PubMed
Eine Einführung in die Recherche mit PubMed
© Steinrisser-Allex Gregor H. 2019
Bibliothek der Medizinischen Universität Graz
A-8010 Graz, Stiftingtalstraße 24Tel. ++43 316 385-73050, Fax -73059
Email: [email protected]: https://bibliothek.medunigraz.at
2
Inhaltsverzeichnis
1. Was ist PubMed ............................................................................................................................... 3
2. MyNCBI ............................................................................................................................................ 4
2.1. Was ist MyNCBI ........................................................................................................................... 4
2.2. Anlegen eines MyNCBI Accounts ................................................................................................ 4
3. Spezifizierung und Verknüpfung von Recherchen .......................................................................... 7
3.1. Suchregeln in PubMed ................................................................................................................ 7
3.2. Boolesche Operatoren................................................................................................................. 8
4. Recherche in PubMed ................................................................................................................... 10
4.1. Einfache Suche in PubMed ........................................................................................................ 10
4.1.1. Automatic Term Mapping ..................................................................................................... 10
4.2. Ansichten und Funktionen ........................................................................................................ 13
4.3. Limitieren eines Suchergebnisses.............................................................................................. 14
4.4. Speichern einer Suche in MyNCBI ............................................................................................. 15
4.5. Teilen eines Suchergebnisses .................................................................................................... 16
4.6. Speichern für ein Literaturverwaltungsprogramm ................................................................... 19
4.7. Volltexte über PubMed lesen .................................................................................................... 19
4.8. Search Tags ................................................................................................................................ 21
5. Advanced Search ........................................................................................................................... 22
5.1. Allgemeines zur Advanced Search ............................................................................................. 22
5.2. Suchen in der Advanced Search ................................................................................................ 22
5.3. Weitere Funktionen der Advanced Search................................................................................ 25
6. MeSH Database ............................................................................................................................. 26
6.1. Allgemeines zu MeSH ................................................................................................................ 26
6.2. Recherche in der MeSH Database ............................................................................................. 29
7. Weitere nützliche PubMed Tools .................................................................................................. 31
7.1. Single Citation Matcher ............................................................................................................. 31
7.2. Clinical Queries .......................................................................................................................... 32
8. Tipps bei zu vielen Treffern ........................................................................................................... 33
9. Tipps bei zu wenigen Treffern ....................................................................................................... 33
3
1. Was ist PubMed
PubMed (Public Medline) ist der direkte und kostenfreie Zugang zur NLM Medline-
Datenbank. PubMed enthält Nachweise, die auch noch keinen MeSH haben
(in process citation), OldMedline-Daten (auch ohne MeSH) und außerdem noch
Nachweise von nicht in Medline indexierten Journalen, die außerhalb des
Anwendungsbereiches der Medline Themen liegen. Dies sind vor allem allgemeine
Wissenschaft und allgemeine Chemie. Auch sind Nachweise aus PubMed Central,
BioMedCentral und anderen Open Access Anbietern wie z.B. German Medical
Science (in PubMed Central indexiert) in PubMed indexiert, aber oftmals nicht in
Medline.
Auch kann in PubMed mit Hilfe der MeSH (Medical Subject Headings) recherchiert
werden. Sobald ein Zitat durch die NLM in Medline mittles MeSH indexiert wurde, ist
es auch über den zugewiesenen MeSH auffindbar. In der Regel werden etwa
mehrere MeSH pro Artikel vergeben. Die Zuordnung der MeSH erfolgt nicht
automatisch, sondern durch Fachpersonal. Deswegen gibt es eine zeitliche
Verzögerung zwischen Veröffentlichung eines Artikels und dem vollständigen
Nachweis mit MeSH in Medline. In PubMed werden solche Nachweise als
„In-Process Citation“ gekennzeichnet.
Nicht alle Nachweise in PubMed stammen aus Medline. Einige werden von den
Verlagen selbst erstellt und sind vorerst als „as supplied by publisher“
gekennzeichnet. Diese Nachweise erhalten aber im Laufe der Zeit den Status „in
process citation“ und werden am Ende, nach Überprüfung und Bearbeitung durch
Medline Fachpersonal den Status „indexed in Medline“ erhalten.
