grant: 01IG09006

AP2 – PortalDeliverables und Meilensteine

Sandra GesingEberhard-Karls-Universität Tübingen

Meilensteintreffen in Köln02.05.2011

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Ziel von AP2

• Zentraler Zugang für Benutzer von molekularen Simulationen und Docking Tools

• Zugriff auf Standard-Workflows• Möglichkeit zur Erstellung, Änderung, Aktivierung

und Monitoring von Workflows• Zugriff auf chemische Datenrepositorien• Nutzung von D-Grid Ressourcen

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Teilaufgabe 2.1

• Portaldesign und Userinterface• Partner

- Dresden (3 Monate) - Köln (6 Monate) - Paderborn (2 Monate)- Dortmund (1 Monat)- Tübingen (13 Monate)- BTS (1 Monat)

• Zeitraum: Januar 2010 – August 2012

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Teilaufgabe 2.1

• Deliverable 2.1-1: Bericht über die Analyse der benötigten Userinterfaces und Auswahl der Portaltechnologie (April 2010 – 2 Monate später als geplant)

• Meilenstein 2.1-1: Portalzugang mit integrierter Workflow-Infrastruktur (Dezember 2010)

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Layout und Userinterfaces

• Landing-page • Wiki• Chat-Portlet• Zertifikatsportlet• MD-Portlet• QC-Portlet• Datenrepository-Portlet

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Zertifikatsportlet

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Teilaufgabe 2.2

• Anforderungsanalyse und Auswahl geeigneter Portaltechnologie

• Partner - Dresden (3 Monate) - Köln (2 Monate) - Tübingen (3 Monate)

• Zeitraum: September 2009 – Februar 2010• Deliverable 2.1-1: Bericht über die Analyse der

benötigten Userinterfaces und Auswahl der Portaltechnologie (April 2010)

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Evaluierung

• Portal Frameworks- Liferay- Pluto und Jetspeed- GateIn (JBoss + Exo)

• Workflow-enabled Grid Portals- EnginFrame - WebSphere- P-Grade / WS-PGRADE

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Fokus

• Benutzbarkeit• Effizienz• Workflows• Sicherheit• Monitoring

Evaluierungskriterien

Benutzerseite Administratorseite

• JSR 168/286• UNICORE 6• Zeit und Aufwand für

Installation/Implementierung• Support• Sicherheit• Monitoring

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Evaluierungsergebnis

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WS-PGRADE• Workflows• Workflow-Editor• Grid• Monitoring• 20 Personenjahre Entwicklung• 30 Entwickler in der Community• Installation aufwändig• Umstellung auf Liferay

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Teilaufgabe 2.3

• Workflow-Integration und Workflow-Editor• Partner

- Dresden (2 Monate) - Köln (2 Monate) - Paderborn (6 Monate)- Dortmund (2 Monate)- Tübingen (5 Monate)- BTS (1 Monat)

• Zeitraum: Januar 2010 – August 2012

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Teilaufgabe 2.3

• Deliverable 2.3-1: Prototyp des Portals mit integrierter Workflow-Infrastruktur (Dezember 2010)

• Meilenstein 2.1-1: Portalzugang mit integrierter Workflow-Infrastruktur (Dezember 2010)

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gUSE Infrastruktur

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User interfaceWS-PGRADE

Grid resources middleware layer

UNICORE 6

Applicationrepository

Information system

LoggingSubmitters

Workflow storage

Workflowengine

High-level middleware service layer

gUSE

grid User Support Environment

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gUSE submitter für UNICORE

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JOB n

Workflowengine

JOB1

JOB2JOB3 JOB4

UNICORE submitter(UCC lib)

UNICORE Atomic

Services

Uspace

gUSE UNICORE 6 Resources

4 -- Upload data

1 -- Security2 -- Registry3 -- Submit job5 -- Start job

actionJobSubmit

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ASM (Application-Specific Module)

• Bibliothek zum Verwalten von WS-PGRADE Workflows - Ausgabe der Benutzer und Workflows des lokalen

