Datenbankrecherche in der Chemie - ulb.tu-darmstadt.de · Web of Science / Volltexte. 13. Oktober 2015 | TU Darmstadt | Universitäts- und Landesbibliothek | Dr. Felix Geisler | 2

13. Oktober 2015 | TU Darmstadt | Universitäts- und Landesbibliothek | Dr. Felix Geisler | 1

Datenbankrecherche in der Chemie

SciFinder Scholar / Chemical AbstractsBewertung der SuchresultateRecherchestrategien / RechercheproblemeWeb of Science / Volltexte


Fahrplan

1) SciFinder / Enthaltene Quellen, Registrierung, Anmeldung, Start

2) SciFinder / Textsuche

3) SciFinder / Einschränken und Erweitern der Treffermenge

4) SciFinder / Struktursuche, Funktion des Struktureditors

5) SciFinder / Suche nach Substrukturen und Substanzklassen

6) SciFinder / Reaktionssuche

7) SciFinder / Nützliches und zusätzliche Tools

8) Volltextbeschaffung, Fernleihe, Dokumentlieferung

9) Web of Science / Suchen, Browsen

10) Web of Science / Zitate, Zitierhäufigkeit

11) Wichtige Zeitschriften der Chemie

12) Wissenschaftliche Suche und Volltexte im Web, Open Access


SciFinder / Enthaltene Quellen

CAPLUS (Wissenschaftliche Literatur und Patente) seit 1907 MEDLINE (Datenbank der National Library of Medicine) seit ca. 1950 CAS REGISTRY (Chemische Substanzen) seit 1957 CASREACT (Reaktionen) seit 1974 CHEMCATS (Lieferanten von Chemikalien) CHEMLIST (Regulatorische Daten von Chemikalien)

Fachgebiete: Biochemie, Organische Chemie, Makromolekulare Chemie, Chemieingenieurwesen, Physikalische Chemie, Analytische Chemie, Umweltchemie, Medizinische Chemie, Molekularbiologie, etc.

WICHTIG: CAS REGISTRY Number als Substanz-Identifier (wird auch in Chemikalienkatalogen, anderen Datenbanken, etc. verwendet)


SciFinder / Registrierung

Persönliche Anmeldung erforderlich über „geschützten Link“ auf der Webseite „Fachinformationen Chemie“:

>Datenbanken>Anmeldung SciFinder (Webversion)

Abschnitt erst sichtbar nach Authentifizierung mit TU-ID!

Angabe einer E-Mail-Adressemit der domain „tu-darmstadt.de“unbedingt erforderlich!

Vorteil der Anmeldung: Speichernvon Suchergebnissen möglich, besseres Linking, mehr Inhalte


SciFinder / Start

Sucheinstiege: Textsuche, Struktursuche, Reaktionssuche

Klick auf das SciFinder-Logo startet eine neue Suche


SciFinder / Textsuche

Konzeptsuche = alternativeErgebnismenge (Eingabe vonPlatzhaltern und Trunkierungnicht erforderlich)


Dublettenprüfung (MEDLINE)

Die Datenbank MEDLINE wird bei jeder Suche mit abgefragt. Diese Datenbank enthält wichtige medizinische Literatur (darunter auch Literatur zu chemischen Fragestellungen). Referenzen die sowohl in CAPLUS als auch in MEDLINE enthalten sind können automatisch entfernt werden (unter Preferences>Remove Duplicate References)


Einschränken mit Analyze

Analyze by: Subjekt wählen

Ergebnis: Häufigste Autoren zu „metathesis catalyst“ sind Grubbs und Schrock (Nobelpreis 2005)


Sortieren nach Anzahl der Zitate

Suche nach „metathesis catalyst“, Einschränken auf „General Review“

Wichtigste Reviews sind von Grubbs, Fürstner, ...

Sortieren nach „Citing References“


Analyze: Treffer aus CAS Registry

Suche nach der Struktur?: Eingabe der CAS-Nr. bei „Explore Substances“


Struktursuche mit der CAS-Nr.

Eingabe der CAS-Nr. bei „Explore Substances> Substance Identifier“


Einschränken mit Refine

Nachträgliche Verfeinerung der Suchanfrage, z.B. durch zusätzliche Suchbegriffe


Erweitern der Suchergebnisse

Suche: gold, carbene, catalyst, hydrogenation

Nur 6 Treffer! Weitere Treffer über: „Get Substances“ und „Get Related Citations“


Autorensuche

Suche nur mit Initialen!