Alle anderen Nachweise werden als „Pubmed“ gekennzeichnet und sind vor allem
Nachweise, die noch nicht in Medline indexiert werden.
as supplied by publisher in process citation indexed in Medline
4
2. MyNCBI
2.1.Was ist MyNCBI
Mit MyNCBI ist es möglich einzelne Nachweise oder eine gesamte Suche über einen
längeren Zeitraum zu speichern. Auch ist es möglich, dass man sich für eine
durchgeführte Recherche Alerts (per E-Mail) anlegt, um über aktuelle Artikel
informiert zu werden.
Auch ist es möglich, dass man eigene Filter für die PubMed Suchoberfläche anlegt
und kann einen Zugriff auf seine Suchergebnisse für KollegInnen ermöglichen.
2.2.Anlegen eines MyNCBI Accounts
Sollte es nicht möglich sein einen MYNCBI Account über den PubMed Link der
Homepage der Bibliothek der MUG anzulegen, gehen Sie bitte über folgenden Link
zu Pubmed (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/) und legen dort einen MyNCBI
Account an. Es sei aber darauf hingewiesen, dass der Ovid LinkSolver mit den Links
zu den lizenzierten Volltexten nur dann funktioniert, wenn man PubMed über den
Link auf der Homepage der Bibliothek der MUG ansteuert.
5
Für Alerts ist es notwendig seine Email Adresse anzugeben.
6
Für individuelle Filter in PubMed
Die gewünschten Filter nacheinander auswählen.
Zurück zum MyNCBI Menu
Zusätzliche Einstellungen
7
3. Spezifizierung und Verknüpfung von Recherchen
3.1.Suchregeln in PubMed
Während einer Recherche ist es oft notwendig, seine Suchbegriffe miteinander zu
verknüpfen oder weiter zu spezifizieren. Um den Nutzer bei dieser Aufgabe zu
unterstützen, gibt es in Katalogen, Datenbanken und den Suchdiensten im Internet
Suchregeln. Einige Suchregeln sind von Suchoberfläche zu Suchoberfläche
verschieden. Ein Beispiel dafür sind Trunkierungen (Platzhalter) und Wild Cards.
Diese Suchregeln werden dazu verwendet, um Wörter automatisch zu
vervollständigen oder verschiedene Schreibweisen mit nur einer einzelnen Suche
abzudecken. In PubMed ist die Trunkierung * üblich.
Beispiel: die Suche mit nurs* ergibt nurse, nurses, nursing usw.
Zu beachten ist dabei, dass PubMed nur die ersten 600 Variationen hinter dem *berücksichtigt. Das kann dazu führen, dass eine Recherche mit Trunkierung zu
weniger Treffer führen kann, als eine Recherche ohne *. Als Beispiel sei hier der
Suchbegriff therap* genannt. Bei solch einer durchgeführten Suche, wird wie
beschrieben nach der 600sten Variation die Suche abgebrochen. Das Problem
hierbei ist aber, dass eben auf Grund dessen das Wort therapy nicht in die Suche
mit eingeschlossen wurde. Es kann daraus aber nicht geschlossen werden, dass
dies bei allen Suchbegriffen so geschieht und mit einem Suchbegriff alleine alle
Nachweise erfasst würden. Die größte Anzahl an Nachweisen würde man bei diesem
Beispiel mit der Kombination beider Suchbegriffe therap* OR therapy finden.
Eine weitere Möglichkeit eine Suche zu spezifizieren, ist die Phrasensuche. Setzt
man mehrere oder einen kompletten Satz unter Anführungszeichen („text“), dann
wird eine Suche nach der genauen Wortfolge durchgeführt. Deswegen dürfen in
einer Phrasensuche keine Trunkierungen, Wild Cards oder Boolesche Operatoren
verwendet werden. Diese Suchvariante funktioniert in PubMed nur, wenn maximal
zwei Wörter als Phrase definiert sind. Bei mehr als zwei Wörtern wird der
Phrasenindex durchsucht und wenn dort keine Übereinstimmung gefunden wird,
dann wird die Phrase aufgeteilt und PubMed führt eine Suche nach den Regeln des
Automatic Term Mapping durch.
8
Umlaute wie ä, ö, ü können von PubMed interpretiert werden und werden
automatisch durch a, o, u ersetzt.
3.2.Boolesche Operatoren
Am bekanntesten sind die Booleschen Operatoren AND, OR, NOT. Mit Hilfe dieser
Operatoren kann man Recherchen eingrenzen oder ausweiten. In PubMed wird der
Operator AND automatisch zwischen zwei Suchbegriffen gesetzt.
