Kurze Einführung in Pubmed

Abteilung für Kieferorthopädie

Dr. rer.nat Müller

Version 20.01.10

Internet: http://www.uni-marburg.de/fb20/kieferorthopaedie

Copyright © 2010, Dr. rer.nat. Bernd Müller EMail: muellerd@staff.uni-marburg.de

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Kurze Einführung in die Medline-Nutzung

Die Medline-Datenbank wird von der „National Library of Medicine“ (NLM) in den USA betrieben. Die Datenbank enthält etwa 19 Mio. Aufsatzzitate aus über 5000 Zeitschriften, wobei vorzugsweise englischsprachige Zeitschriften ausgewertet werden. Die Datenbank ist für die medizinische Literatur ab 1950 die wichtigste Fundquelle.

Die Datenbank ist über die PubMed-Oberfläche im Internet frei zugänglich. Die Startadresse lautet:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed

Jeder Aufsatz/Literaturstelle wird durch einen Daten-Record in der Datenbank repräsentiert. Der Daten-Record einer Literarturstelle besteht dabei aus einer Reihe von einzelnen Feldern, auf die über den Namen des Feldes zugegriffen werden kann. In dem Feld „SO“ (Source) stehen zum Beispiel die Bibliographischen Angaben zu dem Aufsatz, d.h. im Fall eines Zeitschriftenartikels die Zeitschrift mit dem Erscheinungsjahr, der Volumenbezeichnung und der Seitenangabe.

Beispiel: Record für den Artikel

Demirjian A. and Goldstein H.

New systems for dental maturity based on seven and four teeth.

Ann Hum Biol 1976 Sep;3(5):411-21

UI - 77043228 ← eindeutige Identifikationsnummer für jeden Record in der DatenbankPMID- 984727 ← eindeutige Identifikationsnummer in PubMed . DA - 19761230

DCOM- 19761230

LR - 20001218

IS - 0301-4460

VI - 3

IP - 5

DP - 1976 Sep

TI - New systems for dental maturity based on seven and four teeth. ← Titel

PG - 411-21 ← Seitenangabe

AB - An updated system for estimating dental maturity is presented. ← Zusammenfassung

It extends the original system (Demirjian et al., 1973) based on radiographs of 7

teeth by including two extra stages, and by enlarging the standardizing

sample to include 2407 boys and 2349 girls. Percentile standards from ages

2-5 to 17-0 years are presented separately for boys and girls. Scoring

systems and percentile standards are presented for two different sets of 4

teeth and a comparison of all three systems is made. It is suggested that

these systems may measure somewhat different aspects of dental maturity.FAU - Demirjian, A

AU - Demirjian A ← Autor

FAU - Goldstein, H

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AU - Goldstein H ← Autor

LA - eng ← Sprache der Publikation

PT - Journal Article ← Art der Publikation (Originalarbeit, Review etc.)

CY - ENGLAND

TA - Ann Hum Biol

JID - 0404024

SB - IM

MH - Adolescence ← MeSH Schlagwort

MH - *Age Determination by Teeth ← MeSH Schlagwort

MH - Child ← MeSH Schlagwort

MH - Child, Preschool ← MeSH Schlagwort

MH - Comparative Study ← MeSH Schlagwort

MH - Human ← MeSH Schlagwort

MH - Infant ← MeSH Schlagwort

MH - Tooth/radiography ← MeSH Schlagwort

EDAT- 1976/09/01

MHDA- 1976/09/01 00:01

PST - ppublish

SO - Ann Hum Biol 1976 Sep;3(5):411-21. ← Bibliographische Angabe (Quelle)

Die Standardsuchmaske in PubMed gestattet das Suchen von Artikeln/Aufsätzen über den Autorennamen und über Stichwörter, wobei man zwischen frei wählbaren Stichwörtern und den von den Datenbank-betreibern vergebenen Schlagwörtern (MeSH, Medical Subject Headings) unterscheiden muss. Bei der Suche nach Stichwörtern bzw. Schlagwörtern müssen diese als englische Begriffe eingegeben werden (Tip: Englisch Wörterbuch Medizin).

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PubMed-Startseite (Suchmaske)

Über die Startseite von PubMed sind neben der Medline-Datenbank noch eine Reihe anderer Datenbanken (Protein-, Genom- und Strukturdatenbanken) zugänglich. Die Auswahl der Datenbank, in der die Suche erfolgen soll, geschieht über das oberste Eingabefeld "Search" rechts neben dem Logo (PubMed.gov).

Das Eingabefeld für die Suche liegt direkt unter dem Datenbankfeld. In das Eingabefeld können Stichwörter, Autorennamen oder Schlagwörter (MeSH) eingegeben werden.

Standardmäßig wird in Pubmed eine einfache Suchmaske geöffnet. Soll die Suche differenzierter gestaltet werden, sollte die fortgeschritte Suche ( Link „Advanced Search“ rechts neben der Datenbankauswahl) ausgeführt werden.

Die Startseite bietet auch den Zugriff auf Hilfetexte und Tutorials, die es allerdings nur auf englisch gibt.