Autor: reggelin m


Probleme bei der Autorensuche

Umlaute, Sonderzeichen, etc. werden nicht berücksichtigt:Müller = Muller bzw. MuellerHervè = Herve

Es gibt keine Normdatei für die Autoren!! d.h. es ist fast unmöglich, Autoren mit häufigen Namen voneinander zu unterscheiden (teilweise schafft eine kombinierte Suche Abhilfe: Autor+Konzept, Autor+Company)

Manche Autoren publizieren nicht während ihrer gesamten Laufbahn unter gleichem Namen (Namensänderung bei Frauen, unterschiedliche Anzahl verwendeter Vornamen und Initiale)

besser: Suche nach Inhalten bzw. Strukturformeln, dann Erweiterung der Suche über Cited Articles und Citing Articles

Alternative: Zitatesuche im Web of Science

Ein und derselbe Autor!


Probleme bei der Textsuche

Schreibweise (Rechtscheibung, British English / American English) Übersetzung: z.B. Drogenmissbrauch = drug abuse (nicht missuse)

Zu viele Treffer bei zu allgemeinen Suchbegriffen: analysis, concept, synthesis, ... (man nutze die Analyze/Refine-Optionen!)

Erfassen des Wortumfelds: Suche nach verwandten Begriffen


Struktursuche über die Summenformel

Suche über Summenformel sollte nur bei „großen“ bzw. seltenen Summenformeln verwendet werden: Es gibt sonst zu viele isomere Ver-bindungen (z.B. C5 H10 O2)!

Gut geeignet ist die Suche über Summenformel für komplexe metallorganische Verbindungen, die schwer zu zeichnen sind.


Struktureditor

Klick! Öffnet Struktureditor

Auswahlmöglichkeiten:

Java-basiert (Java)nicht Java-basiert (Non-Java)

Exakte StruktursucheSubstruktursucheÄhnlichkeitssuche

Import von CXF-Files (Chemical Abstracts Exchange Format)


Zeichnen von Strukturformeln

Zeichenbrett

Zeichenstift

Atome auswählen

Variable Atome

Ringstrukturen und Template

Shortcuts für häufig verwendete Gruppen

Variable Gruppen

Gängige Atome, Strukturenund Bindungstypen


Struktursuche (Exact Search)

Probleme bei der Suche nach Substanzen: Spezifikation von Oxidationsstufen nicht möglich, isotopenangereicherte Verbindungen werden mitgesucht (z.B. deuterierte Verbindungen s.o.) sehr nützlich!!


Struktursuche (Substance Detail)

Predicted Properties sind unzuverlässig!! Weiter unten gibt es die Experimental Properties: nicht immer direkt erfasst, aber bibliographische Daten der Fundstelle sind vorhanden


Copy & Paste zur Struktursuche

Einzeltreffer aus CAS RegistryTrivialname der Verbindung: Brefeldin ACAS-Nr.: 20350-15-6

Klick! (Doppelpfeil bei der Strukturformel) Auswahl: „Explore Structure > Chemical Structure“

Übernahme der Struktur in das Suchfenster


Verfeinerung von Struktursuchen

Suche der Verbindung: C10 H10 O4

Gefunden: 1870 Verbindungen

Refine: Chemical Structure

Gefunden: 56 Verbindungen

Analysis: Analytical Study

Gefunden: 7 Verbindungen (alle sind Aromaten!)

Genauere Analyse der „Kandidaten“

6-Ring-Lacton(Substructure)


Substruktursuche

Treffer 4 von 470

Tipp: Bei der Suche „only single compounds“ auswählen


Substruktursuche (Lock-out-Tool)

Das Lock-out-Substitution Tool wird verwendet, um Substitutionen an bestimmten Positionen zu Verhindern. Dadurch wird die Treffermenge reduziert (hier: nur Substitution am Fünfring erlaubt)

Substruktursuche bei Strukturen mitvielen offenen Positionen führt häufigzu unbeherrschbaren Treffermengen!!(Tipp: Lieber mit Shortcuts Substrukturen suchen)

Stereochemie gewünscht?


Sonderfall 1: Oligo- und Polymere

Suche nach Structure Repeating Units (SRU)

Treffer 12 von 150

SRU unter Zuhilfenahme der Lock-Out-Tools

Treffer 1 von 14

Für Copolymere Haken bei „Only return substances that are single components“ entfernen.


Sonderfall 2: Salze

Eingabe in Struktureditor:

Von diesem Salz gibt es das Hydrat, isotopenangereicherte Formen, und die der obigen Strukturentsprechende Verbindung.


Sonderfall 3: Metallkomplexe

Ansatz 1: Ionische Metallkomplexe – Suche als Salz (Sonderfall 2)

Ansatz 2: Komplizierte Metallkomplexe – Suche über die Summenformel

Ansatz 3: Einfache Metallkomplexe – Suche über den Struktureditor (hier wird’s kompliziert...)

Möglichst Template verwenden!!

Vorsicht: Bindungsdefinitionen sind häufig unklar!!

Für -Bindungen zusätzliche Bindungen einzeichnen!!