ANDMit der Verknüpfung AND kann eine Querschnittsumme zweier Begriffe
(A, B) erreicht werden. Damit können nur Nachweise gefunden werden, die sowohlA als auch B beinhalten.
Beispiel: cancer AND breast
ORMit der Verknüpfung OR kann ein Suchergebnis vergrößert werden, da sowohl
Nachweise gefunden werden, die die Begriffe A oder B oder beide beinhalten.
Beispiel: cancer OR neoplasm OR tumor
AAND
BA B
A OR B
A B
9
NOTMit NOT kann man einzelne Begriffe von einer Suche ausschließen.
Es werden damit aber Nachweise nicht angezeigt, die auch den Suchbegriff A
enthalten können („A AND B“ wird nicht angezeigt).
Beispiel: cancer NOT therapy
KombinationMan kann auch mehrere Operatoren selbst miteinander kombinieren.
Katalogen und Datenbanken haben dafür eigene Verknüpfungsfunktionen, mit
welchen man schnell und einfach eine solche Operation durchführen kann.
Beispiel: (Prophylaxe OR Therapie) AND Dekubitus
Mit dieser Recherche bekomme ich alle Nachweise, in denen mindestens einer der
beiden Begriffe „Prophylaxe“ oder „Therapie“ und in jedem Fall der Begriff
„Dekubitus“ enthalten ist.
A NOT B
A B
Prophylaxe Therapie
Dekubitus
10
4. Recherche in PubMed
4.1.Einfache Suche in PubMed
4.1.1. Automatic Term Mapping
PubMed führt in der Freitextsuche eine Analyse des Suchbegriffes im Hintergrund
durch. In dieser Analyse überprüft PubMed auch die existierenden MeSH-Terms
(Schlagwörter) auf ihre Relevanz für die Suche und bezieht diese bei
Übereinstimmung automatisch mit in die Suche ein. Dieses „Automatic Term
Mapping“ verläuft nach vorgegebenen Regeln und muss nicht immer zuverlässig
sein. Deswegen sollten unter dem Menüpunkt „Search Detail“ immer die
Suchbegriffe, die PubMed automatisch verwendet, angesehen werden.
Eingabe der Suchbegriffe in das Suchfeld. PubMed erkennt in der Regel von selbst, ob es sich um einen Autor, Titel, etc. handelt. Ansonsten gelten die Operatoren welche beschrieben wurden.
11
Bei der Verwendung von mehreren Suchbegriffen und/oder Suchoperatoren gibt es
beim Automatic Term Mapping folgende Regeln zu beachten.
Sobald zwei oder mehr Suchbegriffe in das Suchfeld eingegeben werden, sucht
PubMed zuerst die gesamte Phrase im Schlagwortindex, Autorenindex, Journalindex
usw. durch. Findet PubMed eine Übereinstimmung zum Beispiel im Schlagwortindex,
wird auf eine weitere Suche in anderen Indices verzichtet. Erst wenn in keinem Index
eine Übereinstimmung gefunden wurde, wird die Phrase zerlegt und der Vorgang
beginnt neuerlich.
Parallel dazu wird immer eine Suche nach den einzelnen eingeben Suchbegriffen
durchgeführt und zwar in allen Feldern (Titel, Autorennamen, Abstract, Institutionen,
Journalname, Schlagörter usw.).
Danach wird die Summe beider Suchen zusammengefasst und als Ergebnis in
PubMed angezeigt.
Bei dieser Suche nach „decubitus“ hat PubMed automatisch den MeSH „pressure ulcer“ in die Suche mit eingeschlossen, als auch „pressure ulcer“ im Titel und im Abstract gesucht.
12
Dieses Automatic Term Mapping kann aber nur funktionieren, wenn keine
Operatoren oder Trunkierungen in der Suche verwendet werden. Jeder Boolesche
Operator oder das setzen eines * zerlegt die Phrase und die Suche vollzieht sich
nach anderen Parametern.
Als Beispiel sei hier die einfache Suche nach temporomandibular disorderdargestellt.
