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Prof. Dr. Beda M. StadlerInstitut für Immunologie
Inselspital, Bern
Vom Geschmackstest zur Personalisierten Medizin
Diagnostik - Evolution - Revolution
Fortbildung DiagnostikWenn das Ganze mehr ist als die Summe seiner Teile…
21./22. Oktober 2009, Yverdon-les-BainsRoche Diagnostics (Schweiz) AG
Diagnostik einst
Diagnose oder Blick in die Kristallkugel?
Diagnostik heute
Lebensqualität - Lebenssinn
(3)MHC Missmatch riechen
Q&A
Principal Uses of Diagnostics Across The Health Care Continuum
von Gesundheit zu Wellnessvon Gesundheit zu Wellness
7
Wenn das Ganze mehr ist als die Summe seiner Teile…
Die medizinische Forschung hat so enorme Fortschritte gemacht, dass es überhaupt keine gesunden Menschen mehr gibt.- Aldous Huxley
Die Fortschritte der Medizinsind ungeheuer. Man ist seines Todes nicht mehr sicher.- Hermann Kesten
Expanding Areas of Scientific Inquiry
Sicherheit oder Wahrscheinlichkeit?Sicherheit oder Wahrscheinlichkeit?
Aussagekraft neuer Diagnoseverfahren
Kennt er seine Blutgruppe?Kennt er seine Blutgruppe?
Die Informationsflut
1 Byte/Tag 100‘000‘000‘000 Bytes/Tag(= 20‘000 x Shakespeares Werk)
gestern morgen
Die Sequenzflut
GenomicsGenomicsGeneticsGenetics
Individualisierte Behandlung
• Dosis• Nebenwirkungen• Resistenzen
SNPSNPProfilProfil
PCRPCR
DNA-ChipDNA-Chip
SequenzSequenz
Zu viel versprochen?Zu viel versprochen?
SNPs & Pharmacogenetics
+ + = = + + = = + + = =
“If it were not for the great variability among individuals Medicine might as well be a science and not an art.Sir William Osler, 1892
From: Esteller M, et al. Inactivation of the DNA-repair gene MGMT and the clinical response of gliomas to alkylating agents. NEJM 243:1350-1354, 2000.
z.B. Tumorresistenz
… und zu teuer
Verstehen wir die Moleküle?
• Bindung analysieren• Funktion verstehen• Docking-Simulation
(Rational drug design)
von der Sequenzzur Struktur in silico
Strukturvorhersage noch nicht möglich
"de novo"-Modelling• Extreme Anforderungen an Rechenkapazität• Zur Zeit nur für kleine Proteine (<50 aa)• Entwicklung spezieller Hardware (BlueGene)
Rechenkapazität: 1 Million PC's
Memory-Bandbreite:>100 TeraByte/s
Array Systeme in der Diagnostik
19
Allergen Family: Birch
... clinically well known
20
ALL1_APIGR Api g 1 celeryALL2_APIGR Api g 2BV1A_BETVEBV1B_BETVEBV1C_BETVEBV1D_BETVEBV1E_BETVEBV1F_BETVE Bet v 1 birchBV1G_BETVEBV1J_BETVEBV1K_BETVEBV1L_BETVEBV1M_BETVEDAU1_DAUCA Dau c 1 carrotMAL1_MALDO Mal d 1 appleMPA1_CARBE Car b 1 hornbeamMPA2_CARBE Car b 1MPAA_CORAV Cor a 1 hazelnutMPAG_ALNGL Aln g 1 alderPRU1_PRUAR Pru ar 1 apricotPRU1_PRUAV Pru av 1 cherryPYR1_PYRCO Pyr c 1 pear
Cross-reactivity andSequence Similarity
Sequence-based ClusteringSequence-based Clustering
Bet v 1 - Bet v 1 - clustercluster
21
Good and Bad Sequence Alignments
ASTQSPSVFPLTRCCKNIPSNATSVTLGCLATGYFPEPVMVTWDTGSLNGTTMTLPATTLTLSGHYATISLLTVSGAWAKQMFTCRVAHTPSSTDWVDNKTFSVCSRDFTPPTVKILQSSCDGGGHFPPTIQLLCLVSGYTPGTINITWLEDGQVMDVDL
Sequence based
alignment
Structure based
alignment
22
Sequence - Structure Relationship
ScrewWasherScrew nutSpringBall bearingSpecial
23
Sequence-Structure Relationship
Domain (Fold):
Sequences:
Sequence Motif: [FY]-x-C-x-[VA]-x-H[FY]-x-C-x-[VA]-x-H
24
Automatic Identificationof Allergen Profiles
motif discoverymotif discovery(MEME)(MEME)
motifmotif
MotivesMotives
collectcollectremainingremainingsequencessequences
DatasetDatasetAdbAdb
MatchesMatches
search datasetsearch datasetremoveremovematchmatcheses
25
New Public Motif Database
The FASEB Journal.
2003;17:1141-1143Publication
169135non-matching seqs
6452Motifs
876779Sequences (#)
own searchSequences (origin)
further Analysis1st Analysis
2003 2004*
190
69
1102
2005*
* In collaboration with Adriano Mari, Allergy Data Laboratories p.s.c.
