Struktur-Funktions-Modelle von Pflanzen Masterstudium, Schwerpunkt Ökosystemanalyse und...

Struktur-Funktions-Modelle von Pflanzen

Masterstudium, Schwerpunkt Ökosystemanalyse und Modellierung

- Sommersemester 2014 -

Winfried Kurth

Universität Göttingen, Lehrstuhl Computergrafik und Ökologische Informatikgemeinsam mit Abteilung Forstbotanik und Baumphysiologie

1. Vorlesung: 24. 4. 2014

Struktur-Funktions-Modelle von Pflanzenauf ökophysiologischer Grundlage

Umfang: 6 ECTS

Vorlesung + Übung + Selbststudium

Homepage der Lehrveranstaltung:

http://www.uni-forst.gwdg.de/~wkurth/sm14_home.htm

dort auch Folienskript (unter Verwendung von Material von Katarína Streit)

zusätzliches Material:

http://www.studip.uni-goettingen.de - Lernmodule

Literatur: http://www.uni-forst.gwdg.de/~wkurth/sm09_lit.htm

Software-Beschreibung und -Download:

http://www.grogra.de

Organisatorisches

Teile der Lehrveranstaltung:

1. Modellieren mit XL jeden Do 1415 - 1600

2. Vorlesung zur Photosynthese (Einzeltermin) - noch festzulegen -

3. Messungen zur Photosynthese

4. Messungen zur Morphologie

5. Hausarbeit bis Ende September

- Analyse und Weiterentwicklung eines Modells

- Zusammenfassung zur physiologischen Modellierung (Photosynthese)

} Blöcke, 20.+27. 5.,9:00 – 12:00, Gewächshaus

heute:

• Modelldreieck für Pflanzenmodelle

• reine Strukturmodelle, Motivation

• 3 Ebenen der Strukturbeschreibung

• 2 Arten der statischen Beschreibung

- tabellarisch (dtd-Format)

- imperativ (turtle geometry)

• Einstieg in die Software GroIMP

Was sind Struktur-Funktions-Modelle?(engl.: functional-structural plant models, FSPM)

schematischer Aufbau eines Beispiel-FSPMs aus der Literatur:

Motivation für FSPMs von Bäumen• Ökosystemforschung:

Wälder als strukturreiche Lebensgemeinschaften

konkrete Fragestellungen: Einfluss der Baumarchitektur - auf den Kohlenstoffhaushalt - auf Wasserhaushalt / Trockenstress-Resistenz Deutung von Kronenverlichtungsmustern

Simulation: Konkurrenz, forstliche Eingriffe

Motivation für FSPMs von Bäumen• Grundlagenorientierte Forschung:

- Baumkronen (+ Wurzelsysteme) = komplexe Strukturen Informationsverdichtung?

- botanische Wissensbasis

Überbrückung der Kluft:

forstlich-botanische Ansprache -- Ökosystemmodelle

- Modellkopplung

• Veranschaulichung

Visualisierung zukünftiger Entwicklung Virtuelle Landschaften als Planungs- und Entscheidungs- hilfe

Motivation für FSPMs von Bäumen• spezielle Erfordernisse der Modellierung von - Licht im Bestand - Mechanik - Wasserfluss im Baum - Konkurrenz

• Brücke zwischen Prozessmodellen und botanischen Beobachtungen

• gemeinsame Basis für verschiedene Prozesse im/am Baum (Erhöhung der Konsistenz verschiedener Modelle)

Ursprünge, Schulen, Motivationen zur Pflanzenmodellierung

• französische Schule (Hallé et al.: Botanik; CIRAD) tropische Wälder; Agronomie

Ursprünge, Schulen, Motivationen zur Pflanzenmodellierung

• französische Schule (Hallé et al.: Botanik; CIRAD) tropische Wälder; Agronomie

23 Architekturmodelle

Ursprünge, Schulen, Motivationen zur Pflanzenmodellierung

• französische Schule (Hallé et al.: Botanik; CIRAD) tropische Wälder; Agronomie

• theoretische Biologen (vor allem in Großbritannien)

• theoretische Informatik L-Systeme: Grammatik der Formbildung Mathematisierung

Pflanzenmodelle mit L-Systemen

Ursprünge, Schulen, Motivationen zur Pflanzenmodellierung

• französische Schule (Hallé et al.: Botanik; CIRAD) tropische Wälder; Agronomie

• theoretische Biologen (vor allem in Großbritannien)

• theoretische Informatik L-Systeme: Grammatik der Formbildung Mathematisierung

• Computergrafiker Virtual Reality Effizienz von Algorithmen

Pflanzenmodelle aus der Computergrafik

Ursprünge, Schulen, Motivationen zur Pflanzenmodellierung

• Waldökologen und Forstwirte - einzelbaumorientierte Wachstumsmodelle - heterogene Bestände - Prozesse morphologisches Erscheinungsbild - Ökosystemforschung

• Bioklimatologen und Baumphysiker

- Heterogenität: nichtlineare Lichtantwort der Photosynth.