Erste Suche nach: temporomandibular disorderErgebnis: +14.000 Treffer
Search Details: "temporomandibular joint disorders"[MeSH Terms] OR
("temporomandibular"[All Fields] AND "joint"[All Fields] AND "disorders"[All Fields])
OR "temporomandibular joint disorders"[All Fields] OR ("temporomandibular"[All
Fields] AND "disorder"[All Fields]) OR "temporomandibular disorder"[All Fields]
Es wird in den Search Details ersichtlich, dass PubMed nicht nur die beiden
Suchbegriffe alleine durchsucht hat, sondern auch temporomandibular joint
disorders"[MeSH Terms=Schlagwort] in die Suche eingeschlossen hat. Zusätzlich
wurden alle Suchbegriffe plus die neuen Begriffe (joint und disorders) einer
Textwortsuche unterzogen.
Zweite Suche nach: temporomandibular AND disorderErgebnis: +3200 Treffer
Search Details: temporomandibular[All Fields] AND ("disease"[MeSH Terms] OR
"disease"[All Fields] OR "disorder"[All Fields])
Zum Unterschied zur ersten Suche wird keine Suche mehr nach temporomandibular
joint disorders durchgefüht, weil der Operator AND eingefügt wurde und die Phrase
temporomandibular disorder unterbrochen wurde. Stattdessen wird mit jedem
Suchbegriff einzeln ein Automatic Term Mapping durchgeführt. Aus diesem Grund
wird für disorder das Schlagwort disease gefunden und der Suche hinzugefügt, als
Schlagwort (MeSH) als auch als Texwort (All Fields) und erhalte dadurch ein anderes
Ergebnis.
13
Dritte Suche nach: temporomandibular* disorder*Ergebnis: +11.000 Treffer
Search Details: temporomandibular[All Fields] OR temporomandibular/cervical[All
Fields] OR temporomandibular/facial[All Fields] OR temporomandibulara[All Fields]
OR temporomandibularana[All Fields] OR usw…
Es wird für beide Suchbegriffe jede Wortvariation hinter dem Sternchen durchsucht
und im Ergebnis angezeigt. Es wird aber kein Automatic Term Mapping mehr
durchgeführt, weil mit dem Sternchen diese Funktion für diese Wörter deaktiviert
wurde.
4.2.Ansichten und Funktionen
Das Gesamtergebnis, oder durch anklicken der Kästchen vor dem Zitat, das Suchergebnis speichern oder per Email versenden.
Filterleiste in PubMed
Mit „Display Settings“ Anzeigeformat für die gesamte oder eine ausgewählte Suche ändern, z.B. dass das Ergebnis auch etwaige Abstracts mit anzeigen soll.
14
4.3.Limitieren eines Suchergebnisses
In PubMed kann eine Recherchen nach einer Suche über Limits weiter eingrenzt
werden. Dafür müssen im Suchfeld der Suchbegriff oder die Suchbegriffe die man
kombiniert hat stehen, da ansonsten nichts limitiert wird.
Wichtig ist, dass innerhalb eines Filters immer mit OR verknüpft wird und zwischen
zwei Filtern immer mit AND. D.h. zwischen Article Type und Species z.B. wird immer
mit AND verknüpft. Wird eine alternative Verknüpfung gewünscht kann dies nur über
zwei eigenständige Suchen und Verknüpfung beider Suchen geschehen. Auch wäre
eine nachträgliche Änderung über die Funktion der Search Details möglich.
15
4.4.Speichern einer Suche in MyNCBI
Im Ergebnis sind die gesetzten Limits ersichtlich. Und solange die Limits nicht gelöscht oder verändert werden, sind bei jeder neuen Suche die vorher gesetzten Limits wieder in Verwendung.
16
4.5.Teilen eines Suchergebnisses
Für einen Email Alert muss eine EmailAdresse eingeben sein und man kann dann einstellen wie häufig man benachrichtigt werden möchte. Es werden nur die neuesten Nachweise geschickt.
17
Diese URL kann per Email an jeden verschickt werden, um damit direkt auf die freigegebene Collection zugreifen zu können.
Neue Collection erstellen oder eine existierende Collection auswählen.
18
Diese Collection ist freigegeben
19
4.6.Speichern für ein Literaturverwaltungsprogramm
4.7.Volltexte über PubMed lesen
Dafür muss immer das Gesamtergebnis oder der einzelne Treffer in der
Abstract-Ansicht angezeigt werden.
Kann damit alle oder ausgewählte Zitate mit dem Abstract (wenn vorhanden) anzeigen.
20
Link zum Volltext des Verlages.