Zwei wichtige Menüpunkte sind die Zeitschriftendatenbank (Journals Database), in der alle in Medline ausgewerteten Zeitschriften enthalten sind, und die Datenbank mit den Medline eigenen Schlagwörtern (MeSH Database). Die Zeitschriftendatenbank enthält für jede Zeitschrift den vollständigen und den abgekürzten Namen. Die MeSH-Datenbank kann zum Auffinden von MeSH-Begriffen verwendet werden, in dem man in die Suchmaske der MeSH-Datenbank ein frei wählbares, sinnvolles Stichwort auf englisch eingibt. Die Suche liefert MeSH-Begriffe, die in ihrer Beschreibung das eingegebene Stichwort enthalten.

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1.1. Einfache Suche

In der Standardsuchmaske von PubMed kann einfach ein Stichwort in das Suchfeld eingegeben werden.

Das Pubmed-System versucht dann automatisch mit Hilfe des Stichwortes den oder die zugehörigen MeSH-Schlagworte zu finden. Die MeSH-Schlagworte und das Stichwort werden in die Suchanfrage eingebaut. Die erzeugte Suchabfrage wird in einer Box mit dem Titel „Search details“ am Rechten Rand der bei der Suche gefundenen Literaturliste ausgegeben.

Das Stichwort "tooth" ergibt zum Beispiel die Suchabfrage:

"tooth"[MeSH Terms] OR tooth[All Fields ]

Durch den Operator OR werden in das Suchergebnis nur Literaturstellen aufgenommen, die zumindest einem der beiden Suchkriterien genügen.

Der Begriff tooth ist also auch als MeSH-Schlagwort vorhanden. Die Suche erfolgt zum einem in den Datenfeldern mit dem MeSH-Begriffen und als Textsuche nach dem Begriff tooth in allen Feldern der Datensätze.

Es können die logischen Operatoren AND, OR und NOT verwendet werden, wobei diese groß oder klein geschrieben werden können.

AND: beide Suchkriterien müssen erfüllt sein

OR: einer der beiden Suchkriterien oder beide müssen erfüllt sein

Bei der Suche nach zusammenhängenden Begriffen sind diese in Anführungszeichen zu setzen:

Beispiel: "dental age" sucht ausschließlich nach dem Ausdruck "dental age"

dental age wird interpretiert als dental AND age

In der Standardsuchmaske von PubMed lassen sich die Namen der Recordfelder zur Einschränkung der Suche in der Datenbank benutzen („search field tags“). Die "search field tags" müssen dafür in Eckige Klammern [ ] gesetzt werden.

Beispiel: Dibbets [au]

Das Stichwort “Dibbets” wird im Feld autor (au) gesucht.

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Einfacher lässt sich allerdings eine differenziertere Suche mit Hilfe des Punktes „Advanced search“ durchführen:

Die Suche nach einem Stichwort / MeSH-Begriff lässt sich hier zum Beispiel auf einen bestimmten Zeitraum oder eine bestimmte Zeitschrift begrenzen.

Suchanfrage

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1.2. Suche mit Medical Subject Headings (MeSH)

Im allgemeinen sucht man nicht die Publikationen eines Autors, sondern Beiträge zu einem bestimmten Thema. Dazu benutzt man die Suche nach Stichwörtern bzw. nach Schlagwörtern.

In PubMed unterscheidet man zwischen Stichwörtern und Schlagwörtern:

Stichwort: Das Stichwort kann frei vom Suchenden gewählt werden. Es wird in der Regel im Titelfeld, in den Autorenfeldern und in der Zusammenfassung gesucht.

Schlagwort: Es können nur bestimmte Begriffe als Schlagwort benutzt werden. Diese Begriffe werden bei der Aufnahme eines Artikels in die Datenbank von den Datenbankbetreiben festgelegt.

Diese Schlagwörter heißen in Medline „Medical Subject Headings“ (MeSH), wobei die verschiedenen MeSH’s eines Records in Feldern des Typs MH gespeichert werden.

Die MeSH-Schlagwörter(ca 25.000) sind über den MeSH-Browser (MeSH-Database) in PubMed zugänglich. Die MeSH-Schlagwörter sind dabei hierarchisch aufgebaut. Die Abbildung unten zeigt die Suchmaske der MeSH-Database. In das Feld „for“ trägt man zunächst einen Suchbegriff (hier „tooth“) ein, für den das entsprechende MeSH-Schlagwort gefunden werden soll:

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Als Ergebnis der Suche wird eine Liste von MeSH-Schlagwörtern ausgegeben, die mit dem Begriff „tooth“ zu tun haben:

Aus dieser Liste von Schlagwörtern kann man zum Beispiel die beiden Schlagwörter „Tooth“ und „Tooth Movement“ auswählen und mit diesen Begriffen eine Suche in PubMed starten. Dazu vor den entsprech-enden Begriffe mit der Maus einen „Haken“ durch anklicken des Kästchens setzen und in der Auswahlliste „Send to“ den Punkt Search Box with AND auswählen. Damit werden die beiden Suchbegriffen mit dem Operator AND in eine Suchbox übertragen:

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Die Suche in PubMed wird durch anklicken der Buttons „Search PubMed“ gestartet.

