12
S k m S k m M a r k e r M a r k e r N e g . K o n . N e g . K o n . H e r z t o r H e r z t o r H e r z t o r H e r z t o r H e r z t o r H e r z t o r H e r z n o r H e r z n o r LPL 310 603 872 PDK-4 Abb. 9: Agarose Gelelektrophorese. PDK-4 und LPL cDNA-Fragmente nach PCR- Amplifikation. Aus der Auswahl der Primer ergibt sich für PDK-4 eine Fragmentgröße von 482 bp und für LPL von 498 bp. In der PCR wurde cDNA aus Skelettmuskelgewebe (Skm) normothermer Hamster und Herzmuskelgewebe von torpiden und normothermen Hamstern (Herz tor, Herz nor) eingesetzt.

Skm Marker Neg. Kon. Herz tor Herz nor LPL 310 603 872 PDK-4 Abb. 9: Agarose Gelelektrophorese. PDK-4 und LPL cDNA-Fragmente nach PCR- Amplifikation. Aus

Embed Size (px)

Citation preview

Page 1: Skm Marker Neg. Kon. Herz tor Herz nor LPL 310 603 872 PDK-4 Abb. 9: Agarose Gelelektrophorese. PDK-4 und LPL cDNA-Fragmente nach PCR- Amplifikation. Aus

Skm

Skm

Mar

ker

Mar

ker

Neg

. Kon

.

Neg

. K

on.

Her

z to

r

Her

z to

r

Her

z to

r

Her

z to

r

Her

z to

r

Her

z to

r

Her

z no

r

Her

z n o

r

LPL

310

603

872

PDK-4

Abb. 9: Agarose Gelelektrophorese. PDK-4 und LPL cDNA-Fragmente nach PCR-Amplifikation. Aus der Auswahl der Primer ergibt sich für PDK-4 eine Fragmentgröße von 482 bp und für LPL von 498 bp. In der PCR wurde cDNA aus Skelettmuskelgewebe (Skm) normothermer Hamster und Herzmuskelgewebe von torpiden und normothermen Hamstern (Herz tor, Herz nor) eingesetzt.

Page 2: Skm Marker Neg. Kon. Herz tor Herz nor LPL 310 603 872 PDK-4 Abb. 9: Agarose Gelelektrophorese. PDK-4 und LPL cDNA-Fragmente nach PCR- Amplifikation. Aus

normotherm torpid

Rat

io P

DK

-4 /

Act

in m

RN

A

0.0

0.1

0.2

0.3

0.4

0.5

0.6

0.7

0.8

0.9

1.0

Abb. 11: Densitometrische Auswertung der Autoradiographien aus Abb. 10. Die dargestellten Mittelwerte ergeben sich aus den Verhältnissen zwischen den PDK-4 und den jeweiligen Actin Signalstärken (SEM). RNA aus normothermen Gewebe (N): 0,45 0,06 (n = 7). RNA aus torpidem Gewebe (T): 0,57 0,13 (n = 5). T-Test für nicht verbundenen Stichproben: p= 0,38.

a

b

c

Abb. 10: a,b: Autoradiographien eines Northernblots mit 20 µg Herz-RNA nach Hybridisierung mit PDK-4 und Actin cDNA-Sonden. N: RNA aus Herzmuskelgewebe normothermer Hamster. T: RNA aus Herzmuskelgewebe torpider Hamster. c: Photo des denaturierenden Northerngels vor dem Transfer der RNA auf die Nylonmembran.

