Graphentheorie SS13 Daniel Gerighausen, Sarah Berkemer · Praktikumsbericht Graphentheorie SS13...

PraktikumsberichtGraphentheorie SS13

Daniel Gerighausen, Sarah Berkemer

Einleitung

● Ziel: Vergleich von Transkriptionsfaktoren, deren Korrelation und Expression

● Methoden:

– 3 Spezies: Mensch, Schimpanse, Rhesusaffe

– 12 Individuen pro Spezies

– Validierung vorheriger Ergebnisse durch Leave-One-Out

– Outlier-Erkennung

Daten

● Expressionslevels von– TFs im Gehirn (270)

– Genen (ca 12.000)

● Spezies– Rhesusaffe, Schimpanse, Mensch

Korrelation

● Spearman-Korrelation zwischen– TF und TF

– TF und Gen

– Werte liegen in (-1,1)

Weighted topological overlap

● Berechnung des wTO fuer jedes TF-Paar– 270 x 270 Matrix

– Werte in (-1,1)–

–

–

–

– = Korrelation von TF i und TF j

– = Korrelation von TF i und Gen u

– = Konnecktivitaet von TF i

aij

aiu

k i

Auswertung

● Leave-One-Out mit je 11 Individuen● Distanzfunktion: LP-Norm ● Mittelwert pro Individuum● Vergleich mittels Heatmap

Heatmap – 6 Individuals

Heatmap – 12 Individuen

Outlier● Erkennung ueber 1,5-facher Interquartilabstand

(Whisker)

● Auswertung mittels R

Histogramme

Darstellung als Graph● TF tritt in mind. 4 Individuen als Outlier auf

– Knoten im Graph● Kein TF kommt mehr als 5 mal vor

Outlier-Graph Mensch

Outlier-Graph Schimpanse

Outlier-Graph Rhesusaffe

Ende