PDB-AufbauCell Microcosmos 2.1

Andrea Steinmetz

Ausblick

• Was ist ein Protein?

• Aufbau der PDB-Files

Was ist ein Protein?

• Vorkommen: in lebenden Organismen

• Funktionen: Vielfältig

• bestehen aus Eiweißen (Aminosäuren)

• 4 Organisationslevel:

Primär-, Sekundär-, Tertiär- und Quartiärstruktur

Primärstruktur

Bindungstypen

Bindungstypen

Sekundärstruktur

Tertiärstruktur

Quartiärstruktur

PDB-Datenbank

Statistik

Struktureller Aufbau

1. Title Section

2. Primary Structure

3. Heterogen Section

4. Secondary Structure Section

5. Connectivity Annotation Section

6. Miscellaneous Feature Section

7. Crystallographic and Coordinate Transformation Section

8. Coordinate Section

9. Connectivity Section

10. Bookkeeping Section

Title Section

• HEADER• OBSLTL• TITLE• COVEAT• COMPND• SOURCE• KEYWDS• EXPDTA• ...

Primary Structure• Referenzen zu anderen Datenbanken

• AS-Sequenz

• Vom Standard abweichende Residuen

Heterogen Section

Secondary Section

• Alpha-Helizes, ß-Faltblätter

• andere Motive

• Disulfidbrücken, Wasserstoffbrücken, etc.

• Cis- und trans-Konformationen

Connectivity Annotation Section

Restlichen Sections• Miscellaneous Feature Section

• Crystallographic and Coordinate Transformation Section

• Coordinate Section (!)

• Connectivity Section

• Bookkeeping Section

Restlichen Sections• Miscellaneous Feature Section

• Crystallographic and Coordinate Transformation Section

• Coordinate Section (!)

• Connectivity Section

• Bookkeeping Sectionx y z

Quellen

• Alberts et al.: “Molecular Biology Of The Cell”, 4th edition, Garland Science 2002

• http://www.rcsb.org

Danke für’s Zuhören

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