PDK-4

Actin

Probe # 1

T

2

N

3

N

4

N

5

N

12

N

11

T

10

T

9

N

8

N

7

T

6

T

28S rRNA

18S rRNA

N/T

Page 3: Skm Marker Neg. Kon. Herz tor Herz nor LPL 310 603 872 PDK-4 Abb. 9: Agarose Gelelektrophorese. PDK-4 und LPL cDNA-Fragmente nach PCR- Amplifikation. Aus

Langtag Kurztag

Rat

io P

DK

-4 m

RN

A /

28S

rRN

A

0.00.20.40.60.81.01.21.41.61.82.02.22.42.62.83.0

Abb. 13: Densitometrische Auswertung der Autoradiographien aus Abb. 12. Die dargestellten Mittelwerte ergeben sich aus den Verhältnissen zwischen den PDK-4 und den jeweiligen 28S rRNA Signalstärken (SEM). Herz-RNA von Langtag-Hamstern: 1,6 0,44 (n = 11). Herz-RNA von torpiden und normothermen Kurztag-Hamstern: 1,98 0,79 (n = 11). T-Test für nicht verbundene Stichproben: p= 0,89.

Abb. 12: Obere Abbildung: Autoradiographie eines Northernblots mit 20 µg Herz-RNA pro Bahn von Langtag- und Kurztag-akklimatisierten Hamstern nach Hybridisierung mit der PDK-4 Sonde. Untere Abbildung: Photo des dazugehörigen Northerngels vor dem Transfer der RNA auf die Nylonmembran.

Proben# 1 2 3 4 5 76 4

N

5

N

6

T

7

T

8

N

10

T

9

N

8 9 10 11 1

T

3

N

2

N

11

TN/TLangtag Kurztag

PDK-4

28S rRNA 18S rRNA

Page 4: Skm Marker Neg. Kon. Herz tor Herz nor LPL 310 603 872 PDK-4 Abb. 9: Agarose Gelelektrophorese. PDK-4 und LPL cDNA-Fragmente nach PCR- Amplifikation. Aus

Abb. 14 : Für die Klonierung differentieller Sequenzen ausgeschnittene Banden. N-DP2: Zweites Differenzprodukt der Analyse mit normotherm-cDNA als Tester. T-DP2: Zweites Differenzprodukt der Analyse mit torpid-cDNA als Tester.

300

400

500

200

Marker

T3

T2

T1

T4

T-DP2

N2

N3

N1

N-DP2

Page 5: Skm Marker Neg. Kon. Herz tor Herz nor LPL 310 603 872 PDK-4 Abb. 9: Agarose Gelelektrophorese. PDK-4 und LPL cDNA-Fragmente nach PCR- Amplifikation. Aus

AMP DP 1 DP2

dens

itom

etris

che

Inte

nsitä

t

0

5000

10000

15000

20000

25000

30000

35000

N: NormothermT: Torpid

Abb. 16: Densitometrische Auswertung der Autoradiographie des Southernblots aus Abb. 15. Die Anreicherung des im N-Amplicon in höherer Konzentration vorhandenen N2/9 cDNA ist als Zunahme der Signalintensitäten nach densitometrischer Messung dargestellt.

Abb. 15: Autoradiographie eines Southernblots nach Hybridisierung mit cDNA des Klons N2/9. Die N2/9 cDNA wurde aus dem zweiten Normotherm-Differenzprodukt (N-DP 2) isoliert. Der Unterschied in der Konzentration der N2/9 cDNA in den Amplicons (AMP) für Normothermie und Torpor (N, T) führte zu einer Anreicherung der Sequenz im ersten und zweiten N-Differenzprodukt (DP1, DP2).

N T N T N T

AMP DP2DP1

Page 6: Skm Marker Neg. Kon. Herz tor Herz nor LPL 310 603 872 PDK-4 Abb. 9: Agarose Gelelektrophorese. PDK-4 und LPL cDNA-Fragmente nach PCR- Amplifikation. Aus

AMP DP 1 DP2

dens

itom

etris

che

Inte

nsitä

t

0

2000

4000

6000

8000

10000

12000 N: NormothermT: Torpid

N T

AMP

N T

DP2

N T

DP1

Abb. 17: Autoradiographie eines Southernblots nach Hybridisierung mit cDNA des Klons T2/6. Die T2/6 cDNA wurde aus dem zweiten Torpid-Differenzprodukt (T-DP 2) isoliert. Der Unterschied in der Konzentration der T2/6 cDNA in den Amplicons (AMP) für Normothermie und Torpor (N, T) führte zu einer Anreicherung der Sequenz im ersten und zweiten T-Differenzprodukt (DP1, DP2).