Als Ergebnis erhält man eine Liste von Einträgen, wobei immer nur ein kleiner Teil der Einträge angezeigt wird. Soweit man die Einstellung nicht verändert, werden pro Seite 20 Einträge der Liste ausgegeben. Das Feld „Display Settings“ (direkt vor dem Beginn der Ausgabeliste) zeigt in unserem Beispiel die Standardeinstellung „Summary“ an. Der Ausgabetyp kann mit diesem Auswahlfeld geändert werden, wobei der Typ „Abstract“ interessant ist, weil bei diesem Ausgabetyp auch ein eventuell vorhandener Abstract ausgegeben wird. Unter „Display Settings“ lässt sich das Ausgabeformat, die Anzahl an Einträgen pro Seite und die Sortierreihenfolge einstellen.

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Am rechten Rand wird neben der Gesamtzahl an gefundenen Einträgen auch die Anzahl der Review-Artikel und die Anzahl an Einträgen mit frei verfügbaren Volltexten angezeigt.

Durch anklicken der Autorennamen wird eine ausführlichere Darstellung des Daten-Records angezeigt. Die dort angezeigten Daten können sowohl gedruckt als auch als Datei heruntergeladen werden.

Die für die Fragestellung interessanten Literaturstellen kann man durch Setzen eines Hakens in das Kästchen vor den Autorennamen markieren. Die markierten Literaturstellen können dann als Liste von Medline auf den lokalen Rechner heruntergeladen werden und als Datei abgespeichert werden.

Nach dem Markieren der gewünschten Literaturstellen auf den Link „Send to“ gehen, um die ausgewählten Literaturstellen als Datei herunterzuladen. In dem erscheinenden Fenster die Option File auswählen und als Format Abstract(Text) auswählen. Die heruntergeladene Datei enthält die Literaturliste als Textdatei, die in einem Programm zur Textverarbeitung (MS Word, OpenOffice Writer) eingelesen werden kann.

Alternativ kann die Liste auch als XML-Datei oder PMID Liste heruntergeladen werden. Diese Dateien lassen sich zum Beispiel direkt in das Literaturverwaltungsprogramm JabRef einlesen..

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Die Benutzung der MeSH-Schlagwörter hat sowohl Vorteile als auch Nachteile:

Vorteile: Die Treffermenge der zum Thema relevanten Literaturstellen ist der Regel kleiner als bei der Stichwortsuche. Eine Stichwortsuche mit mehreren Tausend gefundenen Einträgen ist praktisch wertlos, da das Überprüfen dieser Einträge zu zeitaufwendig wäre.

Die Gefahr des Nicht-Findens von wichtigen Artikel ist kleiner.

Nachteil: Die für die Themensuche geeigneten MeSH-Schlagwörter müssen erst gefunden werden.

Tip: Hat man schon einen Artikel zu seinem Thema gefunden, kann man die für diesen Artikel angegebenen MeSH-Schlagwörter für das Auffinden von weiteren Literaturstellen nutzen. Man sollte sich die relevanten MeSH-Schlagwörter aufschreiben.

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1.3. Anzeige der schon durchgeführten Suchenvorgänge (History)

Die Option „Advanced Search“ listet unter dem Punkt Search History die innerhalb einer Session durchgeführten Suchen auf.

Durch Klicken (linke Maustaste) auf die Anzahl der gefundenen Literaturstellen in der Spalte Result gelangt man zu den gefundenen Literaturstellen der jeweiligen Suchabfrage.

Das Anklicken der Nummer #1, #2 oder #3 mit der linken Maustaste liefert ein Auswahlmenü mit verschiedenen Optionen:

And, OR, NOT:

Die Suchabfrage wird in das Sucheingabefeld übernommen, d.h. man kann mehrere, alte Suchabfragen zu einer neuen Abfrage kombinieren.

Save in My NCBI: Die Suche kann auf einem Server der NCBI abgespeichert werden, um diese zum Beispiel regelmäßig wiederholen zu können. Dazu muss eine kostenlose Registrierung des Benutzers erfolgen.

Die alten Suchabfragen lassen sich auch durch Eingabe der Nummern in das Sucheingabefeld zu neuen Abfragen kombinieren:

#1 AND #2 entspricht dem Suchausdruck (dental age) AND (skeletal age).

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1.4. Ausführliche Informationen zu Medline/PubMed

NCBI:

Neben einer englischsprachigen Kurzhilfe kann noch eine ausführliche, englische Beschreibung der Recherche in PubMed kann herunterladen werden.

Die Online-Hilfeseiten des NCBI bietet Informationen zu verschiedenen Aspekten des PubMed-Systems. Es werden auch englische Online-Tutorials zu verschiedenen Themen angeboten.

Schulungen der Universitätsbibliothek:

Die Zentrale Medizinische Bibliothek bietet regelmäßig einen Einführungskurs in die Nutzung von PubMed an.