Proseminar „ Recherche in molekularbiologischen Datenbanken „

Recherchen in Datenbanken – eine Einführung

Dr. Ina Weiß Wissenschaftliche Informationsstelle im Lehrstuhl Bioinformatik der Biologisch-Pharmazeutischen Fakultät

20. April 2006

Gliederung des Vortrages :

1. Einführung

2. Überlegungen vor der Recherche

3. Bibliographische Datenbanken

4. Faktendatenbanken

5. Patente

6.Zusammenfassung

1. Einführung

• Die Wissenschaftliche Informationsstelle im Lehrstuhl Bioinformatik Ernst - Abbe - Platz 2, Raum 3402 Tel. 49020, E-Mail : inaweiss@minet.uni-jena.de

• Durchführung von Datenbankrecherchen und Kurse zur Nutzung elektronischer Fachinformationen und zu Online Datenbanken

• Vorlesung / Übung ( Hauptstudium ) jeweils im Wintersemester ( 2 sws ):

„ Elektronische Fachinformationen für Bioinformatiker“ http://pinguin.biologie.uni-jena.de/bioinformatik/fachinfobioinf.html

1. Überlegungen vor der Recherche

1. Was suche ich ?- Verwendungszweck, Umfang- Stichworte

2. Wo suche ich ?- Welche Datenbanken sind geeignet ?- Medien

3. Wie suche ich ( dort ) ?- Kenntnisse von Datenbanken- Suchstrategie

1. Was suche ich ? - Datenbanktypen

Entscheidend für die Auswahl der geeigneten Datenbanktypen ist die Frage :

Was suche ich ?Literatur ? =>Bibliographische Datenbanken

bibliographische Angaben ( Autor, Titel, Quelle) Zusammenfassung (Abstract )

Fakten ? => Faktendatenbanken : BEILSTEIN, Proteindatenbanken, Enzymdatenbanken etc. …. bewertet ? nicht bewertet ?

Über „ Stand der Technik“ hinausgehend und daher nicht (noch nicht) in Literaturdatenbanken zu finden = > Patentdatenbanken

Beispieldokument für bibliographische DatenbankenL16 ANSWER 28 OF 184 HCAPLUS COPYRIGHT 2006 ACS on STN AN 2004:13106 HCAPLUS Full-text DN 140:269570 TI Metabolic Pathway Analysis in biotechnology AU Schuster, Stefan CS Department of Bioinformatics, University of Jena, Jena, D-07743, Germany SO Metabolic Engineering in the Post Genomic Era (2004), 181-208. Editor(s): Kholodenko, Boris N.; Westerhoff, Hans V. Publisher: Horizon Bioscience, Norfolk, UK. CODEN: 69EYIZ; ISBN: 0-9545232-2-9 DT Conference; General Review LA English AB A review. This chapter gives an overview of Metabolic Pathway Anal. and

its historical roots. The basic concepts of the field are outlined and their relevance for biotechnol. are discussed. In particular, the concept of elementary flux mode is explained and compared with that of extreme pathway. It is shown that elementary-mode anal. is a useful tool for better understanding the complex architecture of metabolism and for determining those metabolic routes on which the molar conversion yield of a substrate-product pair under consideration is maximum The presentation is illustrated by a simple example from monosaccharide metabolism and a system describing lysine production in Escherichia coli, which is kept relatively simple for didactic reasons. The latter system gives rise to 14 elementary modes, four of which produce lysine with different molar yields. Furthermore, special problems arising in the modeling of large networks are discussed. An overview of the literature on theor. and applied problems of metabolic pathway anal. is given. An outlook on future prospects in the field concludes the chapter.