Abb. 18: Densitometrische Auswertung der Autoradiographie des Southernblots aus Abb. 17. Klon T2/6 war im T-Amplicon etwa 50% stärker repräsentiert. Eine deutliche Anreicherung erfolgte im zweiten T-Differenzprodukt.

Page 7: Skm Marker Neg. Kon. Herz tor Herz nor LPL 310 603 872 PDK-4 Abb. 9: Agarose Gelelektrophorese. PDK-4 und LPL cDNA-Fragmente nach PCR- Amplifikation. Aus

N

T

T4/6 T2/6 N3/11

Abb. 19: Mittels Phosphor Imager Screen detektierte Dotblot-Signale. Obere Reihe: Nach Hybridisierung mit dem radioaktiv markierten Amplicon der normotherm-cDNA. Untere Reihe: Nach Hybridisierung mit dem radioktiv markiertem Amplicon der torpid-cDNA. Klon T4/6: Signal 20% intensiver nach Hybridisierung mit den T-Amplicon. Klon T2/6: Signal 40% intensiver nach Hybridisierung mit dem T-Amplicon. Klon N3/11: Ausschließlich nach Hybridisierung mit dem N-Amplicon detektierbar.

Page 8: Skm Marker Neg. Kon. Herz tor Herz nor LPL 310 603 872 PDK-4 Abb. 9: Agarose Gelelektrophorese. PDK-4 und LPL cDNA-Fragmente nach PCR- Amplifikation. Aus

normotherm torpid

Rat

io T

3/4

mR

NA

/ 28

S rR

NA

0.0

0.2

0.4

0.6

0.8

1.0

1.2

1.4

1.6

1.8

2.0

Abb. 21: Densitometrische Auswertung der Autoradiographie des Northernblots nach Hybridisierung mit der Sonde des Klons T3/4. Die dargestellten Mittelwerte ergeben sich aus den Verhältnissen zwischen den T3/4 und den jeweiligen 28S rRNA (Gelphoto) Signalstärken (SEM). Normotherm: 1,36 0,41 (n=7). Torpid: 1,4 0,14 (n=5). T-Test für nicht verbundene Stichproben: p=0,39.

Abb. 20: a,b: Autoradiographien eines Northernblots mit 30 µg Herz-RNA von torpiden (T) und normothermen Hamstern (N) nach Hybridisierung mit der Sonde des Klons T3/4 und Actin. c: Photo des denaturierenden Northerngels vor dem Transfer der RNA auf die Nylonmembran.

a

b

c

Probe # 1

T

2

N

3

N

4

N

5

N

12

N

11

T

10

T

9

N

8

N

7

T

6

T

Actin

18S rRNA

28S rRNA

T3/4

N/T

Page 9: Skm Marker Neg. Kon. Herz tor Herz nor LPL 310 603 872 PDK-4 Abb. 9: Agarose Gelelektrophorese. PDK-4 und LPL cDNA-Fragmente nach PCR- Amplifikation. Aus

normotherm torpid

T2-6

mR

NA

/ 28

S rR

NA

0.0

0.2

0.4

0.6

0.8

1.0

1.2

1.4

1.6

1.8

2.0*

Abb. 23: Densitometrische Auswertung der Autoradiographie des Northernblots nach Hybridisierung mit der Sonde des Klons T2/6. Die dargestellten Mittelwerte ergeben sich aus den Verhältnissen zwischen den T2/6 und den jeweiligen 28S rRNA (Gelphoto) Signalstärken (SEM). Normotherm: 1,33 0,02 (n=7). Torpid: 1,8 0,11 (n=5). T-Test für nicht verbundene Stichproben: p=0,0142.

