Ulrike Wittig Biologische Datenbanken. Einteilung der Datenbanken Klassifizierung der Datenbanken...

Ulrike Wittig

Biologische Datenbanken

Einteilung der Datenbanken

Klassifizierung der Datenbanken entsprechend des Inhaltes

viele verschiedene sehr spezielle Datenbanken

Verknüpfungen zwischen den meisten Datenbanken

fast ausschließlich in englischer Sprache

Verknüpfung der Datenbanken

Chemische DatenbankenGenomdatenbanken

Literatur-datenbanken

Stoffwechseldatenbanken

Enzymdatenbanken

Proteindatenbanken

Genomdatenbanken

Nukleinsäuresequenzen Komplette Erbinformation eines

Organismus Funktionen der Gene

Genomdatenbanken

GenBank http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

EMBL Database http://www.ebi.ac.uk/embl/index.html

DDBJ - DataBank of Japan http://www.ddbj.nig.ac.jp/

Zwischen diesen drei Datenbanken besteht eine internationale Zusammenarbeit. Jede der drei Datenbanken sammelt weltweit Daten und Änderungen und Neueinträge werden täglich ausgetauscht.

Proteindatenbanken Informationen über Proteine Funktionen und Eigenschaften der

Proteine Proteinsequenzen Struktur der Proteine (Aktive

Zentren, 3D Struktur)

SWISS-PROT http://www.ebi.ac.uk/swissprot/index.html

PDB - Protein Data Bank http://www.rcsb.org/pdb/

SwissProt

Enzymdatenbanken Sequenzen und Eigenschaften von

Proteinen mit enzymatischer Activität

Informationen über Gene, die die Enzyme codieren

Anwesenheit der Enzyme in Stoffwechselwegen

ExPASy–ENZYME http://www.expasy.ch/enzyme/

BRENDA http://www.brenda.uni-koeln.de/

Stoffwechseldatenbanken

graphische Darstellung von Stoffwechselwegen

Eigenschaften von Reaktionspartnern (chemische Verbindungen, Enzyme, Gene)

Beziehungen zwischen Genen, Proteinen/Enzymen und Reaktionen

Stoffwechseldatenbanken

KEGG - Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html

EcoCyc /MetaCyc http://ecocyc.pangeasystems.com/ecocyc/

ExPASy-Biochemical Pathways http://expasy.proteome.org.au/cgi-bin/search-biochem-index

KEGG

Chemische Datenbanken

Eigenschaften von chemischen Verbindungen

Struktur, Molekulargewicht etc.

Beilstein http://www.chemweb.com/databases/beilstein/

ChemFinder http://www.chemfinder.com/

Literaturdatenbanken

Informationen über wissenschaftliche Literatur

Verknüpfung zu den original Zeitschriften

Medline /PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed

SRS (Sequence Retrieval System)

Abfrage von mehreren Datenbanken gleichzeitig möglich

SRS http://srs6.ebi.ac.uk

SRS

BioBrowser

am EML entwickeltes Datenbanksystem zur Analyse und Darstellung von Stoffwechselwegen

Möglichkeit, komplexe Abfragen an die Datenbank zu stellen

BioBrowser