„Exceeds Standard Valency“ beim Zeichnen ignorieren!!


Tipp zur Suche: Metall-Komplexe

SciFinder variiert Strukturen, die Metalle enthalten, automatisch so, dass eine größtmögliche Trefferzahl erreicht wird. Daher wird bei der Suche viel Ballast erhalten.

Tipps:

Da solche Strukturen schwer zu zeichnen sind, immer Summenformel überprüfen!

Haken bei „Coordination compounds“ setzen!

Summenformel


Reaktionssuche (Halbreaktion)

Suche einschränken: Number of steps, variable only at specified positions, sources, ...


Reaktionssuche (nach Schema)

Zeichnen von Edukt und Produkt, dann Definition der Reaktionsrolle (reactant, reagent, product)

Bei einfachen Verbindungen: „Variable only at the specified position“ verwenden!

Treffer 1 von 407 (einstufige Synthesen)

Zwischenfenster: Allgemeine Suchoberfläche. Dort können weitere Parameter gewählt werden (Art der Reaktion, Anzahl der Stufen, Art der Quellen, Jahr der Publikation, Lösungsmittel, nicht an der Reaktion teilneh-mende funktionelle Gruppen)


Reaktionssuche (Detailanzeige)

Beckmann-Umlagerung


Beispiel für die Reaktionssuche

Aufgabe: E-Selektive Olefinierung bei Präsenz funktioneller Gruppen (OH, Doppelbindung)

Frage: Welche Olefinierung ist mild und E-selektiv? Muss die OH-Funktionalität geschützt werden?

Antwort: Julia-Kociensky-Olefinierung mit dem abgebildeten Sulfon, 3 Schutzgruppen (MEM, Bn, TBDPS)


Reaktionssuche: Similar Reactions

Antwortset mit 608 Reaktionen: Julia-Kociensky-Olefinierungen in der Natur-stoffsynthese (abgebildet ist Treffer 6)


Nützliches (Teil I): Experimental Procedures

Vorschriften sind teilweise direkt im SciFinder sichtbar! (unterhalb der bibliographischen Daten – für ACS Journals, Springer, Patente, etc.)


Nützliches (Teil II): Navigation über den Suchpfad

Von der Detailsuche zurück zur vorhergegangen Suchschritten? Kein Problem mit dem Suchpfad.


Nützliches (Teil III): Bonds formed or broken / Atom Mapping

Insbesondere bei einfachen Verbindungen und bei der Suche nach Substrukturen zu empfehlen!!


„A month in the lab can save you an hour in the library“

Suchstrategie

Erste Suchanfrage Suchergebnisse

Ergebnisanalyse (Precision = Matching mit der Suchanfrage)

Revidierte Suchanfrage

Alternative SuchoptionenRecherchieren kostet Zeit (& Geduld)!!

Diese Zeit sollte man sich nehmen ...


Extra-Tools: Lieferanten, etc.


Beschaffung der Volltexte

Fall 1: Via Direkt-Link aus dem SciFinder Scholar

Linkresolver = Verfügbarkeitsanzeige wissenschaftlicher Publikationen


Beschaffung der Volltexte 2

Fall 2: Linkresolver der TU Darmstadt


Beschaffung der Volltexte 3

Kein Online-Zugriff Vor Ort vorhanden? (nur einige Bände) Also: Fernleihe!


Fernleihe / Dokumentlieferung

Was tun, wenn das gesuchte Medium weder online noch im Print vor Ort vorhanden ist?

Fernleihe: Im Katalog-Portal TUfind kann ein Fernleihe von Büchern bzw. Zeitschriftenbänden durchgeführt werden. Voraussetzung ist ein Fernleihkonto mit entsprechendem Guthaben (eine Fernleihe kostet 1,50 Euro)

Dokumentlieferung: Von Artikeln aus Zeitschriften und von Teilen eines Buches (in der Regel maximal 15 % des Buches) können Kopien bei einer fremden Bibliothek bestellt werden. Auch die Dokumentlieferung kann bequem über TUfind abgewickelt werden. Voraussetzung ist ebenfalls ein Fernleihkonto mit entsprechendem Guthaben (eine Dokumentlieferung kostet 1,50 Euro bis 20 kopierte Seiten, weitere kopierte Seiten kosten evtl. Aufschlag)

Schnelllieferdienste: Beschleunigte Dokumentlieferung (innerhalb 48 Stunden), z.B. Subito, GetInfo. Allerdings höhere Preise, z.B. pro Lieferung zwischen 5,00 und 9,00 Euro. Eigene Anmeldung nötig.

https://hds.hebis.de/ulbda/index.php

https://hds.hebis.de/ulbda/index.php

http://www.subito-doc.de/

https://getinfo.de/app


Web of Science: Datenbanken

Datenbank auswählen (Web of Science)

Web of Science ist ein Teil des Web of Knowledge


Web of Science: Suchen

Autorensuche

UNBEDINGT! Joker (*) verwenden für Umlaute, unklare Formulierungen, etc.


