt_logconvert

Weitere InfosWeitere Infos

• Hilfe in Matlab teilweise mit:Hilfe in Matlab teilweise mit: help Behehlhelp Behehl

• Sourcecode der scripts in:Sourcecode der scripts in:/gemeinsam/toolbox/JenaBatch/gemeinsam/toolbox/JenaBatch

• Beispiele unter:Beispiele unter:/gemeinsam/toolbox/JenaBatch/examples/gemeinsam/toolbox/JenaBatch/examples

Praxis ???Praxis ???