Repositoriums- Importieren von Workflows in den Userspace- Upload/Download der Ein- und Ausgabedateien- Setzen der Parameter einer Anwendung im Workflow- Abschicken von Workflows- Monitoren von Workflows- Löschen von Workflows

• Einbindbar in Portlets und Java Tools Verwendung der gUSE-SubmitterAP2 - PortalAP2 - Portal

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Konzipieren von Workflows

• Moleculardynamik - Gromacs-Workflows

• Quantenchemie- Gaussian-Workflows

• Docking- CADDSuite (Computer-aided Drug Design) und FlexX- Galaxy im Einsatz für lokale Ressourcen in Tübingen- Automatische Portierung von Galaxy-Workflows nach

WS-PGRADE

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Docking Vorbereitungsworkflow

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Teilaufgabe 2.4

• Sicherheitsschicht• Partner

- Berlin (1 Monat)- Dresden (6 Monate) - Köln (1 Monate) - Tübingen (1 Monat)

• Zeitraum: Mai 2011 – Juni 2012

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Teilaufgabe 2.4

• Entscheidung für SAML (Security Assertion Markup Language) vorgezogen

• Vorteile von SAML gegenüber Proxy-Zertifikaten- Zertifikat verbleibt auf dem Computer des Benutzers- Kein weiterer Server zur Zertifizierung notwendig- Maximale Anzahl von involvierten Servern im

Authentifizierungsprozess- Flexible Gültigkeitsdauer der Assertion-Datei

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Teilaufgabe 2.4

• Konfiguration des Organisations- und Community-Managements in Liferay- MoSGrid novice user- MoSGrid advanced user- MoSGrid developers- Administrators

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Deliverables und Meilensteine

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Meilenstein/Deliverable

Beschreibung Fällig Stand

D2.1-1 Bericht über die Analyse der benötigten User-Interfaces und Auswahl der Portaltechnologie

Monat 6

D2.3-1 Prototyp des Portals mit integrierter Workflow-Infrastruktur

Monat 15

M2.1-1 Portalzugang mit integrierter Workflow-Infrastruktur

Monat 15

D2.1-2 Prototyp des Portals mit Zugriff auf Datenrepositorien und integriertem Workflow-Editor

Monat 28

M2.1-2 Integrationstest der Portal-Infrastruktur

Monat 33

D2.1-3 Deployment: Portal-Infrastruktur Monat 36

D2.1-4 Freischalten des öffentlichen MoSGrid-Portals

Monat 36

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Nächste geplante Schritte

• Integration von CADDSuite und FlexX• Integration der IDB (Incarnation Database) von

UNICORE für Auswahlboxen• Ergänzung von Standard-Workflows/weiteren

Tools• Erweiterte Sicherheitsfunktionen zur einfacheren

Bedienbarkeit• Anpassen des Layouts (durchgehender Task)

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Involvierte Projekte

SHIWA (SHaring Interoperable Workflows for Large Scale Scientific Simulations on Available DCIs)

• EU Projekt• Zeitraum: 01.07.2010 – 30.06.2012• Tübingen beteiligt über Galaxy-Workflow-Export

CompChem Virtual Organization• EGEE Projekt• Ressourcen nutzbar

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Zukünftige Projekte

SCI-BUS (SCIentific gateway Based User Support)• EU Projekt• Zeitraum: 01.10.2011 – 30.09.2014• Bereitstellung von europaweiten Rechner-

Ressourcen• Tübingen beteiligt über Erweiterung des MoSGrid

Portals mit interaktivem Molekül-Editor und semantische Suche

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Acknowledgements

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• Oliver Kohlbacher• Marc Röttig• Marcel Schumann

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• Georg Birkenheuer• Jens Krüger• Johannes Schuster

• Sebastian Breuers• Lars Packschies• Klaus-Dieter Warzecha• Martin Wewior

• Richard Grunzke

• Sonja Herres-Pawlis• Ines Dos Santos Vieira

• Patrick Schäfer

• Bernd Schuller• Valentina Huber

• Frank Cordes

• Ákos Balaskó• Miklos Kozlovszky • István Márton• Anna Szikszay Fabri

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