VON MIRACOLIX ZUM DIZ FORSCHUNGS-WORKFLOW · VON MIRACOLIX ZUM DIZ FORSCHUNGS-WORKFLOW Prof. Dr. Hans-Ulrich Prokosch . Lehrstuhl für Medizinische Informatik, Friedrich-Alexander-Universität

VON

MIRACOLIX

ZUM

DIZ FORSCHUNGS-WORKFLOW

Prof. Dr. Hans-Ulrich Prokosch Lehrstuhl für Medizinische Informatik, Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg CIO Universitätsklinikum Erlangen Koordinator des MIRACUM Konsortiums

2

Daten sind der Schatz für neue Erkenntnisse

Wo in Deutschland gibt es welche Daten zur Beantwortung neuer Forschungsfragen?

3

Daten sind der Schatz für neue Erkenntnisse


Wissenschaftler/in

?

? ?

?

? ?

?

Bisher muss ein Wissenschaftler separat bei jedem DIZ/Uniklinikum eine Machbarkeits-/Datenanfrage stellen

DIZ n DIZ 2 DIZ 1

4 Angelehnt an: MII | 27.03.2019 – Foliensatz der MII Koordinationsstelle

MII Ziel: „Konsolidieren“ einer bisher „unkoordinierten“ Datenlandschaft

. . .

Wissenschaftler/in


Bisherige Anfragen

Metadaten

Datenlandkarte

DIZ n DIZ 2 DIZ 1

5 Angelehnt an: MII | 27.03.2019 – Foliensatz der MII Koordinationsstelle

MII Ziel: „Konsolidieren“ einer bisher „unkoordinierten“ Datenlandschaft

. . .

Wissenschaftler/in

Bisherige Anfragen

Zentrale Antrags- und Registerstelle (ZARS)

Metadaten

Datenlandkarte

Metadaten

Datenlandkarte

vereinfachte Projektabwicklung

Projektübersicht

Durch die MII soll ein Wissenschaftler eine Anfrage an alle DIZ gleichzeitig stellen können

6

ZARS als zentrale Anlaufstelle der MII

M-ZARS

Medical Informatics ReusAble eCo-system of Open source Linkable and Interoperable

software tools – X

MIRACOLIX

7

Vom MIRACOLIX Ökosystem zum MIRACUM DIZ

• Kapselung der Services • einfache Bereitstellung • archivierbar

• Docker • Aufbau produktiver

Umgebungen • Zertifizierung der Images

8

MIRACUM DIZ Komponenten Deployment



MIRACOLIX

9

Vom MIRACOLIX Ökosystem zum MIRACUM DIZ zum Forschungs - WF

10

MIRACUM Ziel 2020: Workflow-Unterstützung für Forschungsprojekte

• Metadaten / Datamap: Überblick über verfügbare Daten


11




12




MIRACUM Research Portal Content

Research Portal

Register Data Map Feasibility

Machine Learning

Metadata Repository

Project Proposal

13

Metadaten beschreiben Inhalte des MIRACUM Forschungsportals



Research Portal

Register Feasibility

Machine Learning

Metadata Repository

Project Proposal

Data Map

MIRACUM Ziel 2020

14



Research Portal

MIRACUM Ziel 2020

Connected University Hospitals: 10 Patients: 3.034.243 - incl. Biomaterial 18.012 - incl. Images 25.143 - consented Data Use 0 - consented Biomaterial Use 0 Encounters: 9.124.543 Diagnosis: 35.321.765 Procedures: 29.123.456 Medication: 33.123 Laboratory Results: 133.222.111 Lung Function Diagnostics: 603.044

*the below mentioned numbers are fictive values

Metadaten beschreiben Inhalte des MIRACUM Forschungsportals

15




16



• Machbarkeitsanalyse liefert Größe einer charakterisierten Kohorte


17

MIRACUM Ziel 2020: Machbarkeitsanalysen über die MIRACUM Standorte hinweg


Research Portal

MIRACUM Research Portal Feasibility

Register Data Map

Machine Learning

Metadata Repository

Project Proposal

Feasibility

Föderierte Authentifizierung

18


Research Portal

Feasibility

Project Proposal

Consent Status Research with Hospital Data

Linkage with Health Insurance Data Research with Biomaterial Recontact

Yes No Not asked


19




• Projekt-/Antragsmanagement ermöglicht zentrale Antragsstellung


20

MIRACUM Research Portal Project Submission

Research Portal


Machine Learning

Metadata Repository

Project Proposal

MIRACUM Ziel 2020: Projektantrag über die MIRACUM Standorte hinweg

21


Research Portal


Machine Learning

Metadata Repository

Project Proposal

MIRACUM Ziel 2020: zentrales Projektantragsportal

UAC UAC UAC

Durch das MIRACUM Projektantragsportal kann ein Wissenschaftler eine Projektanfrage an alle MIRACUM DIZ gleichzeitig stellen

Angelehnt an: MII | 27.03.2019 – Foliensatz der MII Koordinationsstelle

M-ZARS

Wissenschaftler/in

Marburg Erlangen Dresden

22

. . . . .