Abb. 22: a,b: Autoradiographien eines Northernblots mit 30 µg Herz-RNA von torpiden (T) und normothermen Hamstern (N) nach Hybridisierung mit der Sonde des Klons T2/6 und Actin. c: Photo des denaturierenden Northerngels vor Transfer der RNA auf die Nylonmembran.

T2/6

Probe # 1

T

2

N

3

N

4

N

5

N

12

N

11

T

10

T

9

N

8

N

7

T

6

T

Actin

18S rRNA

28S rRNA

a

b

c

N/T

Page 10: Skm Marker Neg. Kon. Herz tor Herz nor LPL 310 603 872 PDK-4 Abb. 9: Agarose Gelelektrophorese. PDK-4 und LPL cDNA-Fragmente nach PCR- Amplifikation. Aus

Abb. : 20 µg Herz-RNA Hybrid. mit N2/9

Probe # 1

T

2

N

3

N

4

N

5

N

12

N

11

T

10

T

9

N

8

N

7

T

6

T

N2/9

Page 11: Skm Marker Neg. Kon. Herz tor Herz nor LPL 310 603 872 PDK-4 Abb. 9: Agarose Gelelektrophorese. PDK-4 und LPL cDNA-Fragmente nach PCR- Amplifikation. Aus

normotherm torpid

Rat

io P

DK

-4 m

RN

A /

28S

rRN

A

0.00.10.20.30.40.50.60.70.80.91.01.11.21.31.41.5

Abb. 11: Densitometrische Auswertung der Autoradiographie aus Abb. 10. Die dargestellten Mittelwerte ergeben sich aus den Verhältnissen zwischen den PDK-4 Signalstärken auf der Autoradiographie und den jeweiligen 28S rRNA Signalstärken des Gelphotos (+/- SEM). RNA aus normothermen Gewebe (N): 0,78 +/- 0,09 (n = 7). RNA aus torpidem Gewebe (T): 0,94 +/- 0,13 (n = 5). T-Test für nicht verbundenen Stichproben: p= 0,304.

Abb. 10: Autoradiographie eines Northernblots mit 20 µg Herz-RNA nach Hybridisierung mit PDK-4 und Actin cDNA. N: RNA aus Herzmuskelgewebe normothermer Hamster . T: RNA aus Herzmuskelgewebe aus Gewebe torpider Hamster.

PDK-4

Actin

Probe # 1

T

2

N

3

N

4

N

5

N

12

N

11

T

10

T

9

N

8

N

7

T

6

T

28S rRNA

18S rRNA

a

b

c

Page 12: Skm Marker Neg. Kon. Herz tor Herz nor LPL 310 603 872 PDK-4 Abb. 9: Agarose Gelelektrophorese. PDK-4 und LPL cDNA-Fragmente nach PCR- Amplifikation. Aus

Langtag Kurztag

Rat

io P

DK

-4 m

RN

A /

28S

rRN

A

0.0

0.2

0.4

0.6

0.8

1.0

Proben # 1 2 3 4 5 76 4

N

5

N

6

T

7

T

8

N

10

T

9

N

8 9 10 11 1

T

3

N

2

N

11

TN/T

Langtag Kurztag

Abb. 12: Autradiographien eines Northernblots mit 20 µg Herz-RNA pro Bahn von Langtag- und Kurztag-akklimatisierten Hamstern nach Hybridisierung mit der PDK-4 Sonde und 28S rRNA Sonde.

PDK-4

28S rRNA

Abb. 13: Densitometrische Auswertung der Autoradiographien aus Abb. 12. Die dargestellten Mittelwerte ergeben sich aus den Verhältnissen zwischen den PDK-4 und den jeweiligen 28S rRNA Signalstärken (+/- SEM). Herz-RNA von Langtag-Hamstern: 0,38 +/- 0,01 (n = 11). Herz-RNA von torpiden und normothermen Kurztag-Hamstern: 0,39 +/- 0,1 (n = 11). T-Test für nicht verbundenen Stichproben: p= 0,84.