Linux基本コマンド - Genome Sci · 平成25年度情報解析講習会...

平成25年度情報解析講習会

真菌医学研究センター 高橋弘喜 0

千葉大学真菌医学研究センター高橋弘喜

hiroki.takahashi@chiba-u.jp

Linux基本コマンド

CUIとGUI

• ユーザーインターフェイスとは、「コンピュータと人間を結び付けている仕掛け」

– GUI（Graphical User Interface）

• マウス操作、キーボード入力

– CUI（Character User Interface）

• キーボード操作

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カーネル

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アプリケーション

カーネル

CPU メモリ デバイス

カーネル：オペレーティングシステム (OS) の中核となる部分

カーネルとシェル

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カーネル

ファイルリストを表示したい

カーネルとシェル

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カーネル

＄ｌｓ ファイルリストを表示したい

カーネルとシェル

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カーネル

シェル＄ｌｓ ファイルリストを

表示したい

カーネルとシェル

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カーネル

シェル＄ｌｓ ファイルリストを

表示したい

カーネルが分かるように解釈してコマンドを実行

カーネルとシェル

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カーネル

シェル＄ｌｓ ファイルリストを

表示したい

カーネルが分かるように解釈してコマンドを実行

カーネルの処理結果を解釈する

カーネルとシェル

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カーネル

シェル＄ｌｓ ファイルリストを

表示したい

カーネルが分かるように解釈してコマンドを実行

カーネルの処理結果を解釈する

結果を返す

ディレクトリ

• UNIXのディレクトリは階層構造であり、その頂点に位置するディレクトリのことを、「ルートディレクトリ」と呼びます。

• ユーザーが作業するときは、いつもどれか一つのディレクトリ内に増す。作業中のディレクトリを「カレントディレクトリ」と呼びます。

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ディレクトリ

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/

var

etc

usr

home

takahashi backup enshu

manuscript

hiroki backup projectA

NGS

hi-takah backup project data

ディレクトリ

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/

var

etc

usr

home

takahashi backup enshu

manuscript

hiroki backup projectA

NGS

hi-takah backup project data

ルートディレクトリ ホームディレクトリ

絶対パス、相対パス

• “パス”とは、特定のファイルやディレクトリの位置を示す文字列

–絶対パス

/home/takahashi/backup/enshu/test.txt

–相対パス(ホームディレクトリから)

./backup/enshu/test.txt

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端末

• Windows

– Cygwin

• Mac

– ターミナル

• UNIX/Linux

– ターミナル

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基本コマンド

$pwd

/home/hi-takah

$ls

$mkdir enshu

$ls

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基本コマンド

$cd enshu

$pwd

/home/hi-takah/enshu

$mkdir data

$ls

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基本コマンド

$rmdir data

$cd ../

$pwd

$ls

$rmdir enshu真菌医学研究センター 高橋弘喜 16

fastqファイル

• ファイルのコピー

• 行数のカウント

• リード数の確認

• モチーフ配列の検索

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fastqファイル

$ls –lh test.fastq

$less test.fastq

$cp test.fastq test1.fastq

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fastqファイル

$ls –lh

$ls –lh *fastq

$less test.fastq

$wc –l test.fastq

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fastqファイル

$grep AAGCTT test.fastq | wc -l

$awk ‘NR%4==2’ test.fastq | wc –l

$awk ‘NR%4==2’ test.fastq | tr –d “¥n” | wc -c

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vi

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*困ったときは、Escを押す

コマンドモード 編集モード

vi

$vi test.txt

:wq

$ls

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vi

$vi test.txt

“i” 編集モード

AAAAAAA

TTTTTTT

GGGCCAA

“Esc”, :wq真菌医学研究センター 高橋弘喜 23

vi

$less test.txt

$grep AAAA test.txt

$grep AAAA test.txt | wc -l

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