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Übung Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 1
Vom Vom ER-Schema ER-Schema
zur zur RelationalenRelationalenDatenbankDatenbank
Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 2
Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 3
ACHTUNG!ACHTUNG!Unterschied zwischen Relation und Unterschied zwischen Relation und
TabelleTabelleOrdnung von Tupeln in einer Relation Relation wird durch Tupelmenge beschrieben Mathematisch haben Elemente einer Menge keine
Ordnung-> Tupel einer Relation sind demzufolge ungeordnet (Reihenfolge auf Tupeln ist nicht Teil der Relationsdef.)
Ordnung von Attributen und Werten analog der Ordnung von Tupeln ist auch die Ordnung von
Werten in einem Tupel unnötig Beispiel für zwei identische Tupel:
- t=<(Name, Lieschen Müller), (Tel, 0815)>- t=<(Tel, 0815), (Name, Lieschen Müller)>
Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 4
Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 5
Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 6
Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 7
Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 8
est_seq
est_seq_id
sequence
entry_date
clone_id
library
library_id
cultivar
tissue
vector
n
mest_user
est_user_id
name
login
m
project_group
project_group_id
name
n
library_order
organism
n
1
Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 9
Abbildung von ER-Schema auf DB IAbbildung von ER-Schema auf DB I
Umsetzung einfacher Entitäten und Beziehungen
aus Entitäten werden Tabelle (Relationen) aus Attributen werden Spalten Beziehungen werden zu Fremdschlüsseln Identifikationsschlüssel werden zu
Primärschlüsseln
Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 10
Relationen I - EST_SEQRelationen I - EST_SEQ
EST SEQ ID CLONE ID SEQUENCE ENTRY DATEHK03G21u HK03G21 CTGAGCTTAGTC… 01.01.2000
HK03G21r HK03G21 ACACCAAAAATG… 01.01.2000
HW09O09u HW09O09 AAGGTCCACAATG… 01.01.2000
HW09O09V HW09O09 GGAAACCCTTCCTCA… 01.01.2000
HY01A03T HY01A03 GAATTCGGCACCAGAGT… 01.01.2000
Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 11
Relationen II : LIBRARY Relationen II : LIBRARY LIBRARY ID ORGANISM CULTIVAR TISSUE VECTOR
HK Barley Barke etiolated leafs. Plants were grown on filterpaper for 6 d at 250C in the dark. Leafs were harvested at daylight conditions
pBluescript SK-
HW Barley Barke Roots were grown for two days on filter paper at room temperature
lambda ZAP Express, subsequent in vivo excision resulted in plasmid pBK-CMV
HY Barley Barke developing caryopsis, 0-15 DAF (days after flowering)
lambda ZAP Express, subsequent in vivo excision resulted in plasmid pBK-CMV
Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 12
Relationen III : EST_USERRelationen III : EST_USER
EST USER ID NAME LOGIN EMAIL
2 Wolfgang Michalek
michalek [email protected]
3 Winfriede Weschke
weschke [email protected]
Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 13
Relationen IV : RROJECT_GROUP Relationen IV : RROJECT_GROUP
PROJECT GROUP ID NAME
4 Public
5 Gabi
Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 14
est_seq
est_seq_id
sequence
entry_date
library_id
clone_id
library
library_id
cultivar
tissue
vector
1
n
library_owner
nlibrary_id
est_user_id
1est_user
est_user_id
name
login
1
project_group_id
group_member
n
est_user_id
n
project_group
project_group_id
name
1
library_order
organism
n
1
Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 15
Relationen V : Relationen V : LIBRARY_OWNERLIBRARY_OWNER
EST USER ID LIBRARY ID LIBRARY ORDER
2 HK 13 HK 22 HW 13 HW 22 HY 13 HY 2
Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 16
Relationen VI: Relationen VI: GROUP_MEMBERGROUP_MEMBER
PROJECT GROUP ID EST USER ID
4 2
4 3
5 2
5 3
Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 17
Wie bekomme ich die Daten zurück? Wie bekomme ich die Daten zurück? II
Bsp: Gib mir alle EST_SEQ_IDs, CLONE_IDs und Namen der EST_SEQ_OWNER wo der PROJECT_GROUP_NAME gleich „Public“!
Lösung SQL -> Structured Query Language
???
Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 18
SELECT EST_SEQ.EST_SEQ_ID, EST_SEQ.CLONE_ID, EST_USER.NAMEfrom EST_SEQ, LIBRARY, LIBRARY_OWNER, EST_USER, GROUP_MEMBER, PROJECT_GROUPwhere PROJECT_GROUP.NAME = 'Public'and PROJECT_GROUP.PROJECT_GROUP_ID = GROUP_MEMBER.PROJECT_GROUP_IDand GROUP_MEMBER.EST_USER_ID = EST_USER.EST_USER_IDand EST_USER.EST_USER_ID = LIBRARY_OWNER.EST_USER_IDand LIBRARY_OWNER.LIBRARY_ID = LIBRARY.LIBRARY_IDand LIBRARY.LIBRARY_ID = EST_SEQ.LIBRARY_ID
Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 19
Ergebnis der SQL-Query Ergebnis der SQL-Query
EST SEQ ID CLONE ID NAMEHK03G21r HK03G21 Wolfgang Michalek
HK03G21r HK03G21 Winfriede Weschke
HK03G21u HK03G21 Wolfgang Michalek
HK03G21u HK03G21 Winfriede Weschke
HW09O09u HW09O09 Wolfgang Michalek
HW09O09u HW09O09 Winfriede Weschke
HW09O09V HW09O09 Winfriede Weschke
HW09O09V HW09O09 Wolfgang Michalek
HY01A03T HY01A03 Wolfgang Michalek
HY01A03T HY01A03 Winfriede Weschke
Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 20
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Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 25