Web of Science: Browsen

Suche nach: brefeldin1210 Treffer!!!aber: nur 41 Reviews

Ziel: durch Browsen Treffermenge verbessern, z.B. einschränken, vergrößern, nur aktuelle Treffer ...


Web of Science: Zitate

Bewertung der Relevanz„Schneeball-Suche“Wer zitiert diese Quelle?


Web of Science: Linkresolver


Schwierige Autoren

1

2

3

Suche nach: Boris SchmidtResearcher-ID vorhanden (Normdaten)- das ist aber nicht immer so!!


Szientometrie

Illustration des h-Index

Anzahl der Veröffentlichungen, Zitate, Zitierhäufigkeit, h-Index


Impact Factor

Berechnung innerhalb einer Drei-Jahres-Spanne nach folgender Formel:

Bsp.: In 2006 und 2007 sind in einer Zeitschrift 1312 Artikel erschienen, die im Jahr 2008 insgesamt 5832 mal zitiert wurden.

Der Impact Factor der Zeitschrift ist 5832 : 1312 = 4.4

Weitere Anwendung: Bewertung des „Forschungsoutputs“ von Professoren (Anzahl der Veröffentlichungen in Zeitschriften mit hohem, mittleren und niedrigem Impact Factor)


Journal Citation Reports

Viele wichtige Publikationen befinden sich in Zeitschriften mit hohem Impact Factor!

Welche Zeitschriften sind in meinem Fachgebiet wichtig?


Wichtige Journals der Chemie

Reviews werden häufiger zitiert als Artikel!

Impact Factor: Chemical Reviews (41) Chem. Soc. Rev. (25) Acc. Chem. Res. (21)

Primary Research Journals veröffentlichen vorwiegend Artikel bzw. Communications mit neuen Forschungs-ergebnissen

Impact Factor: Nature Chem. (22)Angew. Chem. (14) J. Am. Chem. Soc. (11)Chem. Sci. (8)Chem. Comm. (6)


Wichtige Journals (Org. Chemie)

Die Journals einzelner Fachbereiche der Chemie veröffentlichen sowohl Primary Research (Artikel und Communications) als auch Full Papers mit umfangreichen Daten zur Synthese und Analyse der genannten Verbindungen.

Impact Factor: Org. Lett. (6.1)Adv. Synth. Cat. (5.5) J. Org. Chem. (4.6)Organometallics (4.1)Org. Biomol. Chem. (3.6)Eur. J. Org. Chem. (3.3)Tetrahedron (2.8)Beilstein J. Org. Chem. (2.8)Synlett (2.7)Synthesis (2.5)Tetrahedron Lett. (2.4)


Wichtige Journals (Science)

Die höchsten Impacts haben die Zeitschriften, die das gesamte Gebiet der Naturwissenschaften abdecken und nur die wichtigsten Ergebnisse der wissenschaftlichen Forschung veröffentlichen (mehr als 80 % der ein-gesandten Manuskripte bei Nature und Science wird abgelehnt!)

Impact Factor: Nature (39) Science (31) P. Natl. Acad. Sci. (10)


Wissenschaftliche Volltexte im Internet

DOAJ = Directory of Open Access JournalsGoogle scholar

BASE = Bielefeld Academic Search Engine


Google Scholar

Google Scholar = E-Journals der Verlage plus Open Access Angebote im Netz (z.B. der Schriftenserver der TU Darm-stadt „tuprints“)

inkl. Zitationsanalyse wie im Web of Science


BASE: Elektr. Hochschulschriften

Suche: <Asymmetrische Katalyse Palladium>Treffer: 38(vorallem deutsche Hochschulschriften)


Open Access Chemie-Zeitschriften

Recherche über das Directory of Open Access Journals (DOAJ)

Open Access Zeitschriften aus der Chemie (mit einer gewissen Bedeutung):

ArkivocBeilstein J. Org. Chem.Chemistry EducationMolecules

Organic Syntheses (nicht in DOAJ! hat aber die größte Bedeutung wegen verlässlicher, getesteter Synthesevorschriften)


Beratungs- und Schulungsangebot

Modul 1: Einführung in die Datenbankrecherche in der Chemie (Bachelor-Studium: OC-Grundpraktikum)

Modul 2: Datenbankrecherche in der Chemie für Fortgeschrittene (Master-Studium: OCF-Praktikum)

Modul 3: Elektronischer Arbeitsplatz und Literaturverwaltung (vor Beginn einer Abschlussarbeit: Bachelor, Master, ...)

Datenbank-Sprechstunde: auf Abruf Webseite „Fachinformationen Chemie“

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