21
4.8.Search Tags
In PubMed gibt es Search Tags mit denen es möglich ist, PubMed bereits im
Suchfeld anzuzeigen, auf welche Bereiche sich die Suche (nur Titel, nur Autor usw.)
beschränken soll. Solche Search Tags werden den Suchbegriffen immer in […]
angefügt. Es gibt eine Fülle von Tags, hier seien nur die wichtigsten genannt:
[1AU] – Suche nach dem ersten Autor
[AU] – Suche nach dem Autor
[Journal] – Suche nach Titel des Journals
[LASTAU] – Suche nach dem Letztautor
[NM] – Suche nach einer Substanz die im Artikel diskutiert wird
[TI] – Suche nach Titelwort
[TIAB] – Suche nach dem Suchbegriff nur im Titel und im Abstract
[TT] – Suche nach dem Titelwort im Originaltitel
der Originaltitel eines z.B. deutschsprachigen Artikels ist in PubMed im
Hintergrund hinterlegt, aber im Zitat selbst nicht ersichtlich. Nur über diesen
Tag ist es möglich z.B. mit deutschen Suchbegriffen in PubMed zu
recherchieren. Aber im Ergebnis sind selbstverständlich nur deutschsprachige
Artikel nachgewiesen, aber in PubMed immer mit dem übersetzten Titel und
Abstract in Englisch.
22
5. Advanced Search
5.1.Allgemeines zur Advanced Search
Mit der Advanced Search ist es möglich über die Search History seine Suchen
miteinander zu kombinieren und zuvor gesuchte Recherchen später noch in MyNCBI
abzuspeichern. Auch ist es sinnvoll komplizierte Suchstrategien in der Advanced
Search durchzuführen.
5.2.Suchen in der Advanced Search
Für folgende Fragestellung sollen mittels der Advanced Search in PubMed
Nachweise gefunden werden:
How does enbrel compare with remicade in the treatment of rheumatoid arthtritis in children?
Es empfiehlt sich immer komplexe Fragestellungen zu zerlegen. Für jeden
Suchbegriff sollten Synonyme gesucht werden, welche in die Recherche mit
einfließen sollten. Dies hat den Grund, dass für ein und dieselbe Sache oftmals
verschiedene Begriffe verwendet werden und im Titel und im Abstract eines Artikel
auch immer nur einer Verwendung finden wird. Um nun alle verschiedenen Begriffe
mittels einer Recherche zu finden, ist es notwendig, möglichst viele Synonyme für
einen Begriff in seine Recherche einzubauen.
Es gibt viele Möglichkeiten und Systeme Suchbegriffe zu zerlegen. Dies hängt auch
immer von der Fragestellung ab.
23
Für dieses Beispiel wird die Fragestellung nach dem PICO System zerlegt.
PICO steht für:
P – PATIENT or POPULATION
beschreibt die wichtigsten Charakteristika des Patienten, der Gruppe
I – INTERVENTION; PROGNOSTIC FACTOR; EXPOSURE
beschreibt die Intervention (Medikamente, Diagnose, Therapie, Test…)
C – COMPARISON
beschreibt die Alternative zu I (Placebo, andere Therapie, anderes
Medikament, Gold Standard…)
O – OUTCOME
beschreibt das Ergebnis, oder was mit dieser Behandlung bezweckt werden
soll (geringere Sterblichkeit usw.)
Es müssen nicht zwangsläufig alle vier Punkte ausgefüllt sein. Es kann auch möglich
sein, dass nur zwei oder drei Kategorien notwendig sind. Dies hängt auch stark von
der Fragestellung ab. Auch kann es sein, dass zwar alle vier Kategorien ausgefüllt
sind, aber auf Grund einer zu geringen Trefferanzahl, eine/zwei Kategorien zu viel
sind.
Für die anfangs genannte Fragestellung kann folgende Unterteilung gemacht werden
(diese Aufteilung hat keinen Anspruch auf Vollständigkeit):
P – juvenile rheumatoid arthritis OR juvenile idiopathic arthritis OR pediatric rheumatology OR juvenile-Onset Still* Disease OR Juvenile Chronic Arthritis
I – enbrel OR TNTR-Fc OR etanercept
C – remicade OR infliximab OR MAb cA2
O – treatment* OR therapy OR therap*
Wichtig ist, dass innerhalb einer Kategorie in der Regel der Operator OR verwendet
wird, um die Gesamtheit aller Begriffe zu erhalten. Zwischen den Kategorien wird in
der Regel mit AND verbunden. Dies sind aber keine Gesetzmäßigkeiten und die
richtigen Operatoren sind immer verknüpft mit der Fragestellung an sich.
