GMDS 2013 - Vorbereitungsprozess für die elektronische Dokumentation und Nachnutzbarkeit von Forschungsdaten in elektronischesn Laborbüchern

http://www.mi.med.uni-goettingen.de

Institut für Medizinische Informatik

Vorbereitungsprozess für die elektronische Dokumentation und Nachnutzbarkeit

von Forschungsdaten in elektronischen Laborbüchern

Bartlomiej Marzec, Philipp Weil, Sara Y. Nussbeck

[email protected]

GMDS 2013, Lübeck, 3. September 2013

http://www.mi.med.uni-goettingen.de/

Hintergrund

• Electronic Laboratory Notebooks (ELN) ermöglichen die bessere Nachnutzung von Forschungsdaten durch gezielte Annotation mit Metadaten.

• Für die Erfassung der Daten müssen Formulare im ELN entwickelt werden.

• Verwendete Software ermöglicht freie Konfiguration und Strukturierung der Formulare.

03.09.2013 Bartlomiej Marzec – [email protected] 2

Ziele der Formularentwicklung

• Zusammenführung von existierenden Standards mit wichtigen Metadaten der Nutzer für optimale Nachnutzung der Daten.

• Klare Strukturierung der Formulare für spätere Durchsuchbarkeit.


Prozess der Entwicklung der Formulare


1. Erstellung eines reduzierten DMP-Fragenkataloges

• Als Grundlage dienten DCC und WissGrid Checklisten zum Datenmanagementplan (DMP).

• Relevante Fragen für die Interviews mit Wissenschaftlern wurden übernommen.


2. Interviews und Workflowanalyse mit Wissenschaftlern

• Beantwortung der Fragen.

• Besprechung der bisherigen Aufzeichnungen und dem Laborworkflow.

• Analyse der Abhängigkeiten zwischen einzelnen Daten.


(Laborworkflow) (Datenobjekte und Relationen)

(Notizen des Wissenschaftlers)

3. Literaturrecherche zur Ermittlung der Metadatenstandards

• Pubmed

• MIBBI

• Biosharing

• Europhenome


4. Abgleich der Interviews mit MD-Standards

• Strukturierung der Daten des Wissenschaftlers unter der Verwendung von Standards.

• Definition der Messdaten (Bezeichner, Datentyp, Eingabeformat).


Stand

ards

Wissen

schaftler

5. Strukturieren der Datenerfassungsformulare

• Implementierung der Formulare mit den Messfeldern.

• Optimierung der Benutzbarkeit (z.B. über Default-Werte).


Zusammenfassung

• Erfassung einzelner Experimente ist für eine strukturierte Annotation in ELNs nicht ausreichend im Hinblick auf eine Durchsuchbarkeit und Nachnutzung der Forschungsdaten.

• Bei der Annotation müssen die Metadatenschemata an Standards angepasst werden.

• Resultat ist ein generischer Workflow für die Entwicklung von Datenerfassungsformularen für ELNs.


Kontakt

Bartlomiej Marzec, Philipp Weil und Sara Y. Nussbeck

Universitätsmedizin Göttingen

Institut für Medizinische Informatik

Robert-Koch-Str. 40

37075 Göttingen

Tel.: +49 551 39-22472

Web: http://www.mi.med.uni-goettingen.de/

E-mail: [email protected]@med.uni-goettingen.de, [email protected]


Supported by the DFG (SFB 1002, TP „INF“)

http://www.mi.med.uni-goettingen.de/

mailto:[email protected]



Technology

GMDS 2013 - Vorbereitungsprozess für die elektronische Dokumentation und Nachnutzbarkeit von Forschungsdaten in elektronischesn Laborbüchern