IT Biotechnology Metabolic pathways Metabolism, microbial Simulation and Modeling (metabolic pathway anal. in biotechnol.) CT Biotechnology CT Metabolic pathways CT Metabolism, microbial CT Simulation and Modeling ST review metabolic pathway analysis biotechnol RE.CNT 63 THERE ARE 63 CITED REFERENCES AVAILABLE FOR THIS RECORD ALL CITATIONS AVAILABLE IN THE RE FORMAT

2. Wo suche ich ? - Medien für eine Recherche

• Printmedien• elektronische Medien

Molekularbiologische Faktendatenbanken* frei verfügbare Literaturdatenbanken* * ggf. miteinander in Kombination Datenbanken im Uni-Netz Online Datenbanken bei Datenbankanbietern Suchmaschinen

für wissenschaftliche Recherchen meist nicht oder nur eingeschränkt geeignet ( das betrifft auch Google Scholar ! )

Wo suche ich ? – Auswahl geeigneter Datenbanken

• Trefferermittlung ( STN International )• Beispiel: Suche nach metabolic pathway analysis

=> s l1 L3 88 FILE BIOSIS L4 80 FILE HCAPLUS L5 32 FILE SCISEARCH L6 26 FILE MEDLINE L7 22 FILE EMBASE L8 20 FILE BIOTECHABS L9 15 FILE LIFESCI L10 13 FILE PASCAL L11 8 FILE JICST-EPLUS L12 4 FILE CABA L13 4 FILE CONFSCI L14 1 FILE DISSABS TOTAL FOR ALL FILES L15 313 L1 => dup rem l15 L16 184 DUP REM L15 (129 DUPLICATES REMOVED)

Suchbegriffe

L16 ANSWER 39 OF 184 DISSABS COPYRIGHT (C) 2006 ProQuest Information and Learning Company; All Rights Reserved on STN TI Metabolic pathway analysis and engineering of prokaryotic and eukaryotic organisms L16 ANSWER 40 OF 184 HCAPLUS COPYRIGHT 2006 ACS on STN ST antibiotic drug target crit point pathogen metabolic pathway analysis; computational chem antibiotic design bioengineering pathogen metab genotype phenotype L16 ANSWER 41 OF 184 HCAPLUS COPYRIGHT 2006 ACS on STN IT Metabolic pathways Solanum tuberosum Transformation, genetic (anal. of cystathionine -synthase in genetically engineered potato plants)

- Pluralformen beachten- Abkürzungen

Erläuterungen zu Datenbanken

• Datenbanken haben bei verschiedenen Anbietern oder auf unterschiedlichen Oberflächen z.T. unterschiedliche Namen

Beispiele :

Uni-Netz STN International

Web of Science = SCISEARCH

SciFinder Scholar = Chemical Abstracts, Medline,

Registry, Casreact, Chemcats,

Chemlist

Biological Abstracts = BIOSIS

3. Wie suche ich ? Suchsprache(n)

Nachbarschaftsoperatoren near3, (5a),(s) Maskierungen *, #, ? Platzhalter ( z.B. für verschiedene Schreibweisen

bei britischem oder amerikanischem Englisch ): ! Unterscheidet sich z.T. in verschiedenen

Datenbanken !

Recherchestrategien Synonyme, Abkürzungen Logische Operatoren and , or, not

3. Bibliographische Datenbanken im Uni-Netz

• Web of Science : http://isi1.isiknowledge.com/portal.cgi?DestApp=WOS&Func=Frame

- alle Wissensgebiete ab 1945

• In SciFinder Scholar :

erfordert Installation von sfs2006.exe und site.prf - Chemical Abstracts und Medline- Weiterhin noch Faktendatenbanken mit

Chemieinformationen- ab 1907 ( manchmal älter, z.B. 1802 )

Möglichkeiten der Recherche im Web of Science

• Suche mit Stichworten• Related Record Searching

(ausgehend von einem Artikel im Web of Science zu einem bestimmten Thema )

• Suche nach Literaturangaben einer Publikation

• nach Zitierungen ( in welchen Arbeiten wurde eine bestimmte Publikation zitiert ?