- Baum-Mechanik, -Hydraulik

• Insektenkundler Wechselwirkung Herbivoren - Pflanzenstruktur (Agronomie) CPAI Brisbane

Messung von 3D-Strukturen von Pflanzen

Datenaufnahme mit klassischen Mitteln:• Kombination Lineal - Messschieber - Winkelmesser - Skizzenblock

halbautomatische / vollautomatische Digitalisierung:• Kombination digitale Schublehre - digitaler Kompass - Schnittstellensoftware (Oppelt et al. 2000)

• elektromagnetische Sonde

(Polhemus FASTRAK, Sinoquet et al., Clermont-Ferrand)

• Ultraschall-Sonde

• mechanische Ausleger

• 3D-Laserscanner

• Auswertung stereoskopischer Fotos

elektromagnetisches 3D-Trackingsystem Polhemus FASTRAK

Strukturmodelle

3 Ebenen:

1. statische Strukturbeschreibung

Pflanze zu einem festen Zeitpunkt (z.B. am 24. April 2014)

2. dynamische Strukturbeschreibung, nichtsensitiv

Beschreibung der Entwicklung (Ontogenese) einer Pflanze: Zeitreihe dreidimensionaler Strukturen

3. Dynamik mit Berücksichtigung von kausalen Einflüssen / Bedingungen (sensitive Modelle)

verschiedene Entwicklungspfade logische Bedingungen für die Gabelung (im einfachsten Fall stochastisch)

zu 1.: statische Strukturbeschreibung

zwei Ansätze:

(a) tabellarisch

jeder Pflanzenbaustein = eine Zeile

dtd-Code „descriptive tree data“

(b) imperativ (befehlsgesteuert):

„Turtle-Geometrie“

virtuelle Schildkröte „konstruiert“ die Struktur,

die Beschreibung sind die Befehle, die sie steuern

turtle geometry (siehe später)

topologisch-

metrische

Skizze

Der dtd-Code(digitized tree data format)

• Grundeinheit: Jahrestrieb (bzw. Wachstumseinheit) je nach Auflösung des Modells auch Internodium mögl.

• pro Jahrestrieb eine Zeile

1. Sp.: Name (bzw. Nummer) des Jahrestriebs 2. Sp.: L Länge (in mm) 3. Sp.: # Name des Muttertriebes ( Verzweigungs-Topologie) weitere

Spalten: A Position R Richtungswinkel W Verzweigungswinkel D Durchmesser B Blattzahl E Internodienzahl C Farbindex F Anzahl Früchte

Beispiel für die dtd-Codierung einesVerzweigungssystems:

Beschreibung des dtd-Codes siehehttp://www.uni-forst.gwdg.de/~wkurth/dtd_code.pdf

Konsistenzprüfung der dtd-Datei:• optische Kontrolle (beachte besonders den Basis-Spross, gibt es an der Basis noch mehr (zuviele) Sprosse?)

• Kontrolle der Alters-Zählung:

Grogra-Analyse-Option F,

5. Spalte der erzeugten Tabelle: Kommt Alter 0 zu selten vor?

anderes (flexibleres) Datenformat: MTG (Multiscale Tree Graph)

Der Übergang zur 2. Beschreibungsebene:

Dynamische Beschreibung von Pflanzenstrukturen

• wie verändern sich Pflanzen im Verlauf der Ontogenese?

AMAP

Atelier de Modélisation de l‘Architecture des Plantes

Montpellier, Paris, Strasbourg, Nancy, Beijing (LIAMA)

AMAP

Atelier de Modélisation de l‘Architecture des Plantes

Montpellier, Paris, Strasbourg, Nancy, Beijing (LIAMA)

Ph. de Reffye, R. Lecoustre, M. Jaeger, E. Costes,P. Dinouard, F. Blaise, P.-H. Cournède et al.(Agronomen, Informatiker, Botaniker, Mathematiker)

Modellierung der Aktivität von Meristemen

Gestalt des Baumes = Trajektorie seiner Meristeme

erste AMAP-Version (Grundlage der heutigen kommerziellen Software

REALnat, Bionatics): Rückgriff auf die 23 „Architekturmodelle“ von Hallé et al.

Modellierungsansatz:

Baumgestalt = Trajektorie der Meristeme

• primäres Meristem

• Verzweigung

• sekundäres Meristem

(hinzu kommen:mechanische Verformungen, Verformungen mit physiologischen Ursachen, Verletzungen, Absterbeprozesse)

meristembasierter Modellansatz

Adrian D. Bell 1979:

3 grundlegende Prozesse- Bildung eines Triebes (Wachstum)- Übergang in Ruhezustand (und erneute Aktivierung)- Absterben

ähnlich de Reffye 1981:

3 Meristemzustände

- dormance (Schlaf)- croissance (Wachstum)- mortalité (Absterben)

Zustandsübergänge mit Wahrscheinlichkeiten Binomialverteilung, Markoffketten

Beschreibung Synthese

multiskalierte Graphen Axe de référence

(AMAPsim, GreenLab)

dtd-Code L-Systeme, relationale Wachstumsgrammatiken

(Grogra, GroIMP)

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lier

Kombination 1. + 2. Beschreibungsebene:

morphologische Messungen

Astkartierung

Verschlüsselung

Grogra/GroIMP

statistische Datenanalyse

Wachstumsgrammatik mit Parametern

Grogra/GroIMP

Zeitreihen dreidimensionaler Strukturen

Grafik andere Simulationsprogramme statist. DA

statisch

dynamisch

Die Software GroIMP„Growth-grammar related Interactive Modelling Platform“

• geschrieben in Java

• Download von Sourceforge (free & open source)

• rgg-Dateien, Projekte (gsz-Dateien)

• Editor, Entwicklungsumgebung

• 3D-Fenster

• 2D- (Graph-) Fenster (versteckt!)

• Attribut-Ansicht für jedes Objekt

• Kameraposition

• Navigation

• interaktives Modellieren

• Compiler für die Programmiersprache XL

E-Learning-Aufgabe zum nächsten Mal:

Studieren Sie die ersten 3 Kapitel aus „Modellieren mit Grogra V1.1“

StudIP (Lernmodule); auch unter:http://elan.forst.uni-goettingen.de/grogracd/

• Einführung

• Zu dieser CD

• Wissenschaftliche Einordnung