AND
24
Der nächste Schritt ist mit allen Suchbegriffen einer Kategorie eine Recherche
durchführen und dann die einzelnen Recherchen miteinander kombinieren.
Diesen Vorgang nun für jede Kategorie wiederholen. Danach sollten in der Search
History alle vier Suchen enthalten sein.
Jetzt müssen alle vier Suchen mit AND verknüpft werden. Dafür die „Add“-Funktion in
der History verwenden. Damit werden automatisch die Suchen in das Suchfeld
gesendet und der Operator AND ausgewählt.
Mit „Add to history“ bleibt man in der Advanced Search und kommt nicht direkt zum Ergebnis. Dies ist dann zu empfehlen, wenn mehrere Suchen miteinander kombiniert werden sollen.
25
5.3.Weitere Funktionen der Advanced Search
Wenn mit der linken Maustaste auf die Nummer der Suche geklickt wird, dann ist es
über das Kontextmenu auch möglich Suchen miteinander zu verknüpfen, indem die
Suche mit dem gewünschten Operator in das Suchfeld geschickt wird. Auch ist es
möglich eine Suche direkt zu löschen oder sich das Suchergebnis anzeigen zu
lassen. Und des Weiteren ist es möglich sich für die Suche die Search Details
anzeigen zu lassen oder die Suche in MyNCBI zu speichern und sich dafür einen
Alert per E-Mail zu setzen.
Um sich das Ergebnis einer Suche anzeigen zu lassen, braucht man nur in der
Spalte „Items Found“ auf die Zahl der Treffer klicken.
Die Suchen in der History bleiben bis zu 8 Stunden auf dem PC gespeichert, auf dem
sie gemacht wurden. Danach werden diese automatisch gelöscht.
Suchen die im MyNCBI Konto gespeichert werden, bleiben für immer erhalten.
26
6. MeSH Database
6.1.Allgemeines zu MeSH
Der in Medline integrierte Thesaurus soll die Recherche nach spezifischen
medizinischen Themen erleichtern. Dadurch, dass die Schlagwörter hierarchisch
miteinander verbunden sind und nicht nur alphabetisch, kann eine Recherche
präziser und vollständiger durchgeführt werden. MeSH/Medical Subject Headings
sind Oberbegriffe und haben oft Subheadings, welche wiederum eine Spezifizierung
der Suche erlauben. Subheadings sind Ergänzungen der MeSH, welche das Umfeld
beschreiben, in dem die betreffende Forschungsarbeit stattgefunden hat.
Zurzeit gibt es an die 30.000 MeSH und nicht alle sind zur selben Zeit entstanden.
Dadurch können veraltete Begriffe vorkommen. Auch kann es vorkommen, dass für
sehr aktuelle Forschungsfelder noch keine MeSH vergeben worden sind.
In solchen Fällen ist es vorteilhaft, wenn man eine Schlagwortsuche und eine
Freitextsuche miteinander kombiniert. Nur Medline-Datensätze enthalten MeSH.
27
Beispiel zu einem MeSH:
Der Begriff „Ernährungswissenschaft“ hat den MeSH „Nutritional Sciences“.
„Nutritional Sciences“ ist der übergeordnete MeSH für weitere MeSH wie „Animal
Nutrition Sciences“, „Child Nutrition Sciences“ und „Dietetics“. Andererseits ist es ein
untergeordneter MeSH des MeSH „Health Occupations“. Und daneben gibt es
Subheadings für „Nutritional Sciences“.
Subheadings
MeSH-Tree mit allen übergeordneten und untergeordneten
MeSH
Kann mit „Restrict Search to Major Topics headings only” die Suche auf “nutritional science” als Hauptthemabeschränken.
Mit „Do not include…” kann man mögliche untergeordnete MeSH von der Suche ausschließen.