• CAplus Bibliografische Datenbank > 25 Mio. Einträge, ab 1907

und mehr als 7.600 Einträge aus Publikationen vor 1907• MEDLINE Biomedizinische Informationen, > 15 Mio Einträge ab 1950

• CASreact > 9 Mio. Reaktionen, ab 1907

• Registry > 80 Mio Registry Nummern vergeben, davon > 56 Mio. Sequenzen

• Chemcats > 8 Mio Käufliche Substanzen > 766 Kataloge, > 655 Produzenten

• Chemlist Regulatorische Daten > 200 000, ab 1979

Die Datenbanken in SciFinder Scholar

Suchmöglichkeiten in Scifinder Scholar

• Forschungsgebiete (Thematische Suchen)

• Autoren

• Firmen, Einrichtungen

• Document Identifier (Patentnummern, CA-Referate-Nummern)

• Chemische Verbindungen über– Namen – CAS-Registry-Nummern – Summenformeln– Strukturen / Substrukturen

• Chemische Reaktionen (Struktursuche)

Suche in SciFinder Scholar

Zur Auswahl stehen zunächst die Buttons Explore, Locate bzw. Browse.

SciFinder Scholar 2006 - Anleitungen

Powerpointdatei mit Notizenseiten :

http://pinguin.biologie.uni-jena.de/pub/sfs2006.ppt

Internetversion :

http://www.uni-jena.de/chemie/ivs/scifinder/2006

4. Faktendatenbanken

• Faktendatenbanken im Uni-Netz ( Auswahl )

• BEILSTEIN• REGISTRY in SciFinder

Scholar

• Molekularbiologische Datenbanken im Internet

• Linksammlung von Prof. Dr. Günther KoraimannInstitut für Molekulare Biowissenschaften, Universität Grazhttp://www.uni-graz.at/~koraiman/molbio/basen.htm

Faktendatenbanken (2)

Fakten und Literatur im BEILSTEIN

• Die gesuchten Fakten stehen in der Datenbank und Literatur ist meist nur als Referenz angegeben.

• Daher eignen sich Faktendatenbanken nicht für eine Literatursuche !

• CAplus Bibliografische Datenbank > 25 Mio. Einträge, ab 1907

und mehr als 7.600 Einträge aus Publikationen vor 1907• MEDLINE Biomedizinische Informationen, > 15 Mio Einträge ab 1950

• CASreact > 9 Mio. Reaktionen, ab 1907

• Registry > 80 Mio Registry Nummern vergeben, davon > 56 Mio.

Sequenzen

• Chemcats > 8 Mio Käufliche Substanzen > 766 Kataloge, > 655 Produzenten

• Chemlist Regulatorische Daten > 200 000, ab 1979

Die Datenbanken in SciFinder Scholar

5. Patente

• Wenn man in der einschlägigen Literatur einen bestimmten Sachverhalt nicht findet, dann heißt das nicht zweifelsfrei das es ihn noch nicht gibt.

• Es kann Patentliteratur dazu geben.

• In bibliographischen Datenbanken ( z.B. Chemical Abstracts ) findet man auch Patente.

• Das ersetzt jedoch keine Patentrecherche !

Titelseite eines Patents

Europäisches Patentamt

http://ep.espacenet.com

Espacenet : Suche nach Patenten

6. Zusammenfassung

• Die Wahl der Datenbank(en) ist vom jeweiligen Verwendungszweck abhängig.

• Gute Kenntnisse der Datenbank beeinflussen das Rechercheergebnis nachhaltig.

• Fragen rund um die Themen Literatur / Recherchen beantwortet Ihnen die Wissenschaftliche Informationsstelle des Lehrstuhls Bioinformatik jederzeit gern.

• Details zu Literatur – und Patentdatenbanken erfahren Sie in der Vorlesung ( mit Übungen ) „ Elektronische Fachinformationen für Bioinformatiker“ jeweils im Wintersemester für das Hauptstudium.

• Zunächst viel Spaß beim Proseminar „ Recherche in molekularbiologischen

Datenbanken „ !