M-

L-

MIRACUM - Projektanfragen

MIRACUM Ziel 2020: Projektantragsverteilung

UAC

. . . . .

? . . . . . ? ? ?

? . . . . . ? ? ?

. . . . .

23


Research Portal


Machine Learning

Metadata Repository

Project Proposal

MIRACUM Ziel 2020: Rückmeldung der Standort UAC-Entscheidungen

24




• Projekt-/Antragsmanagement ermöglicht zentrale Antragsstellung

• Projektantrag wird an alle ausgewählten MIRACUM Standorte verteilt

• und durchläuft dort jeweils die UAC - Governance


25

Zusammenfassung: MIRACUM Forschungs Workflow Unterstützung

Research Portal

MIRACUM Research Portal Data Map *

Connected University Hospitals: 10 Patients: 3.034.243 - incl. Biomaterial 18.012 - incl. Images 25.143 - consented Data Use 0 - consented Biomaterial Use 0 Encounters: 9.124.543 Diagnosis: 35.321.765 Procedures: 29.123.456 Medication: 33.123 Laboratory Results 133.222.111 Lung Function Diagnostics: 603.044

M-ProSkive

. . . . .

L-

L-

L-

L-

UAC

UAC

UAC

UAC



MIRACOLIX

26


Vorgehen MIRACOLIX Entwicklung

• Lead Partner pro Komponente • kompetenzgetrieben • z.B. Erlangen für i2b2, Dresden für OHDSI,

Magdeburg für XNAT, Greifswald für gICS...

• Verantwortlich für die Entwicklung bzw.

Anpassung einzelner Komponenten; stellt Installationskandidaten bereit

• Leistet Support für Partner-DIZe beim Aufbau der Komponenten

• Starke MIRACUM Community

Vorgehen MIRACOLIX Entwicklung MIRACUM Competence Center

• MIRACOLIX ist • eine dynamisch wachsende Sammlung von Tools • open-source und gut dokumentiert • liefert die Referenzimplementierung eines MIRACUM DIZ

• MIRACOLIX wächst

• durch das Engagement der Competence Center • und der aktiven MIRACUM Community

aus Entwicklern und Anwendern

• das zweite MIRACOLIX Release • legt die Basis für einen zukünftigen MIRACUM

Forschungs-Workflow

29

Zusammenfassung

Vielen Dank dem MIRACUM Team

Förderkennzeichen: 01ZZ1801A

. . . und für Ihre Aufmerksamkeit

MIRACUM DIZ Kernkomponenten nach MII Jahr 1

MIRACUM-DQ

Mainzelliste

32



Research Portal

• 11. Grundsätze des Antragsverfahrens • …..

b) Die Konsortien stellen sicher, dass potentielle Projektpartner bei Antragsstellung die Möglichkeit zur Machbarkeitsüberprüfung ihres Forschungsvorhabens erhalten. Hierzu wird ein Verfahren eingerichtet, welches dem Anfragenden die Zahl der infrage kommenden Patienten und Probanden in den Grenzen datenschutzrechtlicher Möglichkeiten zurückmeldet.

Kooperations-Strukturen wurden aufgebaut werden • Zentral bereitgestellte Services

• Wiki, Ticketing, Repository, CI, Chat, … • Governance

• Product Ownership • Pull Requests • SOPs und Dokumentation • Release Synchronisation

• Lernen von erfolgreichen Distributionen • Community Management • Community Feeling

33

Vorgehen Entwicklungsumgebung

Documents

VON MIRACOLIX ZUM DIZ FORSCHUNGS-WORKFLOW · VON MIRACOLIX ZUM DIZ FORSCHUNGS-WORKFLOW Prof. Dr. Hans-Ulrich Prokosch . Lehrstuhl für Medizinische Informatik, Friedrich-Alexander-Universität