28
Jetzt könnte man alle untergeordneten MeSH in die Suche miteinschließen oder
auch ausschließen, je nachdem wie spezifisch die Recherche sein soll. Zusätzlich
können noch einzelne oder alle Subheadings ausgewählt werden, um so die
Recherche noch genauer zu spezifizieren. Man kann damit die Recherche auf alle
Bereiche der „Nutritional Science“ ausweiten, oder auf einen ganz spezifischen
Bereich wie „Nutritional Sciences und Ethics“ eingrenzen. Weiteres könnte der MeSH
als „Major-Topic-Term“ für die Recherche definiert werden und somit nur noch
Nachweise von Artikeln erhalten, in welchen der MeSH „Nutritional Sciences“ als
Haupt-MeSH vergeben wurde. Diese wenigen „Major-Topic-Terms“ sind im
Suchergebnis mit einem „*“ gekennzeichnet. Mit solch einer Suche können all jene
Artikel aussortiert werden, die zwar „Nutritional Sciences“ als MeSH haben, aber
eben nur als nachgereihten MeSH. Dies führt zu einer Spezifizierung und daher zu
einer Verringerung der Trefferzahl.
MeSH mit * sind Major-Topic für diesen Artikel.
In der Abstract-Ansicht werden vorhandene MeSH-Terms nur angezeigt, wenn der Datensatz in Medline indexiert wurde.
29
6.2.Recherche in der MeSH Database
30
Jede MeSH-Suche ist auch in der Search History in PubMed nachgewiesen und
kann ebenfalls gespeichert, verknüpft mit anderen MeSH-Suchen werden aber auch
mit einer normalen PubMed-Suche kombiniet werden oder wieder gelöscht werden.
Subheadings auswählen.
In den Search Builder verschieben und Operator auswählen und Search PubMed klicken.
31
7. Weitere nützliche PubMed Tools
7.1.Single Citation Matcher
Sollte man über ein unvollständiges Zitat verfügen, dann ist in PubMed der Single
Citation Matcher zu empfehlen. Es werden sogar Resultate damit erzielen, wenn z.B.
nur der Name des Autors und die Seitenanfangszahl des Artikels bekannt sind. Aber
am effizientesten ist es, wenn so viel Information wie möglich verwendet wird.
Als Suchbeispiel dient folgender Artikel:
Storb, Rainer, u.a. Allogenic hematopoietic cell transplantation: from experimental
biology to clinical care. In: Journal of Cancer Research and Clinical Oncology,
131/2005, 1-13.
Eingabe vorhandener Information. Je mehr Information vorhanden, desto eher erhält man den gesuchten Artikel
32
7.2.Clinical Queries
Mit Clinical Queries kann man Suchen zu speziellen klinischen Fragestellungen
durchführen. Im Grunde sind es von Fachleuten entwickelte Limits, die man mit
einem Thema kombinieren kann und dann ein sehr spezifisches Ergebnis bekommt.
Es gibt zu den Kategorien: therapy, diagnosis, prognosis, clinical prediction guides, etiology Suchstrategien, die man mit seiner eigenen Fragestellung kombinieren kann.broad, sensitive search: breit angelegte Suchenarrow, specific search: sehr enge Suche
Dieser Filter dient dazu, systematische Reviews zu einem Thema zu finden.
Mit diesem Filter ist es möglich, Zitate und Abstracts zu Themen der medizinischen Genetik zu erhalten.
33
8. Tipps bei zu vielen Treffern
Um weniger Treffer zu erhalten empfiehlt es sich immer Limitierungen über die Limits
zu setzen. Sind danach immer noch zu viele Treffer vorhanden wäre es möglich
weitere Einschränkungsmöglichkeiten zu nutzen, immer mit dem Risiko einige
relevanten Treffer nicht zu finden, dafür viele irrelevanten Treffer auszuschließen
(hohe Precision)
Spezifischere MeSH Begriffe verwenden anstatt der breiten Ober-
Unterbegriffe
Passende Subheadings auswählen
MeSH Begriffe auf das Hauptthema (Major Topic) beschränken
Unterbegriffe von der Suche ausschließen („do not include…“)
Einschränken auf „human“ (über Limits)
Weitere Limits setzen (Type of Article, Subsets usw.)
9. Tipps bei zu wenigen Treffern
Bei zu wenigen Treffern ist es immer möglich die Suche auszuweiten, aber es ist
immer das Risiko dabei zu beachten, dass es einen höheren Anteil an irrelevanten
Treffern geben kann (hoher Recall)
MeSH Begriffe nicht als Hauptthema (Major Topic) definieren
Ähnliche MeSH Begriffe in die Suche einschließen
Subheadings weglassen
In der Freitextsuche Synonyme verwenden