26
Motif-basedAllergenicity Prediction
52motifs
135sequences
RDFTPPTVKILQSSCDGGGHFPPTIQLLCLVSGYTPGTINITWLEDGQVMDVDLSTASTTQEGELASTQSELTLSQKHWLSDRT
query proteinquery protein
motifmatch?
pairmatch?
allergennon-allergen
allergens:
yes
no
yes
no
Allergen Extracts Contain Several Motifs Cross reactivity: Motif 4
Vorhersage plus Messung?
28
Predict more allergen sensitizations by motifs
Use only recombinant allergens
The Bioinformatic Crystal Ball
29
Predict all allergen sensitizations?
Use only recombinant motifs
motifs
30
Human TPM3 gamma chain
Rabbit TMP2 beta chain
Pig TPM1 alpha chainChicken TPM1 alpha chain
Streptococcus pyogenes5 M protein
Streptococcus pyogenes6 M protein
Turbo cornutus Tur c 1
Pacific oyster TPM
Herring worm TPMMLepidoglyphus destructor TPM
Dermatophagoides pteronyssinus TPM
Chironomus kiiensis TPM Periplaneta america Per a 7
Homarus americanus Hom a 1Panulirus stimpsoni Pan s 1
Metapenaeus ensis Met e 1
Tropomyosinsan Ubiquitous Allergen
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Wir sind beinahe Klone
Unsere Gene, Basis des Immunsystems
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Immunsystem - tägliche Evolution
… und Ursache der meisten Krankheiten… und Ursache der meisten Krankheiten
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Genrearrangement
H-Kette
L-Kette
B Zelle
VH DH JH VL JL
HC-Gensegmente
LC-Gensegmente
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B Zelle
Epitopeines
Antigens
eine B Zelle =ein Antikörper = ein Idiotyp
Antikörperspezifität
Antikörper
Theoretische Rekombinationen
H KetteGensegmente
L/H KettenDiversität
V 200 100 20‘000
D 20 0 400‘000
J 6 5 12‘000‘000
D-frame 0.33 - Nur ein Frame!= 30% ReduktionJ-frame 0.33 0.33
~1 ·1014
L KetteGensegmente
4‘000‘000
~450‘000
Nukleotide einfügen (Durchschnitt 6)
Nukleotid Verlust (meist <=7) ~1 ·1019
Nur ein Frame! = 30% Reduktion ~1018
1 Million Genmanipulationen pro Sekunde
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Antigen
Gegen jeden Antikörperein Anti-Idiotyp
Anti-Idiotyp
Antikörper
Das Idiotypen-Anti-Idiotypen Netzwerk
37
109-1012
Antigene109-1012
Antikörper
Den idealen Partner finden?
109
Menschen
Suche nach dem idealen Partner
Weltbevölkerung (Millionen)
Jahr
e
Kontaktzeiteine Stunde
KontaktzeitZehn Sekunden
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Nicht zimperlich bei der Wahl
Meme und Gene
Kein bekannter SpeicherortKein bekannter Speicherort
Stehen wir am selben Wendepunkt?
Immunität und Infektiositätvon Memen
Immunologische Diversität benutzt nicht Gene,sondern rearrangiert Gensegmente.
Immunologische Diversität benutzt nicht Gene,sondern rearrangiert Gensegmente.
Nicht-Wissen macht stark!?!
• „Beethovens Fünfte“ Mem– Wer es nicht kennt, ist ein Kulturbanause
• Eben wurden Sie angesteckt vom „Genrearrangement Mem“– Sind nicht infizierte
Kulturbanausen?
• Immunität gegen Meme– Krankheit oder Schutz
Gesundheit oder Wellness?
• Wer definiert die Gesundheit?
• Wie viel Gesundheit?
• Gesund sterben
Gesundheit des Menschen laut WHO
„ … ein Zustand des vollständigen körperlichen, geistigen und sozialen Wohlergehens und nicht nur das Fehlen von Krankheit oder Gebrechen.“
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Evidence Based Medicine
1. Dürfen Medikamente ohne Wirkung verkauft werden?
2. Dürfen Medikamente ohne Wirkstoffe verkauft werden?
Antwort:
Der Doppelblindversuch ist die wichtigste Errungenschaft unseres Jahrhunderts
Wer profitiert von der Wellness?
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Wer entscheidet über die Labordiagnostik?
Moderne Entscheidungshilfen
Ägypter Griechen Römer1000 v.Chr. 2000 n.Chr.1 1000 n.Chr.
Renaissance ModerneAufklärung
ChristlichesMittelalter
Wis
sens
chaft
liche
r For
tsch
rittWo wäre die Labormedizin heute?
From Diagnosis to Patient Outcomes
1. Is a particular diagnostic test accurate for the target condition?2. Does diagnostic use result in adverse effects or harms?3. Do treatments change intermediate health outcomes? (e.g., cholesterol levels, tumor size)4. Do treatments/health interventions result in adverse effects?5. Are changes in intermediate outcomes associated with changes in health outcomes?6. Does treatment improve health outcomes?7. Is there direct evidence that diagnostic use improves health outcomes?
Source: Adapted from Harris, Helfand, Woolf, et al. 2001.Source: Adapted from Harris, Helfand, Woolf, et al. 2001.
Ethik der Labordiagnostik
• Rationalitätoder Irrationalität
• ErkenntnisoderGlaube
Danke