Web Site: RNA falten

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    06-Jun-2016

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<ul><li><p>RNA falten</p><p>Wie sagt man die Sekundrstruktureiner RNA-Sequenz voraus? Am ein-fachsten mit Hilfe der Web-Site vonMichael Zuker! Sie ist der RNA gewid-met und insbesondere der Vorhersageder Sekundrstruktur von Nucleinsu-ren. Sie enthlt darber hinaus Links zuVerffentlichungen, Biophysik- undBioinformatikkursen am RensselaerPolytechnic Institute im Staat New Yorkund einige sehr gute Skripte ber RNA-Sequenzen und -sekundrstrukturen.Die Site ist ausgezeichnet gepflegt undwird kontinuierlich aktualisiert.</p><p>Der wichtigste Teil der Site ist einebenutzerfreundliche Bedienoberflchezu Zukers Programm MFOLD zur Vor-hersage von RNA-Sekundrstrukturen,dessen ausfhrliche Dokumentation inmehreren Formaten erhltlich ist. Dieaktuellste Version des Programms greiftauf die neuesten Energieparameter vonDoug Turners Arbeitsgruppe zurck,[1]</p><p>aber die Temperatur ist auf 37 8C fixiert.Zum Falten von DNA-Sequenzen wer-den die Parameter von John SantaLuciaJr. benutzt.[2] Auf diese Weise knnen</p><p>Sequenzen mit bis zu 3000 Nucleotidenberechnet werden. Die Behandlung dereingeschickten Daten und die Rckgabeder Ergebnisse hngt von deren Mengeab. Die Parameter der Rechnungen, wiez. B. Randbedingungen aus experimen-tellen Untersuchungen, und der Grafik-ausgabe (Numerierung, Drehung undFarbkodierung) knnen ber dasWWW-Formular eingestellt werden.Die Strukturen von Sequenzen mit biszu 500 Nucleotiden werden sehr schnellberechnet, sodass man das Ergebnisdirekt zurck erhlt. Bei lngeren Se-quenzen erhlt man per E-Mail einenLink zugeschickt, unter dem die Ergeb-nisse abzuholen sind. Der Quikfold-Server erlaubt die simultane Berech-nung von mehreren Sequenzen mit biszu 600 Nucleotiden. Die Freie Energieeiner gefalteten Sequenz mit bis zu 1500Nucleotiden kann mit Hilfe des Efn-Servers bestimmt werden. Die Ergebnis-se werden anhand der Adresse des Ab-senders identifiziert und zwei Tage langauf dem Server fr ihn zum Abrufbereitgehalten. Ihre Interpretationbleibt der Expertise der Nutzer ber-lassen.</p><p>Fr jede Sequenz knnen Energiedar-stellungen als Text-, Postscript-, PNG-oder JPEG-Datei erzeugt werden, sowiethermodynamische Daten und Bilder.Die berechneten Sekundrstrukturenknnen in mehreren Formaten (auchkomprimiert) zur Weiterverarbeitung inanderen Programmen heruntergeladenwerden, z. B. mit RNADraw, LoopD-Loop oder GCG. Auch das noch inEntwicklung befindliche Madison-For-mat[3] bietet die Site an.</p><p>Man kann sich das ProgrammpaketMFOLD auch auf den eigenen Rechnerherunterladen, sofern er unter UNIXoder Windows luft. ESSA und das</p><p>Vienna Package[4] sind ebenfalls hier zufinden. Es gibt auch einen Link, umSequenzen an das Berlozersky-Institutin Moskau zu schicken, wo die Vorher-sage von Sekundrstrukturen zueinan-der ausgerichteter Sequenzen mglichist. Weitere Links fhren zu Routinen,die das Manipulieren der Strukturenermglichen. Man findet darberhinausLinks zu Sites mit RNA-Datenbanken,</p><p>Zeitschriften und Konferenzen. Vor al-lem aber ist die ausgezeichnete RNA-World-Site am IMB in Jena zu emp-fehlen.[5] Schlielich sind wertvolle Lehr-und Lernmaterialien auf der Site abge-legt: Verffentlichungen von Zuker,aber auch detaillierte Beschreibungender thermodynamischen Zusammenhn-ge, die den Vorhersagen zugrunde lie-gen.</p><p>Das Gstebuch enthlt alle Fragenfrherer Besucher und auch die sehrausfhrlichen Antworten von MichaelZuker. Diese Web-Site ist aufgrund ihresNutzens und ihrer Nutzerfreundlichkeitjedem zu empfehlen, der mit RNA ar-beitet.</p><p>Fabrice Jossinet, Eric WesthofInstitut de Biologie Moleculaire et Cel-lulaire (CNRS), Strasbourg (Frankreich)</p><p>[1] http://128.151.176.70/[2] http://sun2.science.wayne.edu/~jslsun2/[3] http://bioinfo.math.rpi.edu/~zukerm/rna/</p><p>Madison.html[4] http://www.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/</p><p>RNAfold.cgi[5] http://www.imb-jena.de/RNA.html</p><p>WEB SITES</p><p>Angew. Chem. 2001, 113, Nr. 6 WILEY-VCH Verlag GmbH, D-69451 Weinheim, 2001 0044-8249/01/11306-1175 $ 17.50+.50/0 1175</p><p>Fr weitere Informationen besuchen Sie:</p><p>http: //bioinfo.math.rpi.edu/~zukerm/</p><p>oder nehmen Sie Kontakt auf mit</p><p>zukerm@rpi.edu</p><p>Schlagen Sie eine Web-Site fr dieseRubrik vor:angewandte@wiley-vch.de</p></li></ul>

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